同じタンパク質なのに分子量が違うのはナゼ？？

今SDS－PAGEを扱っています。
あるタンパク質についてなのですが、
SDS-PAGEを用いて分子量を測定したら３万になり、
変性させずにゲル濾過クロマトグラフィーを行うと１２万でした。
実験操作がおかしいわけではないと思うのですが、いろいろと調べてみても納得のいく答えが出ません。
このタンパク質についてどのようなことが言えるのでしょうか？？
ぜひ教えてください。

No.4 ベストアンサー 回答者： kanoan 回答日時： 2004/11/28 02:51

SDS-PAGEで測定される分子量はあくまでゲルでの移動度により判断されるものなので、実際の分子量とは違うことが多いです（だから単位にもｋDが使われています）。

変性条件下と未変性でのゲルでの移動度の違いは、そのタンパク質が3万のサブユニット4つの4量体からなる場合もありますし、また、単量体のたんぱく質でも、未変性の状態ではS-S結合により複雑な立体構造を形成しているために、ゲルの網目を通りきれずに、大きい分子量として出てくる場合もあります。

この回答へのお礼

移動度はもっと厳密に測らないと結構アバウトな数字が出てくるしで、相方と違う標準曲線になってしまいました。四捨五入で二人とも３万位でした。

実験の精度をもっと上げて、更にもう一度その部分を詳しく調べていこうと思います。
ありがとうございました！！

お礼日時：2004/11/30 22:13

No.3 回答者： kexe 回答日時： 2004/11/26 22:27

立体構造の点でも考えてみてください

（といってもflowerpearさんのみた現象とは
通常逆のことが起こった場合のことなんですけどね）

SDS-PAGEでは立体構造がほどけて１本の鎖の状態でながれますね
一方非変性のＬＣではタンパク質が立体構造をつくっているために
綺麗におりたたまれ、小さくなることもありますし
大きく出ることもあります

この回答へのお礼

小さくなることもあるんですか、、、
なるほど。
もう一度実験してみます！

お礼日時：2004/11/30 22:08

No.2 回答者： alice_with_tak 回答日時： 2004/11/26 16:03

12÷3＝4なので単純に考えると4量体となるのですが、サブユニット同士の結合の仕方によっては実際とは異なる分子量として検出される場合がありますので注意が必要です。

この回答へのお礼

結合の仕方ですね。
わかりました！もう少し調べてみます！
ありがとうございました！

お礼日時：2004/11/30 22:06

No.1 回答者： naomi2002 回答日時： 2004/11/25 14:50

その実験結果で間違ってないと思います。

SDS-PAGEでは、サブユニット構造をとるタンパク質は、各サブユニットに分解してしまいます。したがって、各サブユニットの分子量しかわかりません。

一方、ゲル濾過では、タンパク質は変性していないので、オリゴマー（二量体、四量体など）のタンパク質であれば、そのままの形で存在し、オリゴマーの分子量を示します。

問題のタンパク質は、分子量3万のサブユニット4個からなる四量体と考えれば良いのではないでしょうか。

この回答へのお礼

早速のお返事ありがとうございます！！！
なるほど！そう考えればいいんですね！
サブユニット４個かー！！！！
頭にありませんでした、、なんと初歩的な。
これ以外に考えられることは、私としてはないと思いますが、なにか他にもあるのでしょうか。

お礼日時：2004/11/25 21:04