Dreamweaverのテンプレート機能について教えて下さい。 - HTML - 教えて！goo

＞エクスプローラーの下のアドレスには『javascript;』としか出ませんでした。

これではindexが更新されないのは当然。なんらかの原因でリンクが空になっています。

＞参照先のフォルダの段階（？）は全て同じでなければならないのでしょうか？

段階→「階層」のことですね。
テンプレートから作成したファイルは、どこにおいても自動的にリンクは更新されます。
ポップアップメニュー部分が編集可能領域でなければ、もう一度indexを作り直したほうが早いと思います。
解決策になってないみたいですみません。

ちなみに、ポップアップメニューは何かソフトを使用しました？Fireworksとか。

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私も同じ経験をしたことがあります。
推測するに、テンプレートの更新は、Javascriptが参照しているhtmlやgifの相対URLは対象ではないようです。

絶対URLにするか、テンプレートから切り離して手動更新か…。

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DreamWeaver4までしか使ってないので、はずしているかもしれませんが...

テンプレートを元に作ったIndexファイルをブラウザで開き、リンクにカーソルを合わせたときにIEのステータスバーなどに表示される「飛び先URL」はどのようになっていますか？

もしかして、テンプレートに相対URLを書いてしまっているから、「今のページを基準にしたURL」に行こうとして動けなくなっている、ということは無いでしょうか？
たとえば私のページ(http://yamaned.fc2web.com/house/)、左の緑地の部分にある「モノ」とか「パソコン」とかってリンク、テンプレートに書いてあるのですが、相対パスだと、下層のディレクトリにあるページをテンプレートで作ったときに目的の場所にたどり着けません。
なので、たとえば「モノ」のページだと、「/mono/index.html」のようにWebサーバー上のルートから指定する形でリンク先を書いています（「mono/index.html」ではだめ）。

的外れかも知れませんが、参考になれば...

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