プラスミドの精製

プラスミドを精製し、EcoRIで処理しました。これをアガロース電気泳動したところ、＋極側に色素入りのバンドが見えました。これはプラスミド以外の分子なのか、何らかの試薬の残留物なのでしょうか？
ちなみに使用した試薬は、Soln.1(glucose,Tris-HCL,EDTA)、Soln2(NaOH,SDS)、Soln3(CH3COOK,CH3COOH)、イソプロピルアルコール、エタノール、TEバッファー、TAEバッファー、RNase溶液、アガロースゲル染色液です。

No.3 回答者： Penfield 回答日時： 2005/06/03 08:10

　uv下でも見えるバンドなら、RNAが完全に消化されていないのでは？

No.2 回答者： TCA 回答日時： 2005/05/30 17:20

＃１の方も書かれていますが、可視光の下で見えるバンドでしたら、ローディングバッファーにどのような色素が入っているか調べてみてはいかがでしょう。

市販されているローディングバッファーでよく見かけるのはキシレンシアノール（ＸＣ）、ブロモフェノールブルー（ＢＰＢ）、オレンジG（ＯＧ）です。電気泳動すると、ＸＣは約4kb、ＢＰＢは約300bp、ＯＧは約50bpの移動度を示します。

No.1 回答者： methyl 回答日時： 2005/05/29 17:21

「色素入りのバンド」というのが何を指すのかはっきりわかりませんが、UVを当てなくても見えるバンドということなのでしょうか？それは、

泳動前にサンプルと混ぜたローディングバッファーに含まれるBPB(ブロモフェノルブルー；濃青)かXC(キシレンシアノール：水色)ではありませんか？？

この回答への補足

UVを当てなくても見えました。

補足日時：2005/05/31 22:33