Windows2000とWindows98のデュアルブートについて

Windows2000 ProがCドライブにプリインストールされている NEC製のVersaProのDドライブにWindows98をインストールしてデュアルブートさせようと思い、Win98のセットアップを行いました。
その後、NTLDR によるブートメニューが表示されなくなり、あるサイトに書いてあった以下の方法を取り、ブートメニューが表示されるようになりました。

1.Win98を起動し、Win2000 CD-ROMをセット。
2.オートランしてくる画面で、[Windows2000のインストール]をクリック。
3.「Windows2000を新規インストールする」を選択し、「次へ」をクリック。
4.ライセンス契約に同意し、「次へ」をクリック。
5.特殊なオプションは何もせずに「次へ」をクリック。
6.インストールファイルのコピーが終わると再起動するので、Microsoft Windowsを選択し、Win98を起動。
7.[スタート]－[ファイル名を指定して実行]からC:\BOOT.INIを起動し、以下の編集を行なう。
・Windows2000セットアップの行を削除。
・Default=の右辺を、[Operating Systems]セクションのいずれかの行の左辺にする。
例) Default=C:\
8.変更を保存。

確かにこれでデュアルブートできるようになったのですが、DドライブからWin98を起動させた場合に、DドライブのAutoexec.batが実行されず、CドライブのAutoexec.batが実行されてしまいます。（このCドライブのAutoexec.batもなぜかDドライブのWin98側でインストールしたアプリケーションが作成したものなのですが）同様にConfig.sysもCドライブにあるものを参照しているようです。Win98側からみると大きな問題はないのですが、CドライブからWin2000が起動されるときもこれらのファイルを使用し、関係のないWin98側のPATH等の環境変数やシステムファイルを組み込んでしまいます。
どうすれば、Dドライブから起動したときにはDドライブのAutoexec.bat等を実行するようにできるのでしょうか？

No.2 ベストアンサー 回答者： VR4RS 回答日時： 2001/11/02 11:41

機種は違いますが自分の場合は、ＣにＷＩＮ２０００（プリインストール）。

ＤにＷＩＮ９８の環境を構築したことがあります。その際にとった手法としては、ＣドライブをＮＴＦＳに変換してしまいました。こうする事によって、ＷＩＮ９８は自分がインストールされているドライブをＣドライブと誤認します。（ＷＩＮ９８からＮＴＦＳが認識できないという仕様を逆手に取ったのです）今回のケースでもこの手法は通用すると思いますが、問題点もあります。
それはプリインストールされているソフトがＮＴＦＳでは動かないものがあるかもしれないと言うことです。
もしＮＴＦＳに変換するのであればＷＩＮ２０００側のＡＵＴＯＥＸＥＣ．ＢＡＴ、ＣＯＮＦＩＧ．ＳＹＳは削除してかまわないと思います。

直接的な解答になってないかもしれませんが、こんな手もありますと言う参考まで。

No.1 回答者： Haizy 回答日時： 2001/11/01 14:08

こんにちは。

やってしまいましたね～。
Ｗｉｎｄｏｗｓ９８は、Ｃドライブ以外での動作は保証外。
必殺！【仕様です】　炸裂～～っ！！　てヤツです。

ただ、Ｗｉｎｄｏｗｓ２０００（３２ビットＯＳ）は、Autoexec.bat/config.sysを起動時に使わないので、問題ないはずですが・・・。

アプリケーションのインストールには影響あるかもしれませんね。
本当は、ＣがＷｉｎｄｏｗｓ９８である事をお勧め。

解決になりませんか・・・ごめんなさい（＾＾；。
でわ。

この回答への補足

回答ありがとうございます。
実際に使っている限りでは、Windows98側では特に不便はしていないのですが、Windows2000でAutoexec.bat/config.sysを使用しているようなので、それが解決できればとりあえずは使えるかなと思っています。
どうしてWindows2000でAutoexec.bat/config.sysを使っているのか、またどうしたら使わないようにできるのか、お解りでしたらお教え下さい。

補足日時：2001/11/01 15:14