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必要に迫られて有機化学の文献を読んでいるのですが、
もともと化学が苦手だったため、長い化合物の名称を読んでも、
どんな構造をしたものなのか、さっぱり分かりません。

化合物の名称を入力したら、その化合物の構造式が出力されてくる
ような便利なソフトやホームページってありませんか?

あるいは、化合物の名称から構造式を組み立てる理論を
初心者に分かりやすく解説して下さる方、または
そのような平易な解説の載ったホームページをご存知の方も
ぜひ教えてください。

例えとして、今わからない化合物の名称を挙げておきます。
I) 5-ジメトキシトリチル-N6-[12-アミノドデシルアミン]-アデノシン

II) 5’-ジメトキシトリチル-3’-(p-クロロフェニルホスフェート)-5-(メチルC14)チミジン

A 回答 (3件)

 天然物化学者の rei00 と申します。

必ずしも「平易な解説」とは言えませんが,命名法に関するペ-ジを1つ御紹介しておきます。

「化合物命名法談義」(http://homepage1.nifty.com/nomenclator/
 このペ-ジの「化合物命名法の入門書」に幾つか入門書も記載されています。あるいは,一番簡単な説明は有機化学の教科書をご覧になれば載っています。

 簡単に言うと,基本骨格の名前に,どんな置換基がどの位置に付いているかを付けて命名します。お書きの5-ジメトキシトリチル-N6-[12-アミノドデシルアミン]-アデノシンを例にとって説明しますと次の様になります。

1)基本骨格:一番最後にある「アデノシン」が基本骨格です。アデノシンの構造は分かりますね。

2)置換基:これは,(位置番号)-(置換基名)で記載されます。今の場合,「5-ジメトキシトリチル」と「N6-[12-アミノドデシルアミン]」の2つが置換基です。

3)5-ジメトキシトリチル:これは,基本骨格アデノシンの5位にジメトキシトリチル基が付いている事を意味します。ジメトキシトリチル基は,トリチル(トリフェニルメチル)基の2つのフェニルがp-メトキシフェニルになった構造です。

4)N6-[12-アミノドデシルアミン]:チョット分かり難いかも知れませんが,上と同じで,アデノシンのN6位に12-アミノドデシルアミン(アミノ?)基が付いている事を示しています。

5)12-アミノドデシルアミン(アミノ?):これも同じ様に考えて下さい。ドデシルアミン(アミノ?)が基本骨格になり,その12位にアミノ基が付いています。

 以上を組み合わせていけば構造が得られます。色々と複雑なものもありますが,この様に順番に考えていけばかなり機械的に構造が得られます。個々の骨格の名前や位置番号は何度も見ていれば覚えますし,適当な入門書にも記載がありますので,それをご覧になれば良いかと思います。

参考URL:http://homepage1.nifty.com/nomenclator/
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参考書籍としては


化学便覧の後ろのあたりに書いてある「有機化学ぶしつ命名法」
日本化学会の化学用語辞典(和英と英和の辞書で.後ろにじやくの規則がかいてある)
でしょう。
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名前がややうろ覚えですが,確か Chemistry 4D Draw というソフトがあったと思います。

このソフトは ChemDraw の様な化学式ドローソフトですが,付加機能として,IUPAC名→構造式,また,構造式→IUPAC名の変換機能が搭載されています。
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