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私の経験からですが、測定方法により数値のバラツキがあり、大小関係が異なる場合がある事がありました。
測定したのは、表面粗さ計(触針式)、レーザー顕微鏡、AFM(原子間力顕微鏡)でした。測定試験片の大きさに自由度があるのは、表面粗さ計(JISに準じる)でした。他は、ステージに載る大きさに加工する必要がありました。
表面の3次元的な画像を要求するのであれば、AFMが良いと思います。エッチング面などの微細構造も画像で得られます。
表面の実像が、目視(光学的)に近い状態で得られるのが、レーザー顕微鏡でした。
表面状態がどの程度凹凸があるかによって測定方法を選定した方がいいのではないでしょうか?
バフ研磨、エッチング、化学研磨、めっきなどにより、粗さのバラツキが違うので、大きすぎるとAFMなんかは、センサー部が破損する場合があります。
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