たんぱく質分子量について

現在核内転写因子の発現をWBで検討しています。その結果、SDS-PAGEでアミノ酸配列からの予測される分子量より30 KDa程度大きく分子量が出ます。過去の文献で調べると(英文読んで、直訳してですが・・・)、その転写因子は酸性アミノ酸含量が多いため、SDS-PAGE上では分子量が大きくなると書いてあり、検出自体はうまくいっているみたいです。
塩基性アミノ酸を多く含むタンパクが移動が遅くなるということについてはSDSによる-チャージの減少ということで合点いくのですが、どうしても今回のような酸性アミノ酸に関して理由が想像できないのです。どなたか教えていただけませんか。あと、リン酸化タンパクが移動が遅くなる理由も教えていただけたら幸いです。

No.1 ベストアンサー 回答者： Chicago243 回答日時： 2006/06/27 07:55

"酸性アミノ酸含量が多いため、SDS-PAGE上では分子量が大きくなる"

これは多分推測で証明されてはいないと思います

それはさておき
SDS-PAGEの移動度に影響を及ぼす因子として全体のチャージと構造が挙げられます.
酸性アミノ酸が多いいと言えることはSDS(マイナスチャージを持ってます）がアクセスしにくくなりますそこで長さ（分子量）あたりのマイナスチャージが変化すると考えられます
SDSの結合が減るわけですからマイナスチャージがおそらく減少するだろうととも考えられるわけですでも逆も考えうると思っていいでしょう.

SDSが蛋白質に結合するとそのチャージのせいで蛋白質は棒状に伸びます. 構造の面から考えると酸性アミノ酸含量が多いところでSDSの結合が減りますので、そのぶぶんの構造はまっすぐに伸びてないかも知れません。
このように何か特徴的な構造を持ったものは移動度がどのように変わるか予想が出来ません(RNAやDNAをのばあいの電気泳動を考えて頂ければこのことが分ってもらえると思います）したがってどこにバンドが出てもおかしくないと言うのがわたしの感触です

燐酸化も同じ様なりくつです

No.2 回答者： gori8063 回答日時： 2006/06/27 22:48

分子量推定をSDS-PAGEだけに頼らず、他の方法(MALDI-TOF MSなど）を併用してみてはいかがで？

この回答へのお礼

そうですね、分子量を求めることでたんぱく質の同定を行うのもひとつの手段ですよね。参考になりました。考えて見ます。ありがとうございます。

お礼日時：2006/07/02 02:33