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日本動物園水族館協会という、動物園や水族館どうしをまとめる全国団体があり、そこに種の保存委員会というものがあります。
そこでは、飼育下にある希少種について、血縁の近い個体を避けて交配するような調整等を行っています。もちろん種によっては日本の飼育個体が世界の仲で重要な位置をしめているものもあるはずです。http://www.jazga.or.jp/info/conserve.html
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