被扶養者のつもりが、扶養されていなかった場合。年末調整。 - 税金 - 教えて！goo

昨年１０月から１２月までＡ社で働き、その際、扶養に入ったままにお願いします、と
言ってたのにも関わらず、知らぬ間に社会保険に加入の手続きをされていました。
「２重加入はだから、保険料は後から払戻がありますよ」との言葉を信じて
いました。
１月から３月にＢ社で働くことになった際、「主人の扶養に入ってるから、保険加入は
まだいいです。」と社会保険に加入していませんでした。
その後、国民年金の支払い票が送られてきたので、問い合わせると、１０月から
扶養をぬけている、１月～３月は国民年金を支払う義務があります、とのこと。
４月から現在までＣ社で働いていて、社会保険に加入しています。
そして９月に離婚をしました。
国民年金は３ヶ月分、支払いました。その間の健康保険はどうなっているのか…
保険証も使用しましたが。元配偶者の会社は今のところ何もいってきません。


今回、年末調整のため、Ｂ社に１～３月の源泉徴収票を取り寄せました。
すると、所得税も雇用保険も何も引かれていないのです。
私が年末調整事務を担当するのですが、「給与所得に対する所得税源泉徴収簿」の記載方法が判りません。
１～３月分の社会保険料控除が０とすると年末調整による過不足税額が３～４万になるのですが…。
自分で支払った国民年金を「社会保険料等の控除額」に記載してはダメなんですか？

わかりにくい事例かと思いますが、教えてください。