医師国民健康保険と、市町村の国民健康保険に同世帯で加入 - 健康保険 - 教えて！goo

個人の診療所に勤めて、医師国民健康保険（医師国保）に加入している者です。
主人はサラリーマンですが、つい最近まで会社が社会保険に加入していなかったので、
市町村の国民健康保険、国民年金に加入していました。

つい最近、同じ世帯で別々の国保には加入できないと聞きました。
うちは主人も私も、別の国保に本人として加入していたのですがこれは
だめなんでしょうか？
それと、お金の面でも損していたりするのでしょうか？

ちなみに主人は最近社会保険に加入になりましたので、今では問題ないと思うのですが、
今までのこと（別々に国保に加入していた期間は約1年間です）が心配になってきました。

今からでも何か手続きをしておいた方がいいのでしょうか？
戻ってくるお金などはありますか？
ただ、今からどちらかの保険を変えるとなると（そんなことできるのかわかりませんが）
今までかかっていた病院に出していた保険証が違っていたことになりますよね…。
ちょっと混乱しています。

何かアドバイスをお願いしたいと思います。よろしくお願い致します。