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質問をもう少し詳しく書いて欲しいのですが、
1)どちらの反応系もミカエリス・メンテン式に当てはまる
2)2つの反応系でVmaxのみが変化し、Kmは変化しない
ということから考えると、Vmaxの低い反応系には阻害剤が含まれており、非競合阻害が起きているのではないかと予想されます。
非競合阻害は酵素の活性部位以外に阻害剤が作用するものです。この阻害様式だと、阻害剤は酵素本体と酵素・基質複合体の両方に結合します。活性部位には影響がないため、酵素と基質の親和性を示すKmは変わりません。酵素反応自体は阻害されるので最大反応速度Vmaxが低下します。詳しくは生化学の教科書を読んでください。
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