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No.1
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その原因はおそらく、CSVやTAB等エクセル形式のデータの容量が65536件までしかないから、かと思います。
テキスト形式でエクスポートできれば良いのでしょうが、その方法があるかどうかまでは私も分かりません。
そこでkikyo2001さんが扱っているデータをある程度2つに区切れないでしょうか?
私だったら以下のような形でやると思います。
1.検索結果が30000~50000件になった状態で一度エクスポート
(どうしてもならない場合は、新たにフラグ用のフィールドを立てて、2つに分けられるようにします。)。
2.エクスポート後、検索結果を「対象/対象外を入れ替える」で逆の検索結果をだし、再度エクスポート。
この形なら、データのダブりも起こらないのではないでしょうか?
あと、アクセスに取り込むときに同じテーブルにインポートすれば良いだけだと思います。
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