アガロースゲルによる電気泳動の距離測定

質問

アガロースゲルによる電気泳動の距離測定

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質問者：kurokuro56
投稿日時：2009/01/06 15:42
困り度：

実験にて電気泳動によるDNAの測定をするので予習的に調べていた所、いくつかの疑問点が解消できなかったので質問させて頂きます。

分子量によって泳動距離に差が出る、同じなら同じ距離だけ移動するという基本は理解できましたが、
仮に分子量が近く一本の線同士二つを見比べて微妙な差により判断が困難な場合、（開始地点から5.00cmと5.04cm等）
この二つが同一か異質かどのように判断すべきなのでしょうか。

差がAミリ未満は同一と判断してよいといった基準があるのでしょうか？

回答(2件)

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No.2

回答者：teru-arai
回答日時：2009/01/06 22:17

普通、区別がつくものを違うといい、区別がつかないものを同じと判断します。
　例えば、泳動距離5.00cmになる物をA、5.04cmをBとします。ウェルに左からAABBABABBAAとでも入れて、電気泳動します。左からレーン1，2，・・・です。当然Aが入っているレーンの物は泳動位置が同じ（あるいは違いがわからない）でしょうが、Bの泳動位置はAと違うのが、“皆に解る”とします。するとレーン1，2のものは同じ(泳動位置がね)、レーン2と3のものは違う・・と判断します。BとAの泳動位置が同じなら（違いがわからなければ）同じ（泳動位置がね）と判断されます。
　ややこしいことを言うと、もしBとAの泳動位置に自分は違いがあると思っても、その違いが“皆に”わからなければ、他の人もそう思わせられなければ（論文は通りません）どうにもなりません。どうしても違うと言い張りたいなら、もっと別な方法を考える必要が有るということです。

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この回答へのお礼

なるほど、一瞬考え込みましたが
AとBを複数レーンに入れた上で調べれば、微妙な差であれ常にその差が見える以上誤差ではなくAとBは違うと判断できるという事ですか。まったく思いつかなかった考え方です。ありがとうございました。

それでも微妙な場合は別の手段を考える事になるわけですね。

今はキャピラリー？の方を調べ始めて「なんで泳動距離なのにこのグラフは横軸時間で縦軸が濃度なんだろう。距離何処だ？」と混乱している最中ですが、別の方法を含めて調べておきたいと思います。

有り難うございました。