分子進化の中立と系統樹 - 生物学 - 教えて！goo

CLUSTALWで系統樹を作成する際、分子進化の中立性に関する設定項目がありますよね。
デフォルトでは考慮する様ですが、試しに考慮せずに作成したところ、劇的に変化しました。
系統樹を作成する上で、分子進化の中立性は具体的にはどのように用いられたのでしょうか。
できれば、計算式ではなく概念について教えてください。
もちろん、参考書やWebでもかまいません。
よろしくお願いします。