No.2ベストアンサー
- 回答日時:
遅くなってすみません。
個々のアミノ酸とペプチドの保持係数の関係をご覧になったとき
主鎖の長さも関係すると思いますが
pHはどのように考慮されましたか?
イオン性物質の疎水性はpHによって大きく変わりますよね。
たとえばカルボン酸はpHが高くなると解離して疎水性が下がり
アミンは低いpHでプロトンが付いて疎水性が下がります。
pH2のとき、アミノ酸ではプロトンが付加して+になっていたα-アミノ基が
ペプチドではアミド結合によって中性になることで
疎水性が上がると思います。
ですから、側鎖の疎水性とペプチドの疎水性の相関を
ご覧になってはいかがでしょうか?
具体的には同じアミノ酸のポリぺプチドもしくは、
ブロックした部分の疎水性による影響が出るかもしれませんが
α-アミノ基とα-カルボキシル基をブロックしたアミノ酸
の保持時間との関係をみてみるとか。
>遅くなってすみません
とんでもないです.
ありがとうございます.
(以下の保持係数は,すべてpH2.1)
ペプチドのN末端のアミノ基の保持係数は「-0.4」,C末端のカルボキシル基の保持係数は「6.9」
という報告があるので,これと,アミノ酸(α-アミノ基とα-カルボキシル基を省いたもの)の保持係数から,
ペプチドの,主鎖の影響を除いた保持係数を計算し,
この結果と実際のペプチドの保持時間から,
主鎖が位置残基増えるごとに,「3」をたしたら良いとわかりました.
すなわち,主鎖1残基あたりの保持係数は「3」だと思います.
実は忙しかったので,この「3」はかなり適当な数字で,もっと考慮しなければいけません.
分かりにくい文でもうしわけありません.
(寝不足で頭が回らない・・・・.←言い訳です)
No.1
- 回答日時:
見返してみますと10日ほど前に
>質問:疎水性度もしくはHPLC Retention coefficientについて
>構造が分かっている物質について,疎水性度もしくはRetention
>coefficient(保持係数と訳してよろしいのでしょうか?)
>を求めるツールなどはないでしょうか?
と質問されていますよね。
私は脂溶性logPを求めるのにPallasというソフトを
使っていました。
http://www.infocom.co.jp/bio/products/pallas/pal …
Pはn-オクタノールと水との間の分配係数だったと思います。
分子のパーツごとの疎水性の和を取るような計算をしていたようですので
主鎖が長くなっても近い値が出てくるのではないかと思います。
このソフトはpKaも求めることができるので
水層が中性でないときのlogP(この場合をlogDと呼んだかもしれません)
も計算してくれます。
既知のペプチドでpH=2のときのlogPと保持時間に相関があれば
予測に使えるのではないでしょうか。
logPだけなら化学構造式描画ソフトのChemDraw Ultra 7.0
http://products.cambridgesoft.com/ProdInfo.cfm?p …
でも計算してくれるようです。
あまりはっきりしない回答ですみません。
はっきりしないなんて,とんでもありません.
ずばり,Pallasのようなソフトを探していました.
ありがとうございました.
しかし,pallasはかなり高そうなソフトですね・・・・.
やはりお金をかけなければ無理なのでしょうか・・・・.
とにかく,有力な情報ありがとうございました.
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