住宅借入金特別控除で、連帯債務者がいる場合

今年から年末調整事務の担当をすることになった者です。
住宅借入金特別控除申告書の計算についてお尋ねしたことがあります。

当社の従業員（パート）の方で、住宅借入金特別控除の申告書を提出した人がいるのですが、添付の残高証明書に連帯債務者で旦那さんの名前がありました。
この場合の計算方法は、年末残高をその旦那さんと折半（もしくは各々の持分）で分けた金額で控除額を計算しますよね？
今回の質問のケースとしては、

　・年末残高　￥23,047,522
　　旦那　80%負担　￥18,438,018
　　※妻　20%負担　￥4,609,504

上記の通りです。
これからすると、妻（当社従業員）の負担分は￥4,609,504ですからこの金額を申告書の(1)欄に記入して計算すればいいんですよね？

私の前任の事務担当だった方は、年末残高を折半せずに全額そのままで計算して、最終的に出た控除額を各々の割合で割るというやり方をしていました。
しかし税務署の手引きでは全く違ったので、どちらが正しいのか分からなくなり質問させて頂いた次第です。
詳しい方がいましたら助言頂ければと思います。よろしくお願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： minosennin 回答日時： 2009/11/21 09:31

前任者の方のやり方は間違いで、お書きのとおり質問者さんの按分後の借入額を(1)に記入する方法が正しいです。

国税庁の「年末調整の仕方」を見られてのご質問かと思いますが、連帯債務がある場合として詳しく記載された設例のとおりですから間違いありません。

この回答への補足

ありがとうございます。やはり前任の方のやり方が違っていたのですね・・・。
そうなると、今までに前任の方が計算された控除額で間違っているものについてはどうすれば良いのでしょうか？
恐らく何年も前からそのやり方でしていたようなので、これは税務署に行って正直に事情を話すべきなのでしょうか・・・

補足日時：2009/11/21 21:27