中古のポケットモンスタープラチナ 前に使っていた人が改造をしていた時の対処法を教えてください

昨日、近所のゲーム屋さんで「ポケットモンスタープラチナ」を中古で購入しました。
起動したところ、前の人のデータが残っていました。改造が怖いのでそのレポートで始めてみたのですが、

・ジムバッジを1つしか持っていないのに殿堂入りの記録が残っている
・色違いのポケモン（アルセウスやジラーチなども含む）が沢山いる
・どのポケモンもLv.100で、マスターボールに入っている

など、明らかに改造と分かるデータが残っていました。
夜に気がついたので電話での問い合わせも出来ないし、念の為メールを出しましたがお返事が返ってくるまで時間がかかると思います。
タイトル画面でデータを削除すれば後のプレイに問題はないという話を聞くのですが、「wi-fiなどで改造ポケモンをもらった」のではなく、「改造を行っていたソフト」の場合もこの対処法でよろしいのでしょうか？　もし駄目でしたら返品しようと思います。
友達やwi-fiでの通信で迷惑をかけたくはないし、実在するポケモンセンターでのキャンペーンなどで拒否されるのも心苦しいです。

以前からそのお店でポケモンシリーズを中古で買うことはあったのですが、このようなことは初めてなので戸惑っています。分かる方、教えてください。

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