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上記の「Java」はJava「Applet」のことでしょうか、それともJava「Servlet」のことでしょうか?
phpやJava Servletはサーバサイドで実行されるのが原則ですが、Java Appletはクライアント側で実行されます。
そのため、クライアント側でアニメーションを行ったり、HTMLで表現できないようなユーザインタフェースを導入したりする場合にはJava Appletが必要になってきますが、一方サーバサイドでデータベースなどと連係させるのであれば、基本的にphpやJava Servletを使わざるを得ません。
どれを採用するかは具体的にどのようなサイトを構築するかにもよってきますが、Perlやphpなどのスクリプト言語は比較的デバッグが容易なので、手っ取り早くサイトを立ち上げたいのであれば個人的にはphpかなぁ、という気がします。(phpならApache用のモジュールも容易に導入できますし)
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