２要因分散分析（RコマンダーとAnova4）

標本数の異なる２要因の分散分析を、RコマンダーとAnova4の両方で行ったのですが、何故か結果が違ってしまいます。
全く同じデータを用いているはずなのに、何が問題なのでしょうか。
ちなみに要因(1)は被験者間要因、要因(2)は課題の条件による被験者内要因です。

ネットでしつこく検索してみたのですが、結局分からなかったので、質問させて下さい。
また、欠けている情報等があればご指摘下さい。

何卒ご協力お願い申し上げます。

No.1 回答者： backs 回答日時： 2011/02/05 20:11

単に「違った」といわれても、何をどのようにしたら何処がどう違ったのかを書いてもらえないと誰もわからないでしょう。

そのようになる原因はいくつか考えられるでしょうから。。。

結果（分散分析表）を見てわかることもあれば、操作手順を見るだけで分かることもあるかもしれません。しかし、原則としてはそれぞれの手順とそのアウトプットを提示することが適切でしょう。それから、用いたデータセットも（仮のデータでも良いですけど）。