従業員持株会の利益は３８万円以下の場合納税不要？ - 税金 - 教えて！goo

＞たしか株などの利益は38万円以下は納税不要だったはず…

それは、その株配当以外に一切の収入源がない人の話です。

＞持株会の…

ということはサラリーマンのようですので、あなたには当てはまりません。

＞配当収入があり３５００円ほど源泉徴収…

上場株だとして、
1. 源泉徴収だけで済ます。
2. 「総合課税」として確定申告をする。
3. 「申告分離課税」として確定申告をする。
のいずれかを選択できます。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1330.htm

＞税務署にいけば３５００円を取り戻せるのでしょうか…

2. 「総合課税」であれば、給与所得と一緒にした「税率」が適用されます。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2260.htm
税率 5% の人であれば、配当の源泉徴収は国税 7%、地方税 3% なので、2% 分が返ってきます。
ほかに「配当控除」
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1250.htm
が適用されるので、実際には 2% 分よりもう少し多くなります。
住民税は、翌年の課税分から 3% 分が引かれます。

3. 「申告分離課税」であれば、ほかにも株取引をしていて赤字を出しているなら、7% 分がまるまる返ってきます。
「配当控除」はありません。
住民税は、翌年の課税分から 3% 分が引かれます。

＞株の利益は総合課税ではないので、住民税は上がらないという認識で間違いない…

大きく間違っています。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm

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