高額療養費給付と医療費控除 - 税金 - 教えて！goo

高額療養費が給付された場合、それは差し引いて確定申告します。

ただし、あくまでも「入院した際の費用」から「それに対する高額療養費の給付」を差し引くことになります。医療費全体から差し引くのではありません。
どういう事かというと、高額療養費や生命保険などの給付が、支払った入院費より多くもらえた場合、引き算するとマイナス（黒字）になりますよね。この分は、「入院にかかった出費が０円になった」ということになります。他にかかった医療費まで減額しません。

また、医療費控除は、健康保険が適用になってない部分も、申告することができます。
個室ベッド差額分は、個室である必要性が無いのに、自分の好みで個室を選んだ場合は対象になりませんが、医師の指示など必要性があれば含めてＯＫです。

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所得税の原則は、「所得が幾らだったの？」ということでしょう。
その所得ってのは、原則は全てのインフローをカウントするって
ことになると思います。
ですから、基本は差分を算入できるってことになります

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所得税の医療費控除は、１月から１２月までの間に実際に支払った医療費から、保険等により補てんされたものを控除した後の金額から、１０万円（所得金額が２００万円未満の場合は所得の５％）を引いた残りが医療費控除として所得から控除されます。

従って、入院費のうち、高額療養費として戻ってきた分は差し引かなければならず、残りの実質的に支払った金額が対象となります。

自費分であっても治療上必要なものであれば医療費控除の対象となりますが、差額ベッド等については基本的には認められませんが、医師の指示による治療上の都合によるものであれば対象となります。

下記サイトが参考になるかと思います。

参考URL：http://www.taxanser.nta.go.jp/1120.htm,http://homepage1.nifty.com/shikari/data/medical/medical_list.htm

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