pycharmにpysamをインストールしたいのですが、下記のエラーによりできません。
python3.8、pipは最新版です。
pandasやnumpyは問題なくインストールできました。
他に必要な情報ありましたらご指摘ください。
Collecting pysam
Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/15/e7/2d …
ERROR: Command errored out with exit status 1:
command: 'C:\Users\kitaz\PycharmProjects\RNAseq\venv\Scripts\python.exe' -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\kitaz\\AppData\\Local\\Temp\\pycharm-packaging\\pysam\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\kitaz\\AppData\\Local\\Temp\\pycharm-packaging\\pysam\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base 'C:\Users\kitaz\AppData\Local\Temp\pycharm-packaging\pysam\pip-egg-info'
cwd: C:\Users\kitaz\AppData\Local\Temp\pycharm-packaging\pysam\
Complete output (23 lines):
# pysam: no cython available - using pre-compiled C
# pysam: htslib mode is shared
# pysam: HTSLIB_CONFIGURE_OPTIONS=None
'.' は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
'.' は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
# pysam: htslib configure options: None
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "C:\Users\kitaz\AppData\Local\Temp\pycharm-packaging\pysam\setup.py", line 241, in <module>
htslib_make_options = run_make_print_config()
File "C:\Users\kitaz\AppData\Local\Temp\pycharm-packaging\pysam\setup.py", line 68, in run_make_print_config
stdout = subprocess.check_output(["make", "-s", "print-config"])
File "C:\Users\kitaz\AppData\Local\Programs\Python\Python38-32\lib\subprocess.py", line 411, in check_output
return run(*popenargs, stdout=PIPE, timeout=timeout, check=True,
File "C:\Users\kitaz\AppData\Local\Programs\Python\Python38-32\lib\subprocess.py", line 489, in run
with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
File "C:\Users\kitaz\AppData\Local\Programs\Python\Python38-32\lib\subprocess.py", line 854, in __init__
self._execute_child(args, executable, preexec_fn, close_fds,
File "C:\Users\kitaz\AppData\Local\Programs\Python\Python38-32\lib\subprocess.py", line 1307, in _execute_child
hp, ht, pid, tid = _winapi.CreateProcess(executable, args,
FileNotFoundError: [WinError 2] 指定されたファイルが見つかりません。
----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.
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