特定口座源泉徴収あり、損失なしの年分の、上場株式譲渡益の確定申告について

特定口座源泉徴収あり、損失なしの場合、上場株式譲渡益の確定申告は不要、という認識でおりました。證券会社においても、過去の青色申告会のアドバイスでもそうしてきました。
しかしながら、2020年度分を、青色申告会を退会したため、自分でe-taxで、収入金額、所得、所得から差し引かれる金額等を入力したところ、特定口座源泉徴収あり、損失なしの場合、上場株式譲渡益を分離課税として（選択したのではなく、自動でそうなりました）証券会社の取引報告書通りに記入し、最後に計算すると、それを記載しない場合に比べて、約3万円も還付金が多くなります。
給与収入があり、個人事業では損失が出ており、医療費等も嵩むため、株式の配当金の源泉徴収税額分と給与の源泉分が還付されますが、これまで、特定口座源泉徴収あり、損失なしの場合、上場株式譲渡益特定口座源泉徴収あり、損失なしの場合、上場株式譲渡益の確定申告は不要という認識でしたので、来年の住民税があがるとか、何か裏があったらどうしようと思い、お訊ねする次第です。
やはり、還付金が少なくなってもいつもの通り、上場株式譲渡益の確定申告をやめるか、迷っています。
分離課税の特定口座源泉徴収あり、損失なしの場合、上場株式譲渡益を参入した場合とそうでない場合の差額がどうしてでるのか、どなたか教えてください。

No.1 ベストアンサー 回答者： mukaiyam 回答日時： 2021/01/27 15:47

株の譲渡益と配当とは、条件が違いますので別々に検討しないといけません。

【譲渡益】特定口座・源泉ありでも確定申告をして方が良いケース・・・
(譲渡益を含まない)「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回る場合は、引き切れなかった「所得控除」が株の譲渡益にも適用されるので、特定口座で源泉徴収された所得税・住民税の一部あるいは全部が返ってきます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

＞給与収入があり、個人事業では損失が出ており、医療費等も嵩むため…

「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回っているものと推察します。

【配当】
1. 源泉徴収されたままおしまい
2. 総合課税で確定申告
3. 申告分離課税で確定申告
のいずれでも良いことになっています。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

このうち 3. 番が良いのは譲渡益で損失を出した場合のみです。

2.番が良いのは、前述の「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回る場合のほか、
(譲渡益を含まない)「所得の合計」から計算された所得税の「税率」が 10% 以下の人。

配当からは所得税 15% (復興特別税別途) が源泉徴収されていますが、総合課税で申告すれば 10% や 5% になり、その差が還付されます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

逆に、住民税は 5% が 10%一律に上がり、追納が発生しますので、そのあたりは細かく試算して損をしないよう申告するかしないかを選択しないと、失敗します。

＞来年の住民税があがるとか、何か裏があったら…

「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回る人は、配当を総合課税で確定申告しても翌年分住民税は還付されても追納となることはありません。

「所得の合計」が「所得控除の合計」を上回り、所得税の税率が 5% か 10% の人が配当を総合課税で確定申告をすると、住民税は必ず追納となります。
この場合は、確定申告後に「市県民税の申告」をして、市県民税 (住民税) では配当を申告しない旨の意思表示をすれば、追納は避けられます。

以上はサラリーマンの話。
自営業で国民健康保険の人だと、譲渡益も配当も申告すれば所得として認定され、翌年分国保税に跳ね返ります。
このため、所得税・住民税の還付額と国保税の値上がり分とを天秤に掛けてみて、申告するかしないか判断する必要があります。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/i …

この回答へのお礼

ご丁寧な回答を頂戴し、誠にありがたく感謝いたします。

私は、サラリーマンで給与所得があり、個人事業主としては営業は損失があります。(NPO犬猫みなしご救援隊に寄付を出すために自宅で期間限定の小売業を個人事業主として商っております)

「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回る場合、とのことですが、所得合計　3,781,510 所得控除合計　1,806,518　で所得控除の合計を下回っておりません。
けれども、配当を総合課税で、上場株式等の譲渡所得等の所得税を分離課税で入力していくと、還付がなされる自動計算となります。

確定申告書の最後まで入力した最終の申告票は現在以下の通りとなっております。
所得合計　3,781,510 所得控除合計　1,806,518
税金の計算（税額控除等）課税される所得金額　空白（0円）
上の(30)に対する税額又は第三表(91)　19,5000
配当控除　129,455
寄附金等特別控除　1,200
差引所得税額 64,354
再差引所得税額（基準所得税額） 64,354
復興特別所得税額 1351
所得税及び復興特別所得税の額 65,696
源泉徴収税額 368,802

申告納税額 -303106
還付される税金 303106

その他
公的年金等以外の合計所得金額 4,415,888
雑所得・一時所得等の源泉徴収税額の合計額 97150

分離課税の収入金額・所得金額
上場株式等の譲渡所得等 634,350
上場株式等に係る配当所得等 28

この上場株式等の譲渡所得等 634,350を申告しない場合は、還付金額が3万円ほど少なく、約27万円になります。これは、上場株式等の譲渡所得にかかる源泉徴収額　97150と住民税　31717の一部が還付されることによって、3万円ほど還付金が増える、という理解でいいのですね？
しかし、配当金は総合課税なので住民税が追納にならないが、譲渡所得等 634,350を分離課税で申告すると、3万円程度付金額は増えるものの、この分、住民税に追納される可能性がある、ということでしょうか？

ご説明いただいているのに、住民税の計算もよくわからず、何度も申し訳ございません。
長文、大変失礼いたします。
頼りさせていただき、申し訳ございませんが、ご親切に甘えて再度ご教授をお願いいたします。

お礼日時：2021/01/28 12:37