年末調整で税額の計算を間違えてしまいました

個人事業主です。
従業員が過去５年分の医療費を還付請求したいと言ってきたので、
国税局のＷｅｂから確定申告書作成を行い、医療費を還付してもらえると教えたのですが、、
源泉徴収票の「源泉徴収税額」が間違っていたようで、入力エラーになったと言われました。

こちらで調べて見たら、年末調整での年税額計算の際、細かい計算間違えで、
Ｈ２９年分が１００円過誤納。Ｈ３０年分が６００円不足となっていました。

とりあえず、正しい税額を入力してもらって還付を受けてもらおうと思いますが、
この方の所得税額が差し引き５００円未納になってしまっております。

この場合、
税務署への修正申告（Ｈ３０年分）、還付申告（Ｈ２９年分）を行った上で、
不足分を納税し、
修正した正しい源泉徴収票を都道府県へ送付するべきなのでしょうか？
おそらく多少なりとも、健康保険料や住民税が変わってきますよね？？？

５００円の未納税ですと、延滞金のようなものは課せられますでしょうか？
そして修正申告の期限のようなものはあるのでしょうか？

No.2 回答者： hata。79 回答日時： 2022/10/19 19:53

年末調整時の年税額の誤りは、本人が確定申告する事で清算されます。

源泉徴収義務者は税務署から「あんたんとこは、おかしな年末調整してやがるな」とお叱りを受けるかもしれませんが、それはそれとして、本人の確定申告書作成画面ででるエラーは無視して作成できることができます。

No.1 回答者： ben0514 回答日時： 2022/10/19 18:09

あくまでも個人的な見解として書かせていただきます。

まずは雇用主として従業員へは謝罪すべきです。正しい処理であるべきでしたからね。
次に、誤りの金額が軽微なので、私であれば、その金額を事業外の財布から支払い、詫びます。そのうえで、今後この件による不利益が出た場合には、遠慮なく言えと言いますね。

次に言葉についてですが、当初の期限内申告であれば還付申告という言葉もよいかもしれませんが、すでに申告済みの内容の修正による還付となる場合、更正の請求という手続きとなります。
医療費の還付などと書かれていますが、あくまでも医療費が所得に対して多額にかかった方には税額計算上の優遇をしようというものであり、医療費そのものが返ってくるわけではありません。医療費そのものを返せるのは、健康保険団体や医療機関であり、税務署ではあり得ません。

修正申告や厚生の請求を行う場合には、本来の申告期限から５年だったかと思います。

延滞税の計算で税率を乗じる前の本来納めるべきであった不測の税額は、１万円未満を切り捨てるようです。ですので、延滞税はかからないことでしょう。ただ、税務署からの指摘による場合ですと、延滞税だけではなく過少申告加算税その他、罰則的要素の高いものがさらに加算されます。
しかし、この程度の金額でそういった処罰はそうそうないかと思いますね。

修正申告や厚生の請求などを行いますと、そもそも正しく計算できているか怪しいと判断され、税務調査の対象になりやすくなるかと思います。
私であれば、税務署などに知らせず源泉徴収票を正し、十五湯院に迷惑をかけないように精算をする。しかし、事業上の帳簿に反映される支出をしますと、のちの別な視点での税務調査であっても問題になりかねないので、個人的な支出で処理します。
しかし、もしも年末調整そのものに是正がされるような差異を考え、個人的な支出などで清算したものも出金伝票等で保管しておきます。そうすれば、その指摘されたタイミングで従業員が退職済み等であっても、対応ができますからね。