僕は、某大学の某研究室に在籍するものですが、卒論のテーマで悩んでます。
テーマはずばり「塩基配列の音楽的表現」です。
つまり、塩基配列を音(メロディー)にしよう!!・・・ということなのですが、
果たして、生物学的に考えてみて、何か意味のあることなのでしょうか?今、いろいろ調べてるんですけど、大野乾さんの本とか読んでもいまいちピンときません。
どういうアプローチで取り組めばいいのかぜんぜん見えてこないんです。
何か、アイデアをお持ちの方、是非、アドバイスください。どうしても、卒論を形にしたいと思ってます!!

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A 回答 (3件)

 「塩基配列の音楽的表現」といっても色々ありますが,実際に音楽に変換するのでしょうか,それとも音楽的表現について何か議論するのでしょうか。

「果たして、生物学的に考えてみて、何か意味のあることなのでしょうか?」とありますが,これ(意味がある。いや,意味がない)を議論するのが,あなたの卒論じゃないでしょうか。

 なお,過去にも類似質問(「QNo.89888 DNAと音楽」↓1番目,「QNo.40004 伝子配列に数字じゃなくものを試した科学者名」↓2番目)がありましたので,そちらもご覧になってみてください。最初の方で回答していますように,文献検索をされてはいかがでしょうか。

参考URL:http://www.okweb.ne.jp/kotaeru.php3?q=89888, http://www.okweb.ne.jp/kotaeru.php3?q=40004
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なんのアドバイスにもなってませんが、


以前どこかのチャンネルの夕方のニュースで、DNAに音名を当てはめ曲にしたというものを紹介してました。

生物学的にはあまり意味がないかもしれませんが……
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生物学的な意味・・・は残念ながらないと思います。


コドンにアミノ酸を割り当てることには生物学的な意味というか必然性がありますが、音符の割り当てはあくまでも人間の勝手ですから・・・。
でも芸術的な意味はあるんじゃないですか?
私には音楽的な才能が皆無なので良くわかりませんが、64通りのコドンにうまく音を割り当てていけばそれなりのものにはなると思いますよ。
以前、星座の配列を五線譜におとし、そこに出てくる旋律をベースにして作った音楽というのを聞いたことがありますがなかなかいい感じでした。
すばらしい作品が出来あがることを期待しています。
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Qあることの結果がいつわかるかについてメールで聞く

 日本語を勉強中の中国人です。あることの結果がいつわかるかについてメールで聞く場合、どのように書いて自然で丁寧でしょうか。「の」を入れた場合、催促する詰問のように聞こえるでしょうか。(←ここの「聞こえる」の後ろに「の」を入れたほうが良いかどうかもよくわかりません。)

1.結果は大体いつ頃、わかるでしょうか。
2.結果は大体いつ頃、わかるのでしょうか。
3.結果は大体いつ頃、わかることができるでしょうか。
2.結果は大体いつ頃、わかることができるのでしょうか。

 また、質問文に不自然な表現がありましたら、それも教えていただければ幸いです。よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

1.結果は大体いつ頃わかるでしょうか。

これが最も適切です。

2.結果は大体いつ頃わかるのでしょうか。

「のでしょうか」は「のです」の疑問形で、おっしゃるように下記の「2相手に対する要求・詰問の意を表す」用法です。
http://dic.yahoo.co.jp/dsearch/0/0na/14450100/
非常に急いでいる時や非常に重要な用件などの場合に、切迫感を伴って表現します。
(ex)
(砂漠で遭難して)この水は飲めるのでしょうか!?
(友人が事故に遭って)助かるのでしょうか!?

3.結果は大体いつ頃、わかることができるでしょうか。

4.結果は大体いつ頃、わかることができるのでしょうか。

「わかる」という言葉には「明らかになる→知ることが可能になる」という意味が含まれているので、「わかることができる」は二重表現で不自然になります。
「知ることができる」であれば自然です。

5.「の」を入れた場合、催促する詰問のように聞こえるでしょうか。

この文は「催促する詰問のように聞こえますか」という意味で、純粋な疑問文と言えます。

6.「の」を入れた場合、催促する詰問のように聞こえるのでしょうか。

このように表現すると、微妙にニュアンスの異なる文になります。
この「のでしょうか」も「のです」の疑問形ですが、上記の2 とは異なり、
1 理由や根拠を強調した断定の意を表す。
という用法です。
http://dic.yahoo.co.jp/dsearch?p=%E3%81%AE%E3%81%A7%E3%81%99&stype=1&dtype=0
『「の」を入れた場合、催促する詰問のように聞こえると断定したいと思うのですが、どうでしょうか』
というニュアンスになります。

無論、「2相手に対する要求・詰問の意を表す」用法として考えることもできますが、今回のご質問の場合には不適当である、ということです。
  

>あることの結果がいつわかるかについてメールで聞く場合、どのように書いて自然で丁寧でしょうか。
→あることの結果がいつわかるかについてメールで聞く場合、どのように【書くと】自然で丁寧でしょうか。

仮定法なので「書くと」「書けば」のようにします。
  

1.結果は大体いつ頃わかるでしょうか。

これが最も適切です。

2.結果は大体いつ頃わかるのでしょうか。

「のでしょうか」は「のです」の疑問形で、おっしゃるように下記の「2相手に対する要求・詰問の意を表す」用法です。
http://dic.yahoo.co.jp/dsearch/0/0na/14450100/
非常に急いでいる時や非常に重要な用件などの場合に、切迫感を伴って表現します。
(ex)
(砂漠で遭難して)この水は飲めるのでしょうか!?
(友人が事故に遭って)助かるのでしょうか!?

3.結果は大体いつ頃、わかること...続きを読む

Q卒論で遺伝子配列とアミノ酸配列を表記したいのですが・・・

 今卒論を書いています。遺伝子配列とその下にアミノ酸配列を表示させたいのですが、ワードやパワーポイントではコドンの下にアミノ酸が正しい位置に表示してくれません。具体的にいうとDNAsisやgenetyxでthanslateした後それをワードなどで開いたり、コピーandペーストしたりしています。
 なにか正しい表示のさせかたを教えて下さい。

Aベストアンサー

こんにちは。
ズバリ、フォントの問題です。
プロポーショナルフォントで文字の間の間隔が変わってしまうために起きる問題です。配列を全て選択して、等幅タイプのフォントに変えてやってください。ぴったり来ると思いますよ。
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ANA早割りチケットでキャンセル待ちを3名分予約したのですが、キャンセル待ちの結果っていつわかるのですか?
まさか前日なんてありませんよね?

保険で正規の値段でチケット取ったほうがいいのかな?
確立としては何割くらいキャンセル待ちとれるのかな。

Aベストアンサー

>早割り
旅割のことでしょうか、それならその旅割の条件に合う日にちまでにキャンセルがあれば連絡があるでしょう。
普通運賃であれば2日前というのもあり。

キャンセル待ちは、キャンセルする人があってのものです。
しかも3人となると条件は悪いですねえ。
ひとりふたりのキャンセルがあった場合、当然1名2名でキャンセル待ちをしている人に振り分けられます。
質問者さんの場合だと一度に3人以上のキャンセルが出ないと回ってこないわけです。(しかも旅割という条件)

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Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
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また、
・一定の塩基数間隔で改行
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・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q妊娠っていつわかる?

現在、生理が遅れています。この前妊娠検査のチェックワンで試したら、陽性反応。そこで病院にいって検診したのですが、エコーで見る限りは、まだわからないとの回答。いつ頃わかるものでしょうか?またこの時期、食事含め注意しなきゃいけないことは?

Aベストアンサー

私の場合には妊娠5週目に胎児の心音が確認され 妊娠と言われました。

妊娠x週というのは最後の生理が始まった週を1週と数えますので実際には排卵日から2,3週目で確認されたことになります。

しかし通常 受精卵が子宮内に着床して 心臓の音が確認されるまでは個人差があり3ヶ月くらいまで確認されないケースもあるようです。
無事「妊娠」していても遺伝子の異常などによって子宮内に着床できない場合もあり 繋留流産 などが起きやすい時期です。

タバコ、飲酒、妊娠を知っている医師からのもの以外の薬の服用を控える他 食事もバランスのとれたものを摂るようにする必要はありますが 一般にまだ妊娠がわからない場合で通常の生活をしている期間の場合もあります。
食事その他気をつけるにこしたことはありませんが
胎児が胎盤を通してお母さんから栄養を摂るようになるのは4,5ヶ月になった頃からですので実際にはそんなに神経質になる必要はないかもしれないですね。
既に摂取してしまったモノがある場合には一応医師に確認して安心できたら、後は気にしないのが一番だと思います。

むしろ この時期の流産は特に多いので不正出血などがあったらすぐに病院に行くこと。
赤ちゃんがお腹の中にいることでホルモンのバランスが変わり色々と体調の変化が生じる時期です。
体調の変化を見逃さないで、具合が悪いなと思ったときにはすぐに休むこと。
気を楽に持ってストレスを溜めないようにすること。

あたりかな~と思います。


不安に思うことは担当の先生に都度確認するとよいですよ。

参考URL:http://www.fan.hi-ho.ne.jp/kashiwatsuru/faq/maternity/m.calendar.html

私の場合には妊娠5週目に胎児の心音が確認され 妊娠と言われました。

妊娠x週というのは最後の生理が始まった週を1週と数えますので実際には排卵日から2,3週目で確認されたことになります。

しかし通常 受精卵が子宮内に着床して 心臓の音が確認されるまでは個人差があり3ヶ月くらいまで確認されないケースもあるようです。
無事「妊娠」していても遺伝子の異常などによって子宮内に着床できない場合もあり 繋留流産 などが起きやすい時期です。

タバコ、飲酒、妊娠を知っている医師からのもの以外...続きを読む

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

Q性別はいつわかるの?

赤ちゃんの向きとかにもよるとは思いますが、だいたいいつ頃からわかるものなのかな・・と思いまして。。
現在私は妊婦16週目です。
15週の友人がすでに性別がわかったので私も!と思ったんですが、昨日病院に行ってきたら後2ヵ月しないとわかんない!!!って言われてガーン・・・・・・・なんです・・・(T_T)
以前私が通ってる産院で出産をした友人に聞いたらそこの病院だけかはわかりませんが、期待していた性別が違って中絶をされるのを防ぐために20週すぎないと教えてくれないようなんですね・・。(もちろんそんな事は絶対考えてません)
早く知りたいので他の産院に行ったらわかるもんなのかなぁ・・・と思いました。3Dとか設備がハイテクな産院に行けばわかりますかね?

Aベストアンサー

エコーの映り具合によっては医師でも間違えることはありますよ^^

胎児の角度にもよりますが、12~15wでも画像を見慣れれば一般の人にも性別くらいはわかることも少なくないでしょうね。医療関係者にとっては性別はほんとにどうでもいいことなので、そのために何度もエコーを取り直して確認することはしません。
おっしゃるように、人口妊娠中絶を防ぐために教えないということがないとはいいきれませんが、産科の関係者からすれば「いつの時代の話?」と思ってしまいます。
 期待していた性別と違うという思いは誰しもおありでしょうが、そんなことで人工妊娠中絶を選択する人は実際にはほとんどおられません。悲しいことに、望まない妊娠での手術が多くなっていて、人工中絶手術を受けた女性はここ10年で10倍強もいらっしゃいます。

「男のかな?女の子かな?」とあれこれ思いながらの幸せな期間を楽しみたいので、対面するまで知りたくないと思う方もおいでになるので、妊婦さんのご希望もさまざまです。
 どうしてもお知りになりたければ教えてくれる産院も見つかるとは思いますが、まずはあなた自身が日々の生活を心豊かに、お健やかにお過ごしください。
 まだまだ先は長いですが、ご無事に対面されますようにお祈り申し上げます。

エコーの映り具合によっては医師でも間違えることはありますよ^^

胎児の角度にもよりますが、12~15wでも画像を見慣れれば一般の人にも性別くらいはわかることも少なくないでしょうね。医療関係者にとっては性別はほんとにどうでもいいことなので、そのために何度もエコーを取り直して確認することはしません。
おっしゃるように、人口妊娠中絶を防ぐために教えないということがないとはいいきれませんが、産科の関係者からすれば「いつの時代の話?」と思ってしまいます。
 期待していた性別と違うという思...続きを読む

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。

Q車両登録番号っていつわかる?

先月、新車を買いました。
登録は、ディーラーの人が先月末にしてくれたみたいですが、納車は来週です。
で、駐車場を新しく契約したい(アポはとってます)のですが、契約書に車両登録番号とか年式および型式を書くところがあるんですけど、今の時点でこれはディーラーに聞けばわかってるものなんですか?

それとも、納車の日にならないと教えてもらえないのですか?
よくわからないので教えてください。

Aベストアンサー

車両登録番号は...
1 車両登録希望番号じゃなければ登録したその日にわかります。
2 抽選外の希望登録番号は申請書を申し込みの日。
3 抽選対象の希望登録番号であれば抽選日に当選したかどうかで判断出来ます。

遠慮なく、どんどん連絡入れた方がいいですよ。

ちなみに車体番号は契約後、工場に生産登録が行き、同仕様の変更
キャンセルが無ければ2~3日で分かります。
納車予定の10日~一週間前には車体番号も出てきます。

他の方が言っていましたが月をまたぐと自動車税1ヶ月分損しますの
で今後は月をまたがぬ様にしたい物です、もし納車が月をまたぐよう
であばあれば返してもらいましょう、営業マンの成績に貢献するなら
その位言っても当然ですよ。じゃ無ければ登録月にきちんと納車しろと。
私も保険の切り替えがあり、営業マンがチンタラ仕事して月きまたいだので
ガンガン文句言いましたよ!(余談でした・・・)

Q塩基配列の周期

人によって塩基配列の周期が異なる。というのを聞いたことがあります。
詳しく覚えていないのですが、
周期の数はその人の『幸福追求性』というものと深くかかわりがある…。
というような内容でした。
このことについてもっと詳しく知りたいのですが、
『塩基配列 周期』等の言葉で検索をかけてもなかなか自分の探していることが見つかりません。
どなたかオススメのサイトをご存知の方いらっしゃいましたら教えてください。

Aベストアンサー

確かにいかにもエセ科学っぽい話ですがあながちそうとも言えないかもしれません。
ずいぶん前からドーパミン受容体遺伝子にある反復(ここではタンデムリピートと言う種類の繰り返し)配列の差異が性格の違いに関係しているのではないかということは言われています。
ただ「幸福追求性」なんて言う言葉を使われると胡散臭いのは確かです。
PubMedという論文検索サイトで少しそれっぽいものを見つけたので参考URLに載せておきます。それを見ると確かにvariable number of tandem repeats (VNTR) polymorphism(二塩基の繰り返し回数の違い)という言葉が出てきます。

参考URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20218802


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