僕は、某大学の某研究室に在籍するものですが、卒論のテーマで悩んでます。
テーマはずばり「塩基配列の音楽的表現」です。
つまり、塩基配列を音(メロディー)にしよう!!・・・ということなのですが、
果たして、生物学的に考えてみて、何か意味のあることなのでしょうか?今、いろいろ調べてるんですけど、大野乾さんの本とか読んでもいまいちピンときません。
どういうアプローチで取り組めばいいのかぜんぜん見えてこないんです。
何か、アイデアをお持ちの方、是非、アドバイスください。どうしても、卒論を形にしたいと思ってます!!

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A 回答 (3件)

 「塩基配列の音楽的表現」といっても色々ありますが,実際に音楽に変換するのでしょうか,それとも音楽的表現について何か議論するのでしょうか。

「果たして、生物学的に考えてみて、何か意味のあることなのでしょうか?」とありますが,これ(意味がある。いや,意味がない)を議論するのが,あなたの卒論じゃないでしょうか。

 なお,過去にも類似質問(「QNo.89888 DNAと音楽」↓1番目,「QNo.40004 伝子配列に数字じゃなくものを試した科学者名」↓2番目)がありましたので,そちらもご覧になってみてください。最初の方で回答していますように,文献検索をされてはいかがでしょうか。

参考URL:http://www.okweb.ne.jp/kotaeru.php3?q=89888, http://www.okweb.ne.jp/kotaeru.php3?q=40004
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なんのアドバイスにもなってませんが、


以前どこかのチャンネルの夕方のニュースで、DNAに音名を当てはめ曲にしたというものを紹介してました。

生物学的にはあまり意味がないかもしれませんが……
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生物学的な意味・・・は残念ながらないと思います。


コドンにアミノ酸を割り当てることには生物学的な意味というか必然性がありますが、音符の割り当てはあくまでも人間の勝手ですから・・・。
でも芸術的な意味はあるんじゃないですか?
私には音楽的な才能が皆無なので良くわかりませんが、64通りのコドンにうまく音を割り当てていけばそれなりのものにはなると思いますよ。
以前、星座の配列を五線譜におとし、そこに出てくる旋律をベースにして作った音楽というのを聞いたことがありますがなかなかいい感じでした。
すばらしい作品が出来あがることを期待しています。
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Q卒論で遺伝子配列とアミノ酸配列を表記したいのですが・・・

 今卒論を書いています。遺伝子配列とその下にアミノ酸配列を表示させたいのですが、ワードやパワーポイントではコドンの下にアミノ酸が正しい位置に表示してくれません。具体的にいうとDNAsisやgenetyxでthanslateした後それをワードなどで開いたり、コピーandペーストしたりしています。
 なにか正しい表示のさせかたを教えて下さい。

Aベストアンサー

こんにちは。
ズバリ、フォントの問題です。
プロポーショナルフォントで文字の間の間隔が変わってしまうために起きる問題です。配列を全て選択して、等幅タイプのフォントに変えてやってください。ぴったり来ると思いますよ。
 MACでしたら、MONACOかOSAKA等幅です。WINは分かりません。

Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。

Q塩基配列の周期

人によって塩基配列の周期が異なる。というのを聞いたことがあります。
詳しく覚えていないのですが、
周期の数はその人の『幸福追求性』というものと深くかかわりがある…。
というような内容でした。
このことについてもっと詳しく知りたいのですが、
『塩基配列 周期』等の言葉で検索をかけてもなかなか自分の探していることが見つかりません。
どなたかオススメのサイトをご存知の方いらっしゃいましたら教えてください。

Aベストアンサー

確かにいかにもエセ科学っぽい話ですがあながちそうとも言えないかもしれません。
ずいぶん前からドーパミン受容体遺伝子にある反復(ここではタンデムリピートと言う種類の繰り返し)配列の差異が性格の違いに関係しているのではないかということは言われています。
ただ「幸福追求性」なんて言う言葉を使われると胡散臭いのは確かです。
PubMedという論文検索サイトで少しそれっぽいものを見つけたので参考URLに載せておきます。それを見ると確かにvariable number of tandem repeats (VNTR) polymorphism(二塩基の繰り返し回数の違い)という言葉が出てきます。

参考URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20218802


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