遺伝子結合タンパク質とDNA

今遺伝子調節タンパク質について、ゼミで勉強しているんですが、遺伝子結合タンパク質がどのようにして結合しやすいＤＮＡを見極めているのかについて悩んでいます。
参考書には(1)「ＤＮＡには歪みやすい特異的配列があり、遺伝子調節タンパク質はそれを見極めて、結合する」と(2)「ひずみの存在する部位がＤＮＡにはあり、遺伝子結合タンパク質はそこを見つけて結合する」ともありました。
しかし、(2)についてよくよく考えてみると、そのひずみは遺伝子調節タンパク質が結合することで生まれたものではないか？とも考えました。
実際、そのような質問を友人から受け、考えていたのですが答えが出ません。

No.1 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2005/07/16 16:09

DNAの二重鎖は相補配列が静的に対合したままというわけではありません。

熱運動によってついたり離れたり、二次構造をとったりします。典型的な例で、パリンドローム配列を考えて見ましょう。パリンドロームは自己二重鎖をつくりステム－ループ構造をとり得ます。制限酵素やある種の転写因子はこのようなステムーループ構造を認識するのですね。
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参考URL：http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1385688