Western blottingし、(POD法等で)発色させた後のPVDF膜で、アミノ酸配列は読めるでしょうか?
もしもこれが出来たら、検出されたバンドのタンパクのN末配列が判って便利なのに...。
ブロッキングに使ったタンパクや抗体タンパクの方の量が多いだろうから、絶対に不可能なんでしょうか。
(抗体の方は剥がせるにしても、ブロッキング試薬の方は...。)
トライした事のある人、いませんか?

A 回答 (1件)

どのような状況を想像されているかわかりませんので何ともいえませんが、


二つの場合で、

1.クルードなもののロードでは一見ウエスタンの結果バンドがあるところには
一つのタンパクしかないように思えますが、当然何種類ものタンパクがそこには存在します。シーケンスの際に2次元でわけないとコンタミすることがあるのにそんな状態ではきれいに読めません。読めても信頼できない。まあウエスタンしてるぐらいだから既知のものを読むのですけどね。

2.ある程度精製後、これならそのまま読んだらよい。ただし、量がすくなすぎてメンブレン上ではCBBなどの染色でくん出できない時には使用価値があるかも。しかし、やっぱりコンタミして読めないと思います。そんな状態では当然ブロッキングしたタンパクの方が圧倒的に多いでしょうから。

確かにできたら便利なことがあるかも。
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この回答へのお礼

ありがとうございます。
やっぱ、ブロッキングしたタンパクの方が圧倒的に多くてだめかなあ。

お礼日時:2001/10/18 18:41

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トランスファーはうまくいっているか。
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ならば、『5』が返ってくるなどです。

力技では、aの配列を順にみていき、bの一番目と同じなら、
お互いの配列の次の要素を比較…などとやっていくのですが、
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質問させていただきました。

以上、よろしくお願いいたします。

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int型配列aに含まれるint型配列bの要素の先頭の添字だけ欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,b[index]);
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の全添字欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,from,to,b[index]);//from,toは配列aの走査対象要素

配列がオブジェクト型でもいいなら、Listを実装したクラス(ArrayListなど)に放り込みます。

オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素があるか否か
listA.contains(b[index]);
オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素の先頭の添字だけ欲しい場合
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オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素の最後の添字だけ欲しい場合
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最初に見つかる添字だけ欲しいなら標準ライブラリで取得できますが、
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Javaだけの話です。(以下、indexはbの添字)
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の先頭の添字だけ欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,b[index]);
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の全添字欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,from,to,b[index]);//from,toは配列aの走査対象要素

配列がオブジェクト型でもいいなら、Listを実装したクラス(ArrayListなど)に放り込みます。

オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素があるか否か
listA.contains(b[index]);
オブジェクト型配列aに含まれるオ...続きを読む

Qタンパク実験~western blotting~についてお聞きします。

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No.5です。
>今はa[],b[]に10000個の配列があります。これをc[a][b]に格納するためにどうするか、例文を書いていただいてもよろしいでしょうか?

例文ではありませんが、感じだけ書きましたので参考にしてください。
パラメタの順序や型は正しくないと思いますので、各関数はよく調べて使ってください。あくまで、こんな感じ、ということです。
-------------------
#include <stdio.h>
#include <io.h>

double read_c(FILE *fp, int x, int y) {
 double c;
 fseek(fp,(x*10000+y)*8L, SEEK_SET);
 fread(&c, 1,8, fp);
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}

void write_c(FILE *fp, double *c, int x, int y) {
 fseek(fp,(x*10000+y)*8L, SEEK_SET);
 fwrite(c, 1,8, fp);
}

int main(void)
{
 FILE *fp;
 double c,s;
 int x,y;
 int a[10000],b[10000];
 
 fp = fopen("c.dat","w+b");// double c[10000][10000]; の意味
 
 for(x=0; x<10000; x++) {
  for(y=0; y<10000; y++) {
   c=a[x]*b[y];
   write_c(fp, &c, x,y);// c[x][y]=a[x]*b[y]; の意味
  }
 }
 
 for(x=0; x<10000; x++) {
  s=0;
  for(y=0; y<10000; y++) {
   s += read_c(fp, x,y);// s += c[x][y]; の意味
  }
  b[x] = s / 10000;
 }
 
 fclose(fp);
 return 0;
}

No.5です。
>今はa[],b[]に10000個の配列があります。これをc[a][b]に格納するためにどうするか、例文を書いていただいてもよろしいでしょうか?

例文ではありませんが、感じだけ書きましたので参考にしてください。
パラメタの順序や型は正しくないと思いますので、各関数はよく調べて使ってください。あくまで、こんな感じ、ということです。
-------------------
#include <stdio.h>
#include <io.h>

double read_c(FILE *fp, int x, int y) {
 double c;
 fseek(fp,(x*10000+y)*8L, SEEK_SET);...続きを読む

Qwestern blotにおける、抗体のストリッピングの原理について

タイトルの通りです。
メンブレンから抗体を除去する原理についてですが、
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どなたか宜しければ教えてください。

Aベストアンサー

抗体の除去は、抗原認識できないように免疫グロブリンの構造を変え、抗原との結合をはずすことによります。よく使われるのは、HClなどpHによって立体構造を変化させたり、DTTなどの還元剤によるL鎖とH鎖をつなぐジスルフィド結合の切断、グアニジン塩酸塩などの変性剤による変性です。

Qc言語の配列の先頭アドレスが偶数アドレスとなる理由について

c言語の配列の先頭アドレスが偶数アドレスとなる理由について

下記のように実行結果をで見ると、配列Sの先頭アドレスと配列Cの先頭アドレス共に偶数アドレスなる理由を教えて頂きたい。

/*list0105*/
#include <stdio.h>
main()
{

char na=1;
char nb=1;
char c[2] ={1,2};
char s[3] = {1,2,3};
char nc=1;
char nd=1;

printf("%p\n",&na);
printf("%p\n",&nb);
printf("%p %p \n", &c[0],&c[1] );
printf("%p %p %p \n", &s[0],&s[1] ,&s[2] );
printf("%p\n",&nc);
printf("%p\n",&nd);


}

実行結果
0xbffff8cf
0xbffff8ce
0xbffff8cc 0xbffff8cd ← c配列
0xbffff8b0 0xbffff8b1 0xbffff8b2 ← S配列
0xbffff8af
0xbffff8ae

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下記のように実行結果をで見ると、配列Sの先頭アドレスと配列Cの先頭アドレス共に偶数アドレスなる理由を教えて頂きたい。

/*list0105*/
#include <stdio.h>
main()
{

char na=1;
char nb=1;
char c[2] ={1,2};
char s[3] = {1,2,3};
char nc=1;
char nd=1;

printf("%p\n",&na);
printf("%p\n",&nb);
printf("%p %p \n", &c[0],&c[1] );
printf("%p %p %p \n", &s[0],&s[1] ,&s[2] );
pr...続きを読む

Aベストアンサー

メモリの配置はコンパイラとコンパイルオプションに依存します。
デフォルトだと、32ビットのメモリ処理単位=4バイトとか8バイトが多いかと。
理由は32ビットCPUが4バイト単位でメモリにアクセスするのでアクセス効率を優先したためです。

例えば、
0xbffff8cc 0xbffff8cd ← c配列
0xbffff8ce 0xbffff8cf 0xbffff8d0 ← S配列
だとしたら、S配列の内容全てを参照するためにCPUは0xbffff8ccと0xbffff8d0の合計8バイトにアクセスする必要が出てきます。無駄ですよね。

Qimmunoslot blottingとwestern blottingの違い

生化学系の論文を呼んでいるのですが、
immunoslot blotting という方法を用いています。
どうもwestern blotting とほぼ同様の手法で、
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immunoslot blotting についてご存知の片、
その原理とwestern blottingとの違いを教えていただけないでしょうか。
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こちらもあわせてお願いします。

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スロットブロットでは、電気泳動による分離を行わずに、タンパク質サンプルを直接メンブレンにスロット状にブロットします。同様の方法に、ドットブロットという、ドット状にブロットする方法があります。
どちらも、デンシドメトリーによる定量や、定量的な比較するのに適した方法です。

参考URLのような器具を使います。
メンブレンをブロックできつく挟み、上側のブロックにあいたスリットや丸い小穴にサンプル溶液をアプライし、バキュームで下方にひいてタンパク質をメンブレンに吸着させます。

参考URL:http://www.bio-rad.co.jp/B2B/BioRad/product/br_category.jsp?BV_SessionID=@@@@2056341902.1130932966@@@@&BV_EngineID=cccda

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testの領域は3バイトのため、それ以上の配列を追加することは出来ません。
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その場合は、memcpy(&test[3],test2,2); とすれば、
testの4バイト目からあとに、test2の2バイトが追加されます。
新たに配列を作成して良いなら、
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memcpy(&test3[3],test2,2);
とすれば、test3はtestとtest2を連結したものとなります。

QWestern blotting -バンドがすべて2重に出る-

現在、Western blottingをやっています。
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目的タンパクもβ-actinもしっかりバンドが出るのですが、どちらとも2本線で出てくるのです。別のタンパクでやっても同様の結果でした。
原因として、

(1)1年以上前に購入した市販のゲルを使っているから
(2)泳動時の電流/電圧が高すぎて分離しきれていないから
(3)目的以外のタンパクも反応しているから

などと考えましたが実際どうなのでしょうか。教えてください。

Aベストアンサー

普通に考えると、反応はちゃんとしているので、ゲルが均一でない、それも厚さの中で(表面と裏側とで)ムラがあることが考えられます。
表面と裏側で伝導率が違うということ。
あとは、コームのサンプルチャージ部分が平らでなく勾配ができているか(でも、この場合は二重線というよりブロードになることの方が多いと思いますが)でしょうか。


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