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QC-PCR(Quantitative Competitive-PCR)についてその原理が良くわかりません。
PCRプライマーを競合させるようなのですが、具体的にどのように働いて競合させ、
そしてどのように定量するのでしょうか?

どうか丁寧に教えてください。おねがいします。

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A 回答 (2件)

ふつう、PCRというのは検出するDNA断片の一つに対して、


一対のプライマーを設計しますよね。
ところがこの場合には増幅がプラトー(増幅限界を超えて、それ以上増えない状態)になった場合に、
定量が正確にできなくなってしまいます。ですから普通は、キャリブレーションを
とって、最適な増幅回数を決定してから本実験(定量実験)を行うわけです。
この場合はプライマーの余剰が問題になるわけです。
(と、この辺の話はおわかりでしょうか?)

一方、競合的PCRの場合は、目的とするDNA断片に加えて、”それと異なる配列を
持つけれども、同じプライマーで増える別のDNA断片(RT-PCRの場合は
内部標準となるDNA断片を加えることが多い)”を加えます。
もちろん、この別に加えるDNA断片はあらかじめ量が分かってるものです。
そうすると、2種類のDNA断片が、1種類のプライマーを奪い合う訳ですから、
増幅がプラトーに達してしまう前にプライマーが枯渇してPCRが終了します。
(この「奪い合う」状態が、「競合的」の語源になってます)
後から加えたDNA断片は、量が分かっているわけですから、それに対して
目的のDNA断片の増幅量を比較すれば、定量ができるという仕組みです。

競合的PCRは定量的PCRを行う方法のなかでも、
プライマーの余剰によるプラトー効果を防ぐ方法というわけです。

たぶん、これであってたはずです。家に帰ればちゃんとした資料が
置いてあるのですが…。現在会社なので(笑)
学生時代のつたない記憶を思い起こして回答してます。

#1の方の話は、
バイオ実験イラストレイテッド3+:細胞工学別冊
「新版 本当に増えるPCR」第8章
中山広樹著、(株)秀潤社発行 のことですよ。
競合的PCRの話は図がないとひじょーに説明しにくいので(笑)
いちど本屋さんをのぞいてみることをおすすめします。
ただし、医学部がある大学内の本屋か、紀伊国屋や旭屋、進々堂など、
専門書を扱っているかなり大きな書店でないと、置いてないですよ!
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「細胞工学別冊 バイオ実験イラストレイテッドの3+」中山…とか分かり易く書いてなかったっけ???うる覚えなのでこれぐらいで勘弁してください。

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