熱帯植物の塩基配列において寒帯植物にくらべてなぜ水素の三重結合の多いグアニンやシトシンが多く含まれているのか?教えてください。

A 回答 (1件)

 専門外ですので全くの推測ですが,次の様には考えられないでしょうか。



熱帯 ⇒ 温度が高い ⇒ 分子(原子)の持つエネルギ-が高い ⇒ DNA 2本鎖が剥がれやすい ⇒ これは困るから,剥がれ難い構造が必要 ⇒ 水素結合が3本のグアニンやシトシンを使う

 植物がこんな事を考えているわけはないので,実際の所は,結合の強いお書きのものが生き残ってきたということじゃないかと思いますが。

 専門家の方,いかがでしょうか。
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Qアデニン、グアニン、チミン、シトシンの化学式

こんにちは。

大学の生物学という授業で遺伝子の勉強をしており、
塩基の4つの化学物質 アデニン、グアニン、チミン、シトシンの
構造式と化学式をテストで書けと言われました。

教授が水での例を書いておくと、
構造式は、H-O-H
化学式は、H2O

と、書いていました。

Wikipediaで調べると、水には化学式としてH2Oと書いてありましたが、
アデニン、グアニン、チミン、シトシンには化学式は書いてなく、
似たような感じだなあと思った分子式などしか載っていませんでした。

他を調べても基礎知識のなく、全くわからなかったので
アデニン、グアニン、チミン、シトシンの化学式について
お答えいただけると幸いです。

Aベストアンサー

何か良く分からんのだが・・・、
-----------------------------------------------
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A2%E3%83%87%E3%83%8B%E3%83%B3
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B0%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%B3
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%81%E3%83%9F%E3%83%B3
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B7%E3%83%88%E3%82%B7%E3%83%B3
------------------------------------------------
・・・で分子式のことでないの!?
分子式、組成式、構造式、示性式など、元素記号を用いて物質の組成や構造を表した式を総称して「化学式」という
・・・と書いてあるのだが!?

Qなぜ決まった塩基同士で水素結合を取るのだろうか

普通、アデニンとチミン、グアニンとシトシンが結合するけれども、ミスマッチ結合としてアデニンとグアニン、グアニンとチミン、アデニンとシトシン、シトシンとチミンが結合する場合もあるかもしれないです。
そこで、アデニンとチミン、グアニンとシトシンの結合と上記で述べたミスマッチ結合のエネルギー的な差異を具体的に教えてください。パーセンテージで示してもいいし、具体的な数字でもいいのでよろしくお願いします。大学のレポートで調べてこいと言われて、期限は、2012年12月17日の月曜日です。他のサイトを見たのですが、なかなか見つからなくて困っています。

Aベストアンサー

1塩基間でのデータではありませんが、より精度が高いとされている「隣接した2塩基間」=Nearest-Neighbor法でのデータの一例をご紹介します。

http://openwetware.org/wiki/DNAmazingProcess
(中央付近の"Nearest-neighbor ΔGo increments (kcal/mol) for internal single mismatches next to Watson-Crick pairs in 1 M NaCl"をご参照下さい)

表の見方ですが、例えばGX/CYの場合、GA/CT, GT/CA, GC/CG, GG/CCがパーフェクトマッチ、それ以外の組み合わせがミスマッチのΔGoになります。
この値を見れば、パーフェクトマッチのΔGoが低いこと、ミスマッチであっても比較的ΔGoが高いものがあることが分かるかと思います。

Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。


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