ダイデオキシ法って何ですか?どうゆうしくみで起こるものなんですか?どんなことでもいいです。なにかわかることがあったら教えてください!!!

A 回答 (2件)

今年、薬学の学生実習でやりました。


ダイデオキシ法はDNAの配列を決定する方法の一つです。
配列を決定したいDNA鎖(鋳型DNA)は通常やるようにPCR法で増幅させます。その時にDNA合成材料として各種塩基(ATCG)が必要ですがその材料にダイデオキシヌクレオチドを混ぜておきます。ダイデオキシヌクレオチドは3'の-OH基が無いためにそれ以上DNA鎖の伸長は押さえられます。
ですので、あるPCR産物にはddAを、別のものにはddTをと、それぞれどこにどの塩基があるのかを発見できるわけです。
ex.
鋳型DNA鎖を以下のようにしたときに
TGCATAGCTCGTTCAGAC ならば

ddAを使用したとき
TGCA(stop)
TGCATA(stop)
TGCATAGCTCGTTCA(stop)
TGCATAGCTCGTTCAGA(stop)
ddTを使用したとき
T(stop)
TGCAT(stop)
TGCATAGCT(stop)
TGCATAGCTCGT(stop)
TGCATAGCTCGTT(stop)
ddGを使用したとき
TG(stop)
TGCATAG(stop)
TGCATAGCTCG(stop)
TGCATAGCTCGTTCAG(stop)
ddCを使用したとき
TGC(stop)
TGCATAGC(stop)
TGCATAGCTC(stop)
TGCATAGCTCGTTC(stop)
TGCATAGCTCGTTCAGAC(stop)

このフラグメントを解析していくのです。もちろんコンピューターを用いて。

よく似た抗ウイルス薬としてアシクロビルというものがあるのであわせて紹介しておきます。

以上です。長々と書きましてすみません
    • good
    • 0

DNA伸長に必要なもの


・いがたDNA
・プライマー
・DNA伸長酵素
・ ATGCのそれぞれの塩基がいっぱい(dNTP)
ダイデオキシ法場合このdNTPの中にダイデオキシな4種類の塩基が入っており
これを取り込んだとき伸長反応はここで止まります。こうして1塩基ずつ違った長さの複製産物ができあがります。
それらを1塩基ずつの長さで分離できるゲルを使って電気泳動してやるとシークエンスができるのです。
以上。古い記憶なので違っていたらすいません。

参考URL:http://www.riise.hiroshima-u.ac.jp/~ksuzuki/dnas …
    • good
    • 0
この回答へのお礼

回答ありがとうございました。授業で習ったんですが、いまいち理解できなくてとても困っていたので本当に助かりました。  happappappa

お礼日時:2000/12/13 05:04

お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!

このQ&Aを見た人はこんなQ&Aも見ています

このQ&Aを見た人が検索しているワード

このQ&Aと関連する良く見られている質問

Q形質転換効率?の求め方

プラスミドの導入による細菌の形質転換のレポート作成中です。
形質転換効率(cfu/μg)求める式、どなたか教えていただけませんでしょうか??
また、プラスミドによる薬剤耐性化が問題となっている細菌感染症の例には、どのようなものがありますか??レポの提出日、明日なので、誰か助けてください><よろしくおねがいしますmm

Aベストアンサー

形質転換効率の意味を理解していれば、単純な割り算、掛け算です。特に公式のようなものはありません。
パラメータは
A. コロニーの数(プレーティングするを振っていたなら、数十から数百コロニーまいたプレートを採用します。少なすぎるとサンプリングによる振れが大きくなりますし、数えるのが不正確になります。同じ量をまいたプレートが複数ある場合は平均します)。

B. Aを与えたプレーティング細胞の体積
C. プレーティング細胞全体の体積(回復培養のため加えたSOC培地の体積でよろしい)
D. 使用したプラスミドベクターの重量(ライゲーション産物の場合はベクターの重量のみで、インサートは勘定にいれない)

計算例)
A=150 cfu, B=100 uL, C=1000 uL, D=1 ngとしましょう。

まいた100 uL中に含まれるプラスミド量は
1 ng x 100 uL/1000 uL=0.1 ng

そのプラスミド量で150個のコロニーが出たので、1 ugあたりに換算すると

150 cfu x 1 ug/0.1 ng= 150 cfu x 1 ug/0.0001 ug=1.5x10^6 cfu/ug

となります。単位につくmicro (uであらわしています), nano (n), pico (p)が順に1/1000ずつ小さいことをあらわすのは説明不用ですね。

薬剤耐性化の設問は、日常生活とのかかわりを問うているもので、専門知識よりむしろ新聞の社会欄に出てるような話題を求めているのではないですか。たとえば、院内感染で騒がれているのはどのような感染症でしょう。

形質転換効率の意味を理解していれば、単純な割り算、掛け算です。特に公式のようなものはありません。
パラメータは
A. コロニーの数(プレーティングするを振っていたなら、数十から数百コロニーまいたプレートを採用します。少なすぎるとサンプリングによる振れが大きくなりますし、数えるのが不正確になります。同じ量をまいたプレートが複数ある場合は平均します)。

B. Aを与えたプレーティング細胞の体積
C. プレーティング細胞全体の体積(回復培養のため加えたSOC培地の体積でよろしい)
D. 使用...続きを読む

QRNAの電気泳動について

RNAの電気泳動について

初歩的な質問で申し訳ありません。

最近、動物細胞からtotal RNAを抽出する実験を始めました。
抽出後、電気泳動でチェックを行っています。
泳動後は、28S rRNAと18S rRNAのバンドを確認し、
実験が成功しているか判断する・・・というところまで調べたのですが、
28Sと18Sはおおよそ何bp付近にバンドが現れるものなのでしょうか。

現段階では、バンドは1500 bp付近に濃くと700 bp付近に現れています。
また、2000 bpの上あたりにも薄くバンドが現れています。
28Sと18S rRNAの質量比が約2:1ということなので、
1500 bp付近と700 bp付近のバンドを確認すれば良いのかと
考えてはいるのですが・・・

同じような質問がすでにあったら申し訳ありません。
行き詰ってしまっています。

宜しくお願いします。

Aベストアンサー

そもそも、RNAは一本鎖ですので、
DNAマーカーのどの分子量のバンドと同じか?と言われると
実際に比較してみないとわからないです。

また、RNAの分子量は、RNAの電気泳動をホルムアミドやホルマリンを加えた変性条件でする場合と
普通のDNAを泳動する場合と同じ条件でする場合とでも異なります。

さて、質問者さんの文脈から察するに、
おそらく、抽出したRNAがちゃんとしたものか?(分解していないか?等)ということを
実験前に確認したいということと思われるので、そのことについてアドバイス致します。

http://www.funakoshi.co.jp/shiyaku/entry/856.php?mode=print

こちらのサイトの泳動像をご覧下さい。
total RNAを泳動した場合、ほとんど2本しかバンドとして確認することができません。
(泳動像の分子量が小さいところにうっすらバンドが見える場合も、その場合3本)

そのメインの2本が28S rRNAと18S rRNAです。

なので、そのメインに見える2本がきちんとバンドとして確認されれば(ほぼ2対1になるのはおっしゃる通り)、
そのRNAはちゃんと精製できていると判断していいと思います。

そもそも、RNAは一本鎖ですので、
DNAマーカーのどの分子量のバンドと同じか?と言われると
実際に比較してみないとわからないです。

また、RNAの分子量は、RNAの電気泳動をホルムアミドやホルマリンを加えた変性条件でする場合と
普通のDNAを泳動する場合と同じ条件でする場合とでも異なります。

さて、質問者さんの文脈から察するに、
おそらく、抽出したRNAがちゃんとしたものか?(分解していないか?等)ということを
実験前に確認したいということと思われるので、そのことについてアドバイス致します。

...続きを読む

Q吸光度の単位

吸光度の単位は何でしょうか!?
一般的には単位はつけていないように思われるのですが。。
宜しくお願いします。

Aベストアンサー

物理的には、No.1さんも書かれているように吸光度も透過度も基本的に同じ単位系の物理量どうしの「比」なので「無単位」です。しかし、無名数では他の物理量、特に透過度と区別が付かないので、透過度は"透過率"として「%」を付けて表し、"吸光度"は「Abs(アブス)」を付けて呼ぶのが業界(分析機器工業会?)のならわしです。

Q大腸菌の世代時間について

先日、大腸菌を培養して世代時間を求めるという実験を行ったのですが、僕が出した世代時間は48分となりました。しかし、大腸菌を資料で調べていると大腸菌の世代時間約30くらいのようでした。僕らの出した結果とは18分も差がありました。これは僕が培養した大腸菌が分裂するのに時間がかかったということですよね?何故こういうことが起こってしまったのでしょうか。これは大腸菌の発育至適温度から離れていたということなのかと思い、大腸菌の発育至適温度を調べてみると約37℃でした。そして、僕が実験中保っていた温度も35℃から38℃でした。それほど変わらないはずなのに、文献値と僕の出した世代時間の差は18分もあります。これは温度が少し至適温度からずれただけで、細菌の分裂に大きく影響するということでしょうか?それとも他に理由があるのでしょうか?ちなみに培地はLB培地というのを使いました。

Aベストアンサー

エアレーション(振盪速度、容器の形状等)の影響を大きく受けます。

例えば、試験管にそれなりの量を入れて、振盪培養器に斜めに挿して150rpm程度で振盪した場合、エアレーションが不十分で、増殖速度は制限されてしまいます。
そこで、十分なエアレーションを確保するために、世代時間を求める実験をするときには、L字型試験管を使うことも多いです。試験管ごと吸光度を測定するのでなく、サンプリングして測定するなら、大き目のひだ付きフラスコまたは、坂口フラスコに、少な目の培地を入れて培養してもいいでしょう。

QW/V%とは?

オキシドールの成分に 過酸化水素(H2O2)2.5~3.5W/V%含有と記載されています。W/V%の意味が分かりません。W%なら重量パーセント、V%なら体積パーセントだと思いますがW/V%はどのような割合を示すのでしょうか。どなたか教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

w/v%とは、weight/volume%のことで、2.5~3.5w/v%とは、100ml中に2.5~3.5gの過酸化水素が含有されているということです。
つまり、全溶液100ml中に何gの薬液が溶けているか?
ということです。
w/v%のwはg(グラム)でvは100mlです。

Q蛍光スペクトル

蛍光スペクトルと励起スペクトルについて教えてください

励起光の波長を変化させて蛍光の波長を固定して測定したものが励起スペクトルで、励起光を固定して蛍光の波長を測定したものが蛍光スペクトルだというのはわかるのですが、2つがどういうものかということがよくわかりません。

教科書のスペクトルと見ると、横軸は波数で蛍光の波長だと、わかるのですが、励起光の波長はどこに表されているのでしょうか?

またどうして励起スペクトルと蛍光スペクトルが鏡像関係にあるのかもわかりません。

あまり難しい言葉や数式は使わずわかりやすく回答してもらえれば幸いです。

Aベストアンサー

#1さんの説明の通りですが、いくらか、図などがあった方がわかりやすいかもしれませんので、参考URLにgoogleで出て来たページを紹介します。ページ中程にあるJablonski Diagramの左側が蛍光について示した物です。以下、おそらく溶液の蛍光についての質問であると予想して、述べます。

さて、蛍光の過程について述べますと、蛍光とは図にある青の矢印に対応する励起光を分子が吸収します。その後、図では黒色の矢印で示された光を発しない緩和過程(溶媒などに熱エネルギー等の形でエネルギーを渡し、エネルギーの低い状態へ移動する)を経て励起状態振動基底状態へ移動します。そして、図では緑の矢印で示されている蛍光が発光します。

質問者様のおっしゃる励起スペクトルはこの青色の矢印の波長を変えながら緑色の矢印すべてひっくるめた蛍光全体の強度を測ります。このとき、電子励起状態の振動基底状態や振動励起状態(図では太い横線が各電子状態の振動基底状態を示し、その上の細い横線がその電子状態の振動励起状態を示しています。)へ励起されますので、励起光の波長は電子励起状態の各振動状態のエネルギーに対応したものとなります。溶液などでは、振動励起状態へ励起してもすぐにその電子状態の振動基底状態へ緩和されますので、緑の矢印全体の強度というのは、励起された分子の数に比例します。つまり、励起スペクトルは分子の吸収スペクトルに比例したようなスペクトルが得られるわけです。(もちろん、いろいろ例外はありますが)

さて一方、質問者様のおっしゃる蛍光スペクトルは緑色の矢印をさらに分光器などで分散させて矢印一本一本を別々の波長として観測するスペクトルです。つまり、波長は電子励起状態の振動基底状態から電子基底状態の振動励起状態のエネルギーに対応したものとなります。

蛍光スペクトルにおいて、励起光の波長がわからないと言うことですが、溶液などでは励起分子はすぐに電子励起振動基底状態へ緩和しますので、励起光の波長を変えて励起する分子の振動状態を変えても、蛍光スペクトルはすべて電子励起振動基底状態からのもので、波長とその強度比は変わりません(励起スペクトルのように全体の強度はかわりますが)。このような場合、励起光の波長を書かないことが多いです。

図でもわかるように、励起光の波長と蛍光発光の波長はは電子励起振動基底状態のエネルギーをはさんで、励起光は電子励起状態の振動エネルギーだけ高いエネルギー(短い波長)になり蛍光は電子基底状態の振動エネルギーだけ引いエネルギー(長い波長)になり、それぞれの振動エネルギー構造が似ていれば、鏡像のような形になることがわかります。

以上、「励起光が書いていない」ということから類推して、すべて溶液の蛍光測定と仮定してお答えしました。気体や分子線を使ったLIFではちょっと話がかわってきますので、その点はご留意ください。

参考URL:http://www.jp.jobinyvon.horiba.com/product_j/spex/principle/index.htm#01

#1さんの説明の通りですが、いくらか、図などがあった方がわかりやすいかもしれませんので、参考URLにgoogleで出て来たページを紹介します。ページ中程にあるJablonski Diagramの左側が蛍光について示した物です。以下、おそらく溶液の蛍光についての質問であると予想して、述べます。

さて、蛍光の過程について述べますと、蛍光とは図にある青の矢印に対応する励起光を分子が吸収します。その後、図では黒色の矢印で示された光を発しない緩和過程(溶媒などに熱エネルギー等の形でエネルギーを渡し、エネルギ...続きを読む

Q励起スペクトル測定の意義

今、実験で蛍光と燐光について学習しているのですが励起スペクトルを測定する意義がいまいち理解出来ずにいます。

例えば、吸収スペクトルにおいて250、260、270nmに吸収ピークが存在し、これらの励起波長で被験物質を励起したところ600nmに発光スペクトルが観測されたと仮定します。

ここで、おそらく被験物質に対して600nmの光を照射し、励起スペクトルの動向を調べるのではないのかな?と漠然と思うのですが、実際のところどうなのでしょうか?
また、励起スペクトルはどのようなピークを示すのでしょうか?

Aベストアンサー

> 600nmの光を照射し、励起スペクトルの動向を調べるのではないのかな?

ではなくて,600 nm の発光を検出しつつ,励起光の波長を変えるのが励起スペクトル.
単純に吸収したエネルギーがそのまま発光に回るなら,吸収スペクトルと一致するようなスペクトルになりそうですが,励起準位によっては吸収したからといって,それがそのまま発光に回るとは限らないわけです.どの吸収がその発光に効くのか,吸収スペクトルとかと比較すると発光機構等のてがかりになることもある,と.

QRNAの選択的スプライシングとプロセシングはどのように違うのでしょうか

RNAの選択的スプライシングとプロセシングはどのように違うのでしょうか?

生物学が苦手で教科書を読んでも違うような感じだけど…でもなんか一緒に思えたりして悩んでいます。教えて頂けると有り難いです(´;ω;`)

Aベストアンサー

プロセシングは幅広い言葉で、DNAから転写されたRNAが、
機能する形になるまでに、切ったり貼ったりする過程全てを
指します。
スプライシングは限定的で、イントロンを含むRNAが、それを
切り出して両側がくっつく事を指します。

Q「常染色体性優勢遺伝」「常染色体劣勢遺伝」とはどのようなもの?

このカテゴリーでよろしいんでしょうか。

「常染色体劣勢または優勢の遺伝です。」とよくいわれます。

「常染色体性優勢遺伝」「常染色体劣勢遺伝」とはどのようなものなのでしょうか。

医学的にはどのような病気がありますでしょうか。


要領の悪いご質問ですみません。

Aベストアンサー

kouraさんがある程度知識を持たれていると失礼に当たるかも知れませんが、もう少し簡単に説明してみます。

まず、人間には22対(44本)の常染色体と2本の性染色体(男:XY、女:XX)があります。
常染色体優性遺伝および劣性遺伝の場合はこの常染色体のどこかに起因となる遺伝子が存在することになりますが、この二つの違いはその遺伝子の発現する「力」によると単純に考えて良いでしょう。

遺伝子は父母からそれぞれ22本の常染色体と1本の性染色体を受け継ぐのですが、この際に例えば父方の遺伝子に強力な発現力を持つ疾患遺伝子が存在すると、母方のペアとなる遺伝子の発現は正常に働かず、父方の疾患遺伝子が優位に発現し、発病します。これが常染色体性優性遺伝です。
この際もし父方の疾患遺伝子が単独で優位に発現することができない場合は、正常の母方の遺伝子が優位に立ち、正常な発現をするために発病には至りません。しかしこの疾患遺伝子が父母双方から受け継がれた場合、優劣の競合は存在しませんので、発病することができます。このようなパターンが常染色体劣性遺伝です。

また、性染色体のX染色体にこのような弱い疾患の遺伝子が存在したとします。もしこの疾患遺伝子を持つ父親と正常な母親の間に子供が生まれた場合、女の子であれば100%の確率で発病することはなく、この女の子はこの疾患遺伝子の保因者となります。そして男の子が生まれた場合は、これも父親からは疾患に関係のないY染色体が受け継がれますので、これもまた100%発病しません。
ところが、この保因者となった娘が正常の男子と子供をなした場合、生まれてくる男の子の50%は疾患遺伝子がある方のX染色体を母親から受け継ぎ、さらにそのペアとなる性染色体がY染色体であるため、このX染色体の疾患遺伝子より優位に立つ正常遺伝子が存在しないため、疾患発現を抑制する因子がないことにより発病します。これはいわゆる「伴性劣性遺伝」です。この形式で有名なものには色盲がありますね。

遺伝子のこのような発現形式はそのほとんどが遺伝子の間の優劣関係で決まります。しかし、同じ疾患でも多種多様な遺伝形式を持つ場合があり、どの疾患も一概に同じ型にはまるものではありません。

kouraさんがある程度知識を持たれていると失礼に当たるかも知れませんが、もう少し簡単に説明してみます。

まず、人間には22対(44本)の常染色体と2本の性染色体(男:XY、女:XX)があります。
常染色体優性遺伝および劣性遺伝の場合はこの常染色体のどこかに起因となる遺伝子が存在することになりますが、この二つの違いはその遺伝子の発現する「力」によると単純に考えて良いでしょう。

遺伝子は父母からそれぞれ22本の常染色体と1本の性染色体を受け継ぐのですが、この際に例えば父方の遺伝子に強力な...続きを読む

QゲノムDNAライブラリーとcDNAライブラリーの違い

ゲノムDNAライブラリーとcDNAライブラリーの違いって何でしょうか?

また、これらのライブラリー中にクローン化されている遺伝子の構造の大きな違いって?

よろしくお願いします

Aベストアンサー

まず、DNA=遺伝子ではないということと、「遺伝子<ゲノム」なのを考えればわかると思いますが、ゲノムライブラリーは、ゲノムを制限酵素で切断したもの全てをライブラリー化したものです。つまり、遺伝子だけでなく、遺伝子ではない部分も取り込みます。
それに対してcDNAライブラリーは、mRNAからcDNAを合成し、ライブラリー化するので、そこには、遺伝子のみが含まれます。
つまり、遺伝子のタンパク発現・機能解析を行いたい時に、cDNAライブラリーを用いる場合が多いです。
クローン化されているものに、違いはありませんよ。ミューテーションを除いて、全く同じものが複製されます。


このQ&Aを見た人がよく見るQ&A

人気Q&Aランキング

おすすめ情報