ちょっと困ってます。もってる資料が少なすぎて&専門用語が理解不能でノーザンブロッティングがいまいちよくわかりません。教えてください。もしくは詳しく(わかりやすく)説明してくれているサイトを紹介してくださいm(_ _)m

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A 回答 (2件)

sonorinさんの説明で十分なのですが、おまけ的なコメントです。


もともと、DNAをメンブレンに転写してハイブリダイゼーションによりブロッティングする手法を開発したのがサザン(Southern)さんという人だったため、その逆のRNAを検出する方法がノーザンブロッティングと命名されました。一種のシャレです。
ついでながら、蛋白質をメンブレンに転写して抗体で検出するのがウェスタンブロッティング、蛋白-蛋白相互作用に基づいて蛋白質を検出するのがファーウェスタンブロッティングといいます。
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DNAを抽出し、制限酵素で特定のサイズに断片化したものをアガロースゲルにて電気泳動して分離し、それをメンブレンに転写して目的のDNAを検出するのが「サザンブロッティング」。


mRNAについて、同じように電気泳動したものをメンブレンに転写して検出するものが「ノーザンブロッティング」です。
(簡単に説明したサイトはこちら)
1)http://www.jp.amershambiosciences.com/products/k …
2)http://www.jp.amershambiosciences.com/products/k …
※1)の方が詳細です。

mRNA、northern blotting、hybridization等のキーワードで検索したら、たくさんhitしてきますし、もしもっと詳細にということであれば、ご自分の納得できるサイトをもう一度探してみてください。

参考URL:http://www.jp.amershambiosciences.com/products/k …
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Q転写にかんする用語説明

アクチベーターとエンハンサーについてです。

アクチベーターとはプロモーターに転写開始因子を導入しやすくするタンパク質。
エンハンサーとはプロモーターの上流・下流から働く配列で、基本転写因子を導入しやすくする配列。

であってますか?エンハンサーはどのようにしてプロモーターに因子を集めるのでしょうか?またアクチベーターはエンハンサーに因子を集めるようなことはしないのでしょうか?

あと、メディエーターはRNAポリメラーゼに転写活性・抑制の効果を伝えるポリメラーゼのサブユニットなのでしょうか?

よろしくおねがいします

Aベストアンサー

Activatorとは一般に転写活性を調節し転写量を増大させるDNA結合タンパクの総称です。大抵の場合、DNAとRNAポリメラーゼに結合し橋渡し的な役割をすることで、RNAポリメラーゼの転写活性を活性化=activateします。因みに、転写開始因子という言葉は余り使わないように思います。

Enhancerとは転写量を促進=enhanceする配列のことです。対象の遺伝子の上流にある場合もありますし下流にある場合もあります。遠い場合も近い場合もあります。単なる配列ですから、enhancerそのものが何らかのはたらきをするというよりも、そこに結合したタンパクが何らか役割を果たすという表現の方が妥当です。そして、その結合タンパクは結果的に転写量を増大させるのですから、それらは定義上activatorです。したがってenhancerにacitvatorが因子を集めるというのは一般的におかしい表現です。

MediatorはRNAポリメラーゼに結合はしますが、それを以てポリメラーゼのサブユニットとは呼びません。先ほどのactivatorと、RNAポリメラーゼの間に入る仲介役のように考えればよいかと思います。

Activatorとは一般に転写活性を調節し転写量を増大させるDNA結合タンパクの総称です。大抵の場合、DNAとRNAポリメラーゼに結合し橋渡し的な役割をすることで、RNAポリメラーゼの転写活性を活性化=activateします。因みに、転写開始因子という言葉は余り使わないように思います。

Enhancerとは転写量を促進=enhanceする配列のことです。対象の遺伝子の上流にある場合もありますし下流にある場合もあります。遠い場合も近い場合もあります。単なる配列ですから、enhancerそのものが何らかのはたらきをするという...続きを読む

QRT-PCRとノーザンブロッティング

こんにちは.
生物学実験を始めて1ヶ月の素人です.

先日,RT-PCRとノーザンブロッティングの定量性について
議論している人を見かけました.
どちらもmRNAの発現量を見る方法としては一般的だと
思うのですが,定量性が優れているのはどちらなのでしょうか?
ただの好みの問題なのでしょうか?
また,それぞれの長所,短所はどのようなものなのでしょうか?

ご存知の方がいらっしゃればご教授ください.
よろしくお願いします.

Aベストアンサー

Northern blotは定量実験には向いていません。サンプル量をそろえた条件で目的のバンドの濃さの比較でどちらが多いか少ないか、すごく多いかやや多いかくらいの半定量的なことを言う程度です。
なぜなら、Northernでは量の多さと、メンブレンに結合する量、結合したRNA量とハイブリするプローブ量(メンブレンに固定された自由度の低いRNAがすべて等しくプローブと会合するとは限らない)、そしてハイブリしたプローブ量とシグナルの強度(フィルムに感光したバンドの濃さ、化学発光の強度など)の関係が直線的ではなく、量依存的に変化する範囲(Latitude)も狭いからです。

RT-PCRでは、半定量的な方法から、厳密なコピー数の測定までいろいろな精度のやり方がありますが、ひとくちに言って、溶液中の反応であるので上記のNorthernでおこるような影響がないので定量性は高いです。

Northernはどのような種類の転写産物がどのような相対量で存在するかという定性的な実験には今日でも非常に有効です。RT-PCRだと、たとえばひとつの遺伝子から複数のsplice isoformが存在するとき、注意して実験をデザインしないと何を見ているのかわからなくなるという危険があります(つまりNorthernで転写産物の種類を把握しておく必要がある)。
実験としては互いに相補的といえると思います。

Northern blotは定量実験には向いていません。サンプル量をそろえた条件で目的のバンドの濃さの比較でどちらが多いか少ないか、すごく多いかやや多いかくらいの半定量的なことを言う程度です。
なぜなら、Northernでは量の多さと、メンブレンに結合する量、結合したRNA量とハイブリするプローブ量(メンブレンに固定された自由度の低いRNAがすべて等しくプローブと会合するとは限らない)、そしてハイブリしたプローブ量とシグナルの強度(フィルムに感光したバンドの濃さ、化学発光の強度など)の関係が直線的で...続きを読む

Qシカ科、もしくはシラオジカ科で体毛が白い種、もしくは冬毛が白くなる種は?

タイトルの通りですが、シカやトナカイなどの類の中で体毛が常時白い種や冬毛のみ白くなる種というのは存在するのでしょうか?
教えてください。

Aベストアンサー

ダマシカ(シカ科)は年中白いです。ちょっと黄土色っぽいダマシカもいますが、だいたいは白っぽいです。

私が知っているのはダマシカだけです。あんまり役に立たなくてすみません。

Qノーザンブロッティングのプローブ

ノーザンブロッティングの際のプローブについて教えて下さい。
当然、プローブにはRNAかDNAを使う事になりますが、両者の違いが分かりません。
単純に、ハイブリダイズ効率の違いかなと考えています。
出来れば、DNAプローブを使いたいので、皆さんの経験をお聞かせください。
標識にはDIGを使おうと考えています。

Aベストアンサー

ノザンプローブはDNAでもRNAでも、どちらでもいいです。プラスミドの状態ですでに手もとにあるのなら、制限酵素で消化してゲルから切り出し、RandomPrimed法で標識したDNAプローブでいいでしょう。

RNAプローブのほうが厳密にいうと高級かもしれません。なぜなら、上記のランダムプライム法でつくったプローブは、センス鎖のほうは無駄になりますね。ハイブリできるのは、RNAと相補的な配列だけですから。おなじく、RNAプローブをつくるということは、アンチセンス鎖という、本当に自分が必要なものだけをプローブとしてつくっているという意味で、いいストラテジーといえます。無駄なプローブが混入した状態で実験を行うということは、ノイズを上げる可能性があると言えます。また、RNAプローブは、RNAですから分解されやすく、扱いや実験操作に多少の熟練を要求します。DNAプローブの法が簡単です。こういう点からも、RNAプローブのほうが、高級と言えると思います。

まあ、普通にDNAプローブでいいと思いますよ。自分もノザンするときは、よほどそうしたい事情がないかぎり、DNAプローブを使います。

あと、DIGの件ですが、非常に注意したほうがいいと思います。うまくいかないのです。前のかたも回答してくださっている通り、なぜかDIGでノザンはうまくいかないんです。自分も経験があります。このことは、野村慎太郎先生の書いたプロトコル本、「脱アイソトープ実験マニュアル」に載っています。もし、大学のかたであれば生協ででも立ち読みしてみてください。かならず置いてあるぐらいの有名な本です。

ノザンプローブはDNAでもRNAでも、どちらでもいいです。プラスミドの状態ですでに手もとにあるのなら、制限酵素で消化してゲルから切り出し、RandomPrimed法で標識したDNAプローブでいいでしょう。

RNAプローブのほうが厳密にいうと高級かもしれません。なぜなら、上記のランダムプライム法でつくったプローブは、センス鎖のほうは無駄になりますね。ハイブリできるのは、RNAと相補的な配列だけですから。おなじく、RNAプローブをつくるということは、アンチセンス鎖という、本...続きを読む

Q生物基礎の質問です。腎臓の、ネフロンと腎小体の違いがいまいちわかりません。

生物基礎の質問です。腎臓の、ネフロンと腎小体の違いがいまいちわかりません。

Aベストアンサー

腎小体はネフロンの一部です。
腎小体、糸球体、尿細管などの部品が組み合わさって一つのネフロンが形作られます。
ちょっと難香椎かもしれませんが以下のリンクを読んでみてください。

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%85%8E%E5%B0%8F%E4%BD%93
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8D%E3%83%95%E3%83%AD%E3%83%B3


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