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今、Chem Drawで描いた化学構造を、
Chem 3Dで立体モデルにしてます。
その構造を安定化したものに修正しようと思ったのですが、
「MM2」と「MOPAC」のどちらにも「minimize energy」とあります。
この2つの違いは何ですか?
すみません、初歩的な質問で・・・。

A 回答 (1件)

yondaさん,こんばんは.


MM2というのは分子力学法の一つの方法で,MOPACは半経験的分子軌道法
という方法です.詳しく説明すると難しいのですが,簡単な違いを説明すると,
MM2は電子の寄与による構造変化を考慮しない方法で,ボールにバネをくっつけて
空に放り投げた時にどの状態が一番安定化?という結合距離や結合角を探す方法
です(←厳密にはちょっと違いますが・・・).
それに対して,MOPACというのは電子状態を考慮して結合距離や結合角を決定し
ます.要するに波動関数を計算する訳です(←これも実際はちょっと違う).
でっ,どちらが良いかという問題になると思いますが,『用途による』というのが
正確な答えになると思います.電子状態まで考慮して計算すべきか?という
問題です.
また,MM法にしろ,MOPACにしろ初期構造が非常に重要になります.
MMの場合にはバネの種類をしっかり設定しなければなりませんし,MOPACで
は,最適なハミルトニアンを指定しなければなりません.
当然,初期入力構造にも依存しますから,その点にも注意が必要です.
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この回答へのお礼

gyopiさん、丁寧な回答ありがとうございます。

MM2、MOPACどちらもやってみましたが、
素人にはなかなか違いが判らない・・・。
MM2のほうが時間がかからなくて、使いやすい感じがします。
(そういう事で選んだらいけませんね。ほんとは)
う~ん、しかし電子状態を考慮したほうが後々、
教授に説明するとき楽かもしれない・・。

Chem 3Dでわからない事が出てきたら、また質問しますね。
どうもありがとうございました。

お礼日時:2002/01/11 09:40

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よろしくお願いいたします。

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バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

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>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

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