こんにちわ。

今、2つの種を交配して作出される雑種を検定するためにプライマーを
作成しようと考えています。
2種については塩基配列までは解読したのですが、GC含量などをどのように考慮し、
プライマーを作成すれば良いのかが分かりません。
具体的なプライマー作成手順を教えていただけますでしょうか?

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A 回答 (1件)

とりあえず過去のOKからプライマー作成時の基本的な注意点を挙げておきます。



雑種検定用に特化したプライマーの情報があるといいですね。

参考URL:http://www.okweb.ne.jp/kotaeru.php3?q=33759
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この回答へのお礼

ご回答ありがとうございます。

もうすぐ卒業なのですが、卒業する前に雑種検定用のプライマーだけは
作っていくように教授から頼まれているのであまり時間がないのです。
プライマーは作成した経験がありませんし、結構困っていました。
早速塩基配列を見比べて考えて見たいと思います。

どうもありがとうございました。

お礼日時:2002/03/07 15:50

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Q愛犬を長生きさせたいのですが、長寿記録は?

10歳になる雑種のオス犬がいます。今のところ病気らしい病気もしたことがなく元気です。歳の割にも足も強いと思います。あまり賢い犬ではありませんが可愛いので、どうしても長生きさせたいです。出来れば、冗談でなく日本の犬の長寿記録を塗り替えるくらい生きて欲しいと思います。

犬の長寿記録は何才ですか?長生きさせるためにはどんなことに気を付ければいいですか?また、これはいけないということがあったら教えて下さい。よろしくお願いします。

Aベストアンサー

こんばんは
 長寿記録についてはわからないのですが。
 私は柴犬を飼っていて、17年生きてくれました。
化け犬と呼ばれるくらい生きてほしかったのですが。。
 
 私が注意していたのは、人の食事の残り物を与えない、元気なうちは散歩は毎日十分にする、くらいかしら。
 また、まだお宅のわんちゃんには早いかもしれませんが、本当に老いてくると後退ができなくなります。私が出かけている間にびっくりするような狭い隙間に頭を突っ込んで、パニックに陥っていたことがありました。そんなことがあるとガクンと弱ってしまいます。
 だから、隙間という隙間をことごとく塞いだほうがよいです。他にも色々あるけれど、要介護状態になってからのことなので控えますね。
 
 長生きしてくれたらいいですね、精一杯かわいがってあげてくださいな@
 
 

Qシークエンスでプライマー配列部分の塩基は決定可能?

PCR産物をダイレクトシークエンスする場合、塩基が決定できるのはプライマーで挟まれた部分の配列についてで、プライマーがアニールするはずの部分(プライマー配列に含まれる部分)の塩基は決定できないという認識でいるのですが、正しいでしょうか?
実は、最近読んだ国際誌(Molecular Ecology)の論文で、(そのPCRに利用したと明記されている)プライマーがアニールするはずの部分の塩基を決定し、そこにたくさんの多型(全多型の約20%)を検出しているのをみて不思議に思った次第です(GenBankにも同様の配列が登録されていました)。
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ご意見のほどお聞かせいただければ幸いです。
どうぞよろしくお願いします。

PCR産物をダイレクトシークエンスする場合、塩基が決定できるのはプライマーで挟まれた部分の配列についてで、プライマーがアニールするはずの部分(プライマー配列に含まれる部分)の塩基は決定できないという認識でいるのですが、正しいでしょうか?
実は、最近読んだ国際誌(Molecular Ecology)の論文で、(そのPCRに利用したと明記されている)プライマーがアニールするはずの部分の塩基を決定し、そこにたくさんの多型(全多型の約20%)を検出しているのをみて不思議に思った次第です(GenBankにも同様の配...続きを読む

Aベストアンサー

プライマーの結合部位の下流でなければ、
通常はダイターミネーター法とダイプライマー法ではプライマー上の塩基配列を決定することが出来ません。

もしかしたら、3'側の末端の塩基を変える事により読めなくなるかどうかで調べることが出来るかもしれません。

どの論文なのかはわかりませんが、
歩いていたりしていて、そこのSNPsの検出にはさらに外側のプライマーを使っていませんか?

Q心臓に欠陥があり、長生きできないと言われました。

もうすぐ1歳になる雑種の雄猫、去勢済みです。
普段から呼吸が早く、少しの運動でもハァハァと開口呼吸をするのが気になるので、詳しく検査していただきました。
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手術は出来ず、何も手だてはないと聞かされ、どうしたらいいのか途方に暮れております。急死の可能性も高いとのこと…。
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このほかに、私ができることは何かありませんか?まさかの宣告で、今は何も考えられません。

また、「長生きできない」とは、どのくらいのことをいうのでしょうか?
今日、明日にどうにかなるというわけではないですよね?
あと数年の命ということなのでしょうか…

Aベストアンサー

うちの子も、生後3ヶ月の時点で心音に雑音が混じっており、
心電図・レントゲンで検査したところ、
肥大型の心筋症(体が小さかった事と、病院に行き緊張していたので、
心電図では確実な診断は出来ませんでしたが)と診断されました。
質問者様と同じ様に、長生き出来ない・肥満にならない様に等言われましたが、
現在5歳で体重5キロ弱まで成長しています。
その後、色々な本などを読んで自分なりに勉強してみましたが、
重度の心臓病の場合生後1年に満たないうちに亡くなってしまったり、
成長障害が出る事も有るようです。
私は、診断された時「どれ位まで生きられますか?」と質問しましたが、
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ただ、タウリンはあくまでサプリメントの様なものなので、症状によっては効き目が弱すぎるかもしれません。
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お互い、少しでも苦しまずに長生きさせてあげられる様に、頑張りましょう!!

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QGCリッチなプライマーを使用してのPCR

PCRで目的物が増えてこなくて困っています。

Oligo Calculatorによる計算では、片方のプライマーが23mer, GC率70%, Tm値64℃で、もう一方は30mer, GC率53%, Tm値64℃です。アニーリング温度を変えたり、サイクル数を増やしたり、template量を変えたり、これより短いプライマーを試した(これより長くしても前者のGC含有量は減らない)のですが、アガロース電気泳動でバンドは検出できませんでした。

原因として考えているのは、
(1)これらの2つのプライマーには、各々のプライマーの中央付近に7bp程度、相補的な部分が存在しているので、プライマーどうしでくっついてしまっている。
(2)前者のプラマーがGC含有量が多いので、プライマー内でGC結合してしまっている。
(3)ポリメラーゼが適切でない(New England Biolabs Vent Polymerase)。
ということです。

(1)の解決策として、相補的な領域が少ない短いプライマーを試したのですが、バンドは検出されませんでした。

この問題の解決法を教えてください。お願いします。

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Aベストアンサー

PCRで増幅させたい領域のGC-Contentは高いですか?あるいは、その領域にGC-Richな部位はありませんか? 

1)Invitrogenから出ているGC-Richによく働くPolymeraseを試す。
2)反応液にDMSOを5%(V/V)添加する。
3)最初の95Cのステップを3分にする。
4)2-Step PCR-Reactionを試す。

このあたりから反応条件をOptimizeしたら如何でしょうか?

Q雑種犬の犬種?

雑種犬を飼ってます。

散歩やドッグランなどに行くと
「〇〇が入ってるね」など
純血種をあてはめてくる方が多いことに
少し驚きました。

家の子は雑種と雑種の子で
父親犬は野良犬、母親犬は元野良犬です。

雑種犬といっても
必ず犬種図鑑に載ってる子たちと
なんらかの繋がりがあるものなのでしょうか?

「雑種って何の雑種?」
と聞かれることも多いのですが、
雑種にも犬種があるのでしょうか?

Aベストアンサー

良く勘違いをされるのですが、犬や猫の場合は本来は雑種が主力なんです。

ペットショップなどで売られている〇〇と云う種類の犬たちの方が、近しい血族同士で交配を重ねて作り出されている種類の犬なのです。

ドッグショーなどで入賞するような、本当にピュアな純血統犬は10万や20万円では購入不可能です。

よって生命力などの基本スペックは、純血統と言われている種類の犬よりも雑種の方が退会のが一般的です。

ですから「雑種」と云う種類の犬種だと思って良いでしょう。

最近では、作り出された犬種のペットが捨てられたりして、もともとの雑種と交配をして生まれてきた新しい雑種のワンちゃんも多いので、「〇〇が入っているね!」との言い方をされたりします。

犬種図鑑乗っているワンちゃん達をずっと何代も遡って行けば、雑種に行き着く事が多いのです。

Q種の交配について

進化の中で 種の交配とは何処で出来なくなるのでしょうか?
交配が出来なくなる メカニズムについて教えてください。

Aベストアンサー

ウマとロバは染色体数が違うけれどラバが生まれるように、染色体数の違いは、雑種が生まれない主たる理由にはなりません。したがって、

>数が違えば受精できない これは生物の時間に習いました。

これは著しく不正確です。
種間で受精ができない、つまり精子が異種の卵とは合体できないという隔離機構はありますが、染色体数とは関係ありません。

受精(精子が異種の卵と合体する)はするけれど、雑種が生まれない、あるいは雑種に生殖能力がないという機構についてという事で続けます。

一番重要なのは、やはり卵細胞質と精子の不和合や、異種の染色体間の不和合でしょうね。種が分かれるとき、いきなり染色体数が変わったのではなく、そういった理由で種間交配で繁殖できなくなった、その後、それぞれ独自の染色体の変化が起こった、と考えるのが妥当でしょう。ショウジョウバエなんかでも近縁の種では染色体数、染色体構造はかなり共通していますが、それでも雑種は繁殖はできません。

染色体数が違ってた場合に確実にいえるのは、先にも書いたように、正常な減数分裂ができなくなるということです。

>相同染色体の対合>あつかましいとは思いますが此処の部分をもう少し教えていただけないでしょうか?お願いします^^

体細胞分裂では、複製された姉妹染色体が動原体で束ねられています(X字型に見えるのはそのため)。
紡錘糸が動原体のところについて、両極に引っ張って姉妹を両極に分配するのですが、最初は動原体がくっついているので綱引きになります。綱引きになっていることで姉妹それぞれを正しく逆方向引っ張ることが保証されます。

第一減数分裂では、姉妹を分配するのではなく、複製の終了した相同染色体を分配します。相同染色体同士は動原体で束ねられているわけではなく独立しています。しかし、対合してキアズマ(乗換え)が生じることで両者がある程度の強度でくっつきます。これで紡錘糸の綱引きができるので、均等に分配できるのです。

対合が起こらなければ、相同染色体がどちら側に引かれるかがランダムになって、両方が一方に行ってしまい、反対側は不足するというようなことが起こります。このような異数性の生殖細胞は受精したとしても正常に発生しません。

筆力不足であまりうまく説明できませんでしたが。

ウマとロバは染色体数が違うけれどラバが生まれるように、染色体数の違いは、雑種が生まれない主たる理由にはなりません。したがって、

>数が違えば受精できない これは生物の時間に習いました。

これは著しく不正確です。
種間で受精ができない、つまり精子が異種の卵とは合体できないという隔離機構はありますが、染色体数とは関係ありません。

受精(精子が異種の卵と合体する)はするけれど、雑種が生まれない、あるいは雑種に生殖能力がないという機構についてという事で続けます。

一番重要...続きを読む

Q恐竜に雑種は存在しますか。同じ種なら交配ができると思うのですが、雑種の

恐竜に雑種は存在しますか。同じ種なら交配ができると思うのですが、雑種の恐竜という説明を見た事がありません。
柴犬とコーギーの雑種とか、犬の雑種のようにどちらの特徴もあるような雑種は存在するのでしょうか。図鑑を眺めていると、説明分がなければ違いが解らないような、でも。別の名前のついた恐竜が沢山いますが、それらは、雑種という可能性はないのでしょうか。
ひょっとしたら、常識がないだけかもしれませんが、宜しくお願いします。

Aベストアンサー

雑種云々の時は、不稔性が雑種かどうか?というのが言われていますが、ヒヒの場合生息地によて
A,B,C と種が分かれているように見えて、A,Bでは不稔でない子どもが生まれ、B,Cでも不稔でない子どもが生まれるのにA,Cでは不稔になるというような例も報告されています。
このように、現生種でも種としての同定は生半可ではないようです。

一標本で一種を比定してしまうような恐竜では、「実は、同一種だった」というような事がママ生じており、図鑑で明確に別種としているようには、実は種は明快になっていない。

ちなみに犬の場合は、生物学的には全て同種です、あれほど外見が違っていても。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%96%E3%83%AD%E3%83%B3%E3%83%88%E3%82%B6%E3%82%A6%E3%83%AB%E3%82%B9

これなどが、実は同一種でした!という好例になります。
この場合、雑種云々ではなく、アパトサウルスが若年個体で先に命名されていて、後で命名されたのが、ブロントサウルスだったので、学名としてブロントサウルスが無くなったという例です。

雑種云々を言う前の段階であるという状況かと

雑種云々の時は、不稔性が雑種かどうか?というのが言われていますが、ヒヒの場合生息地によて
A,B,C と種が分かれているように見えて、A,Bでは不稔でない子どもが生まれ、B,Cでも不稔でない子どもが生まれるのにA,Cでは不稔になるというような例も報告されています。
このように、現生種でも種としての同定は生半可ではないようです。

一標本で一種を比定してしまうような恐竜では、「実は、同一種だった」というような事がママ生じており、図鑑で明確に別種としているようには、実は種は明快になっていない。
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Q核酸塩基はなぜ塩基

 DNAを構成するプリン塩基やピリミジン塩基はなぜ塩基というのですか?私には塩基というとアルカリとしか思い浮かばないので・・・

Aベストアンサー

「塩基というとアルカリとしか思い浮かばない」とのことですが、アンモニアやピリジンは
「塩基」としてピンと来ますでしょうか?
似たような塩基性がプリンやピリミジン含まれる窒素原子の「一部」にあるのです。
ちなみに、ヌクレオチドが「酸」と呼ばれるのは、糖を介したリン酸エステルの酸性によります。

中途半端な回答ですが、学生さんとのことですので化学系の参考書も漁ってみては?

Q雑種犬は飼いやすいですか?

犬を買いたいと思うのですが、
雑種犬の子犬は飼いやすいですか?

ペットショップでチワワやダックスなどを選んでも良いかなとは思うのですが、
雑種は病気に強くて飼いやすいとの話も聞きました
保健所から引き取れば命も救えるわけですし...

雑種犬の利点を教えてください!

Aベストアンサー

たとえば、マンションなどで犬の大きさが「小型犬のみ」などと
規約がある場合は、雑種はけっこう厳しいかもしれません。
想像もつかない成長の仕方をする場合もありますので。

いままで一緒にいた犬は捨て犬や保護犬などでしたので、
ほとんど雑種でした。(1匹だけいわゆるいまでいうハイブリッド?
というのがいましたが...それは、血統書かける血統書で
作られたミックスなので、厳密に、一般的にみなさんが考える
雑種というのとは少し違うと思います。)

雑種のいいところは、おっしゃるように純血種よりも
遺伝子疾患などが少ないこと、また無理な交配などで
作られた品種ではないこともあります。
あと、保健所や愛護センターでのひきとりは、
ぎりぎりだった生命を救えるということもあります。

純血種の場合、どうしてもショーなどでいいとされる基準が
決まっているので、ルックスが似ますが、
雑種の場合その犬独特のムードがある犬も多いです。

頭の良さや丈夫さについては、雑種でもいろいろと
いますので一概には言えないですが、賢い犬も多かったですよ。

あと、もし保健所などで大人の犬を引き取るとしたら、
もう雑種でも大きさがわかっていること、ある程度
性格や好みなどもわかること、しつけなども
されている場合もおおいことなどがあげられるかも。
いい出会いがあるといいですね。

たとえば、マンションなどで犬の大きさが「小型犬のみ」などと
規約がある場合は、雑種はけっこう厳しいかもしれません。
想像もつかない成長の仕方をする場合もありますので。

いままで一緒にいた犬は捨て犬や保護犬などでしたので、
ほとんど雑種でした。(1匹だけいわゆるいまでいうハイブリッド?
というのがいましたが...それは、血統書かける血統書で
作られたミックスなので、厳密に、一般的にみなさんが考える
雑種というのとは少し違うと思います。)

雑種のいいところは、おっしゃるように純血種よ...続きを読む

Qクロロフィル含量

今日、実験があったのですが、実験のやりかたをコピーした紙のみもらいなんとなくその実験を流されるままにやっていました。
この実験は、乾燥したパセリと茶の葉に、冷アセトンを加え、室温で30分、放置した後、セルに移し663mmと645mmにおける吸光度を測定し、Arnonの式を用いてクロロフィル濃度を計算する物でした。

やり方や結果は出たものの、この実験は何がしたいのか?目的が全然わかりません。
どなたか、わかりやすく、どのような事のためにこの実験をしたのか、目的を教えてください。

Aベストアンサー

クロロフィル濃度を測定する目的が知りたいのでしょうか。

いろいろな利用法がありますが,生態分野において植物プランクトン量を求める際にも利用します。

一般的に植物プランクトン量と水質の富栄養化は比例します。栄養塩類の濃度を測定するより遙かに簡単に調べることが出来ます。

衛星の写真との対比表を作成さえすれば安価に地球規模で測定することも出来ますし…

1つの例でした


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