プライマーの作り方

プライマーって注文するとすぐ届きますが、
あれは機械で作っているんですか？

確実にくるということから
人の手はかかっていないように思えますが。

No.4 ベストアンサー 回答者： dadachan 回答日時： 2006/08/07 10:19

>合成に失敗することってあるんですか？

以前、某cDNA合成会社に発注を掛けたところ、PCRがぜんぜんかからず、1ヶ月ほど色々試してやっと配列が読めたと思ったら、primerの配列がめちゃくちゃに間違っていたということがありました。

その会社に発注したprimerは、その後もうまくPCRがかからず、primerの配列がおかしい、ということが続いたので、二度と使用していません。

それくらい、間違いもあるんですよ。

この回答への補足

シグマはどうなんですか？

配列は自分で指定すると思うんですが、
そのとき間違えたんじゃないですか？
それともメーカーの合成機がエラーを吐いたのですか？

メーカーもちゃんと目的の物ができたかどうかを
シークエンスで確認するんですか？

補足日時：2006/08/07 21:59

この回答へのお礼

どこのメーカーですか？
もうつぶれてしまっていそうですが。

お礼日時：2006/08/09 21:36

No.7 回答者： dadachan 回答日時： 2006/08/10 09:15

>どこのメーカーですか？

>もうつぶれてしまっていそうですが。

どこのメーカーか言えませんが（さすがに書き込めません）、今でもprimerをガンガン作ってますよ。
未だにそのメーカーを信じている人も少なくないです。

No.6 回答者： geneticist12 回答日時： 2006/08/08 09:33

合成機でのDNA合成効率は、一塩基につき90％くらいだそうです。

合成長が長くなればなるほど、それより短い副産物の割合が大きくなります。メーカーによっては、正しい合成長が十分に含まれているかを、MASS、HPLC、PAGEなどでチェックして合格したものを納品してくれます。

通常のPCRではそこまでやることはあまりないですが、不完全長の副産物を完全に除く必要がある場合は、脱塩カラムだけでは無理で、HPLCやPAGEによるオプションの精製が必要になってきます。

合成は簡単に言うと、合成カラムにくっつけたままで、一塩基付加、基質の洗い流し、脱保護（次の塩基が付加できるようにする）を繰り返します。100 %確実に反応が進むわけではないので、多かれ少なかれ、配列が正しくないものが含まれてきます。機器や試薬の管理状況によってはさらに品質が悪化する可能性はあります。しかし、配列をチェックするサービスはないと思います。技術的にもコスト的にも難しいと思います。

この回答への補足

人の手はかかっていないわけですね。
従業員が作っていたら2日で来ませんよね？
従業員って何をやっているんでしょうか？

補足日時：2006/08/09 21:36

No.5 回答者： dadachan 回答日時： 2006/08/08 09:25

シグマはきちんと大きさチェックしてくれますね。

なので、今はシグマかinvitrogenです。

>配列は自分で指定すると思うんですが、
>そのとき間違えたんじゃないですか？

3人の目を通して配列間違いがないかを確認していますので、人為的な間違いはありません。それほど素人でもありませんし。

No.3 回答者： Sbacteria 回答日時： 2006/08/07 10:05

DNA合成機なら、大学に使用していないものがごろごろしている（廃棄していなければの話）はずですから、近隣の研究室にあたってみてはどうですか？うちでは、使用しなくなって、１０年経ちます。

３年ほど前に、５台ほど廃棄処分にしました。メンテナンス、ランニングコストを考えると、業者に依頼する方が、遙かに能率的です。現在、塩基あたり約38円で契約していますが、交渉しだいですね。　

この回答への補足

シグマで買っているんですけど、
1塩基65円ですが。
38円は安いですね。
材料は高いのですか？

補足日時：2006/08/07 22:00

No.2 回答者： subaru361 回答日時： 2006/08/07 07:08

DNAシンセサイザーは結構高いですよ。

少なくとも15年前までは。結構ランニングコストもかかります。普通に作る分には製品を買った方が安いかと思います。

うちなんかはほぼ毎日稼動してましたけど、導入の理由は、その当時は合成請負業者が少なく、納期がすごくかかったため、持っていただけで、コスト的には度外視していたと思います。また、大量に使うことはわかっていたので、業者側からすれば、モニターテストってことで製品自体値引きしていたかもしれません。

でも合成機の値段なんか調べればわかりそうなものですから、そういうものの導入に責任のある方なら、ここで聞くより、コスト計算をちゃんとした方が、よいと思うのですが。

No.1 回答者： gori8063 回答日時： 2006/08/06 21:25

その通りです。

DNAシンセサイザ（合成機）という機械を用いて合成しています。
研究室規模でも購入できます。

http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/pr …

参考URL：http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/pr …

この回答への補足

機械はどのくらいするんですか？
1塩基65円くらいするみたいですけど。
頻繁に注文するなら合成機を買った方が安上がり
かもしれないですね。

合成に失敗することってあるんですか？

補足日時：2006/08/06 21:52