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ストックオプションは本来、行使時点での給与として課税されますが一定の条件のもと株式等の譲渡所得として売却時まで所得が繰り延べられます。
給与となると、行使時点の時価と行使価額との差額が給与所得となり、その株式を売却するか否かにかかわらず、税金を収める必要があります。税率は所得が増えるに従い税率が増えていきますので、住民税をあわせて最高50%です。
株式等の譲渡所得となると、行使時点では税金が課されずに売却時に税金が課されます、所得については、他の所得とは区分して課税され、住民税をあわせて26%です。
一定の条件とは、1年(暦年)において権利行使価額合計が1,000万円以下であることや、発行会社(お勤めの会社)と決められた証券会社など(会社から説明を受けられたと思います)との間で株式の保管委託等がなされること。などが定められていますので、株券を出庫して自分で保管することはできません。
通常はストックオプションによる所得は多額であり、株式の売却を行えるかどうかわからないのに納税することは困難ですので、税制適格を選択するのが一般的です。
税制適格の枠を超えて、付与された分を一気に行使して売却してしまうことが認められるのであれば、税制非適格を選択することもあるでしょう。ただし、この場合は会社を辞めるということを意味していると思います。
なお、株式の市場での取引高が少ないにもかかわらず、権利のある者が行使して一度に売却すると株価が下がりますので、思っていたほどの売却益にならない場合がありますのでご注意ください。
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