素朴な疑問なんですが、トランスフォーメーションのとき
手順の最初の方では、コンピテント細胞がくずれるからと言って
やたら慎重に扱うわりには、終盤で震盪器やら遠心分離器を
使えるのは何故なんでしょうか?

A 回答 (2件)

最初の方で慎重に扱うというのがどういうことを指すのかが具体的にはわからないのですが,コンピテントセル(大腸菌)を氷中で取り扱うと言うことでしょうか?



もしそうであるならば,それはひとえにトランスフォーマントを高効率で得るためです.
最初のうちは,出来る限り低温の状態で取り扱い,ヒートショックをかけた(37℃~42℃)後は,形質転換した大腸菌を少しでも増やすために,大腸菌の分裂を促進させたり,プレートにまく大腸菌の濃度を上げるためです.
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プロトコルの手順とその理由を一つ一つちゃんとおっていけば、終盤で震盪器を使える理由が納得できると思いますので、再度プロトコルを確認して下さい。



たしか、後半で細胞の安定性が増すか、コンピテント・セルは震盪や一方向のGには強いかのどちらかではなかったかと思うのですが・・・
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Qヒートシンクについて・・・

音の静かなヒートシンクってありますよね!

あれってどうゆう原理でCPUとか冷やすんでしょう?

長い棒のようなのが何本もあるだけにしか見えないのですが・・・・・

アスロンXP2600用のヒートシンクもありますでしょうか?

また電源本体のヒートシンクというのもあるようですがまったく音がしないような説明ですが、どんなもんでしょう?

電源本体と、CPUクーラーをヒートシンクにすると
ほぼ無音になるのでしょうか?????

Aベストアンサー

ヒートシンクの冷却原理は表面積を増やして空気と触れれいるところを増やすことによって放熱すします。

いわゆるCPUファンというものにも実際はヒートシンクが付いていますが、いわゆる「ヒートシンク」といわれているものに対しては小さめで電動ファンにより強制的にシンクに触れる空気の量を増やして放熱しています。
ヒートシンクは電動ファンが付いていないため静かなわけですが、触れている空気に動きがないと、シンクの周りの空気が次第に温まっていくことになりますので、冷却できる温度に限界が生じます。
PCによってはケースの後ろや前などに電動ファンを取り付けられますのでケースファンに静かなものを使えばヒートシンクの周りに空気の流れを作ることが出来るので冷却効率のアップを図ることも出来ます。
ただし、結局電動ファンをつけることになってしまいますので、音は出てしまいます。ただ、CPUファンよりもケースファンの方のが直径が大きいので比較をすれば、静かかもしれません。

アスロンXP2600用のヒートシンクということですが、ヒートシンクは高クロックCPUには適さないと思います。わたしは聞いたことがありません。
やはりCPUファンで冷却しないと熱暴走が心配です。

>電源本体と、CPUクーラーをヒートシンクにすると
>ほぼ無音になるのでしょうか?????

電源用のヒートシンクは無いと思いますが、ファンレスのものはあるかもしれません。ただし、アスロンXP2600用ということになると難しいかも知れません。
また、お使いのPCにどんなパーツを使っているかわかりませんが、このほかにビデオカードでファン付のものがあります。これも無くて、電源、CPUのファンが無くなれば、後はハードディスクの音が残ることになります。

ヒートシンクの冷却原理は表面積を増やして空気と触れれいるところを増やすことによって放熱すします。

いわゆるCPUファンというものにも実際はヒートシンクが付いていますが、いわゆる「ヒートシンク」といわれているものに対しては小さめで電動ファンにより強制的にシンクに触れる空気の量を増やして放熱しています。
ヒートシンクは電動ファンが付いていないため静かなわけですが、触れている空気に動きがないと、シンクの周りの空気が次第に温まっていくことになりますので、冷却できる温度に限界が生...続きを読む

Q遠心分離機 スイングローターとアングルローター

遠心分離機にはスイングローターのものとアングルローターのものがあると思うんですが、それらの用途を調べていたら、スイングローターは密度勾配沈殿法に適していて、アングルローターは分画沈殿法に適していると書かれていました。しかし、理由はわかりませんでした。

分かる方回答お願いします。

Aベストアンサー

まず、密度勾配遠心に適する適さないという視点で
スイングローターはある程度回転数が上がると、中に入っている試験管が真横を向きますよね?
試験管の位置は、|の状態から―になり、回転中の重力は→なわけです。
従って試験管の底に向かって、真っ直ぐ力がかかります。
密度勾配による層がきれいに水平になるわけです。
一方、アングルローターは良くて45°の角度で固定です。
試験管の位置が\なのに、回転中の重力は→なわけですね。
これではきれいな層が出来ません。
従って、密度勾配遠心にはスイングローターが適しているわけです。

次に分画沈殿に適する適さないという視点で
上述した通り、スイングローターは試験管真下に力がかかるので、沈殿は試験管の底に落ちます。
アングルローターは、角度がついていますので、真下には落ちません。
底部の壁面にへばりつく形になります。
上清を全て抜き取りたいといった場合(沈殿物が少ないこと前提ですが)、沈殿物が試験管の底にあるより、底部壁面にあった方が抜き取りやすいのです。
やってみないとイメージしにくいかと思うのですが、そうなのです。
そんなわけで、分画沈殿にはアングルローターが適しています。

まず、密度勾配遠心に適する適さないという視点で
スイングローターはある程度回転数が上がると、中に入っている試験管が真横を向きますよね?
試験管の位置は、|の状態から―になり、回転中の重力は→なわけです。
従って試験管の底に向かって、真っ直ぐ力がかかります。
密度勾配による層がきれいに水平になるわけです。
一方、アングルローターは良くて45°の角度で固定です。
試験管の位置が\なのに、回転中の重力は→なわけですね。
これではきれいな層が出来ません。
従って、密度勾配遠心にはスイングロータ...続きを読む

Qヒートシンク付RAM エアフロー設計

よろしくお願いします。

ヒートシンク付RAMの購入を考えているのですが、以前ある方からヒートシンク付RAMはフィンに風があたるようにしないと意味がない。と教えられたことがあります。

●ヒートシンク付RAMを利用されている方は、どのようなエアフロー設計をされているのか
●ファンの付けている位置、またPCケース
を教えていただけないでしょうか。

個人的背景として動画編集が増えてきておりRAMを大幅に増強する必要が出てきたことがあります。バルク品なら従来のヒートシンクなしが多いですが高信頼?のあるRAMは殆どヒートシンクがあるものばかりで、だったらPCのエアフローを考えないと思い質問しました。

以上、宜しくお願い申し上げます。

Aベストアンサー

RAMに限らず、ヒートシンクは風を当てる、というか熱対流に組み込むことで効果を発揮します。

>ヒートシンク付RAMはフィンに風があたるようにしないと意味がない。
その対流媒体が空気ですから、空気に対する接触面積が増えるという意味でヒートシンクは有効です。
(熱対流が自然発生しますから、無意味ということにはなりません)

ただ、対流速度よりも発熱のほうが一般的には過大になりますから、何もしないとヒートシンクの周りにある空気だけが暑くなってしまい効果が薄れていきます。
ヒートシンクに風を当ててあげることで、対流を強制的に行うことができます。

>●ヒートシンク付RAMを利用されている方は、どのようなエアフロー設計をされているのか
基本的に、CPUクーラーのファン配置がトップフロータイプであればそれで十分効果が出ます。
12cmタイプクラスのトップフロータイプだと、メモリとファンの距離はかなり近くなるはずです。

サイドフローなどでCPUファンからの流入が望めない場合、ケースファンをどう組み込んでいくかが肝になります。
が、一般的なPCケースの場合は大なり小なりフロントファンがあります。
上部ベイ付近にファンが搭載できる場合、ほぼそれでOK。
ただ静音向けなどでファンが少ない場合には、内部フローの作り方によっては、メモリ部分で滞留しますから、後付けファンが必要かも。

まぁ、実際の運用ではCPU/VGA/HDDあたりよりも優先順位は下がりますから、それらの構造にまずは最適化したほうがよいかと。
その後余裕があれば・・・ってところですかの。

RAMに限らず、ヒートシンクは風を当てる、というか熱対流に組み込むことで効果を発揮します。

>ヒートシンク付RAMはフィンに風があたるようにしないと意味がない。
その対流媒体が空気ですから、空気に対する接触面積が増えるという意味でヒートシンクは有効です。
(熱対流が自然発生しますから、無意味ということにはなりません)

ただ、対流速度よりも発熱のほうが一般的には過大になりますから、何もしないとヒートシンクの周りにある空気だけが暑くなってしまい効果が薄れていきます。
ヒートシンクに風を...続きを読む

Q細胞小器官の遠心分画法について

いつもお世話になっています。

ブタの肝臓をハサミで細切した後、テフロン・ホモジナイザーにかけてホモジネートを作製、遠心して核・ミトコンドリア・リソソームなどに分画しています。
それぞれの画分の純度はマーカー酵素活性の測定と電子顕微鏡による観察でチェックしています。
しかし、酵素活性でも電子顕微鏡でも、どうやらきちんと分画できてないらしいことがわかりました。
精製にするにつれて高くなってほしい比活性が低下したり・・・
電顕でもミトコンドリアなどはマトリックスの構造がちゃんとしてなくて、「ほんとにミトコンドリア?」ってくらいです。
大きさとしては2μmくらいの小胞が並んでいるのでミトコンドリア(の残骸)なんだろうと推測するしかない感じです。

一つには臓器を一度-80℃で凍結して保存し、それを融解して使っていることが問題なんだろうかとも思いますが、こんなにめちゃくちゃに壊れてしまうほど、影響のあるものなんでしょうか。

調製用のバッファーには等張の0.25Mスクロース、5mM Tris-HCl、0.5mM EDTA、pH7.4を用いています。
テフロン・ホモジナイザーも本にあるとおり、水を入れて手を離すと静かに落ちてくるくらいのクリアランスのものを使っています。
回転数は600rpm、2往復しています。(1往復でも試しましたが駄目)
あとは遠心するだけなので問題ないと思います。

これはやはり臓器の凍結の問題なのでしょうか?
あるいはホモジナイザーのクリアランスをもっとゆるくするべきなんでしょうか?
どなたかご教示お願いいたします。

いつもお世話になっています。

ブタの肝臓をハサミで細切した後、テフロン・ホモジナイザーにかけてホモジネートを作製、遠心して核・ミトコンドリア・リソソームなどに分画しています。
それぞれの画分の純度はマーカー酵素活性の測定と電子顕微鏡による観察でチェックしています。
しかし、酵素活性でも電子顕微鏡でも、どうやらきちんと分画できてないらしいことがわかりました。
精製にするにつれて高くなってほしい比活性が低下したり・・・
電顕でもミトコンドリアなどはマトリックスの構造がちゃん...続きを読む

Aベストアンサー

ブタの肝臓を使用させる場合、結合組織等が邪魔をするためにガーゼなどのメッシュで一度細胞だけにしてからホモジネートします。
凍結融解は、それだけで細胞が壊れますが細胞内のオルガネラにはそれほど影響を与えないと思いますが・・・
凍結がゆっくりであったりすると確かに影響はありますので、凍結方法を検討する、あるいは新鮮なものを得るなど工夫されてはいかがでしょうか?

Qヒートシンクについてです。

前の質問で、CPUクーラー・CPUファンについて質問させていただきました。

今回はヒートシンクについてです。ファンを取り外し、ヒートシンクを触ってみると、とても暑くなっていました。

コアの温度をさげるには、ヒートシンクも買い換えたほうがいいのでしょうか?それとも、ファンやクラーを買い換えるだけで大丈夫でしょうか?

お手数ですが、ご回答お願いします。

Aベストアンサー

ヒートシンクがCPUクーラーのヒートシンクの事であれば
ファンの性能よりヒートシンクの性能が冷却には影響あります
一般的にはヒートシンクとファンのセットで
CPUクーラーとして販売されていますので

CPUクーラーを買い換えるのがベストと思います

ヒートシンクの形状によりファンの大きさは厚みが
決められている製品も多いですので
どれか1つだけ購入するのはやめた方がいいですし
ヒートシンクだけを選ぶのは製品の種類も少ないので
わざわざ範囲を狭めるだけです

ヒートシンクは熱くなって当然ですね
負荷かがかかっているとCPUは70度ぐらいなりますので
その熱を奪って放熱させるのですから熱くて普通です

Qライゲーション→トランスフォーメーション

ライゲーション→トランスフォーメーションが上手くいきません.
トランスフォーメーション後のプレートにはコロニーは沢山生えてきます.ネガティブコントロールとしてベクターのみでライゲーション→トランスフォーメーションするとプレートには殆どコロニーは生えてきません.
しかし,コロニーを拾ってMiniPrepし,適当な制限酵素で切断したりしてアガロース電気泳動すると予想だにしないバンドが出てきます.20個くらいに対し1個は予想されるところにバンドはくるのですがセルフです.

ベクター(10 kbp)の方はBamH Iで制限酵素切断して,BAP処理をしています.インサート(2 kbp)はBgl II及びBamH Iで切断しています.Bgl IIとBamH Iの切断部位の相同性を利用したライゲーションです.濃度はベクターが0.03 pmolでインサートは0.3 pmolです.
ライゲーション時間は1,3,17時間試しましたが,全てダメでした.

大腸菌はJM109です.

ライゲーションが上手くいっていないのか,それとも大腸菌の中で異常が起きているのでしょうか?

ライゲーション→トランスフォーメーションが上手くいきません.
トランスフォーメーション後のプレートにはコロニーは沢山生えてきます.ネガティブコントロールとしてベクターのみでライゲーション→トランスフォーメーションするとプレートには殆どコロニーは生えてきません.
しかし,コロニーを拾ってMiniPrepし,適当な制限酵素で切断したりしてアガロース電気泳動すると予想だにしないバンドが出てきます.20個くらいに対し1個は予想されるところにバンドはくるのですがセルフです.

ベクター(10 kb...続きを読む

Aベストアンサー

#1です。

>インサートは,元々プラスミドの中にBgl II-insert-BamH Iで入っていたものを切り出して,ゲル抽出により精製しました.精製後のinsertはアガロース電気泳動で確認しました.

>泳動バッファーは新しいものを使いました.染色液は使わず,エチブロをはじめに入れたゲルを使いました.

了解です。

だとすると、変な断片がやってくる余地はあまりなさそうですね。
切り出しを低波長の紫外線下で長時間かけて行ってしまって、変な断片になってしまったということもあり得なくはないでしょうが。

残る疑問点は、
>20個くらいに対し1個は予想されるところにバンドはくるのですがセルフです.

というところですが、10kbと12kbなら、はっきり区別がつくはずですよね? だとすると、予想されるところにきたバンドがセルフというのはどういうことでしょう?

あと、予想だにしないサイズというのは、具体的には?

ベクターまたはインサートに、繰り返し配列等がないとすると、再編成がおこる可能性はあまりありませんね。
インサートは、大腸菌内で有害な作用をする可能性があるものでしょうか。だとすると、変なことが起こる可能性は大きくなりますが。

あと考えられるとすると、切り出しのときに、間違ってインサートじゃなくてベクターのバンドを切り出してしまってたりはしませんよね。

あとは、TEなどに、プラスミドが混入している可能性もありますが、同じものをネガコンにも同様に使っていたなら、その可能性はほぼ無視できますね。

とりあえず、最初からやり直してみることをお勧めします。

それでもうまくいかない場合は、低コピー数のベクターを使うとか、pUC系のベクターなら、培養温度を下げてコピー数を少なくしてみるといったことも有効かもしれません。

#1です。

>インサートは,元々プラスミドの中にBgl II-insert-BamH Iで入っていたものを切り出して,ゲル抽出により精製しました.精製後のinsertはアガロース電気泳動で確認しました.

>泳動バッファーは新しいものを使いました.染色液は使わず,エチブロをはじめに入れたゲルを使いました.

了解です。

だとすると、変な断片がやってくる余地はあまりなさそうですね。
切り出しを低波長の紫外線下で長時間かけて行ってしまって、変な断片になってしまったということもあり得なくはないでしょうが...続きを読む

Qヒートシンクの熱抵抗について

お世話になります。
ヒートシンクの熱抵抗について質問です。

熱抵抗1(℃/W)のヒートシンクに10Wの熱量を与えると10℃の温度差が生じますよね。
これはつまり、10Wの発熱体を取り付けて、たとえば、そこの温度が80℃だとすると、ヒートシンクによって、70℃に下がるということでしょうか。

だとすると、熱抵抗2(℃/W)のヒートシンクだと、同様に10W与えたら、20℃の温度差が生じるので、80℃→60℃に下がるということでしょうか。

つまり、熱抵抗の大きいヒートシンクの方が、放熱効果が高い・・・・???
なんかおかしいですよね。
熱抵抗が低い方が、放熱効果は高いはずですよね・・・??

私の考え方の間違いをご指摘ください。

よろしくお願いします。

Aベストアンサー

#7のお礼について

この理解で大丈夫です。
ヒートシンクを選定する場合には書かれている3つの条件を決めて、できればある程度マージンをとって選定をするとよいでしょう。何かの拍子に出力が上がったりしても問題がないようにぎりぎりの設計は避けた方がよいでしょう。

Qコンピテントセルについて

コンピテントセルの作製をしているのですが、各会社や注文した株によって大腸菌の種類って違いますよね?

例えばDH5α、JM109、HB101みたいに・・・

それぞれの菌株に適応した培地ってあるんでしょうか?

今は最も基本的なプロトコールに従って、LB培地で培養しています。

Aベストアンサー

菌株に特異的ではありませんが、
2xYT、3xLB、TB、MMI培地などを目的によって使い分けることは出来ます。

Qファン付きヒートシンクの自作

ファンをヒートシンクのフィン部にくっつけてLED冷却用装置作りたいんですが、ファンの送風方向はヒートシンクに向けるんでしょうか?それとも背面方向に?

Aベストアンサー

一般的には#1の方が言われるとおりに、ファンから出た風をヒートシンクに当てる場合が多いですね。ただしこれは#1の方が述べられている扇風機の前後という話とはまったく別の理由です。一般的なプロペラファンではファンから出てきた風は、ファンの軸方向の速度とファンの回転方向の速度を持って出てきます。まぁ、平たく言えばファンの出口側では螺旋状の空気の流れができているんです。そこにヒートシンクのフィンを持ってくるとフィンが一種の整流翼の働きをするため、捩れていた空気の流れを整えると同時に軸方向の流速を早くする役目があるためなのです。フィンに当たる風の速度はできるだけ速いほうが冷却効率が高くなるのです。これはちょっと面倒な理屈があるんですが、微視的に見ると空気の流れはフィンの近くに行けば行くほど、空気とフィンの摩擦によって遅くなりますが、フィンのごく近くでは動きがとても遅い部分ができてくるので、この部分では冷却性能が落ちることになります。そこでできるだけ高い速度を持ってフィンに空気を当ててやり、流れの遅くなる空気の層をできるだけ薄くしてやったほうが効率がよいのです。

ただし、このようにファンの出口側の風を当てる場合はヒートシンクに対しての埃の付着が多くなる傾向がありますので、あまりピッチの小さなフィン(ピッチが1mm程度以下)のヒートシンクを使う場合は、フィルターなどを用いてやらないと、ヒートシンクとファンの間に多量の埃がつまり冷却不良を招くことがあるので要注意です。

どの程度の放熱が必要か不明ですが、一時代前のCPUクーラーなどを流用してはいかがですか?秋葉原などに行けばペンティアム3用などのファンつきヒートシンクが数百円程度の捨て値でいくらでも手に入りますよ。

一般的には#1の方が言われるとおりに、ファンから出た風をヒートシンクに当てる場合が多いですね。ただしこれは#1の方が述べられている扇風機の前後という話とはまったく別の理由です。一般的なプロペラファンではファンから出てきた風は、ファンの軸方向の速度とファンの回転方向の速度を持って出てきます。まぁ、平たく言えばファンの出口側では螺旋状の空気の流れができているんです。そこにヒートシンクのフィンを持ってくるとフィンが一種の整流翼の働きをするため、捩れていた空気の流れを整えると同時に...続きを読む

Qコンピテントセルの作製において・・

コンピテントセルを作る時、効率の良いものをつくるため(最低でもx10の7乗)懸濁する際やエッペンに分注する時には低温室で作業すると初めに習ったのでそうしているのですが、長時間4℃にいるのはかなりきついし精神的にもしんどいです。

できたら普通の部屋で氷上で冷やしながら作業したいのですが、低温室でやらなくても効率の良くなるコツとか分かる方いましたらご教授ください。

Aベストアンサー

私達の研究室でも塩化カルシウム法で作っていたのですが、効率が上がらなかったので塩化ルビジウム法という方法に代えました。私の場合、塩化カルシウム法に比べ、効率が100倍から1000倍くらいに上がりました。うちの研究室ではJM109の場合、誰がやっても10^7をきることはなくなりましたね。

参考URL:http://www.gene.mie-u.ac.jp/Protocol/Original/Transform-Comp-Cell-Freeze.html


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