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PCRをするときにオイルを入れて揮発を防ぎますよね?
新しいラボでは、それを行っていないのですが、それほど影響はないのでしょうか。
実験手法は所属しているラボのに従うのが色んな意味で良いと思っているので、自分だけ変えるのは・・と思っています。

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A 回答 (6件)

 Jagar39です。



>ウチにあるのは古いものの可能性もあります。

 ヒートリッドがない機種って、半端な古さではないですよ。まだ動いている機械があったら驚いてしまいます。

>これ、デモで使ったことあります。ウォーターバスだと

 なるほど、やはり思うほど良くありませんでしたか。年がバレるようなネタを振ってすみませんでした(笑)。

 さて、

>蒸発を気にしていたのでチューブ壁面は確認していたのですが、多少曇っていました。

 たぶん普通のヒートリッドありのタイプです。チューブ壁面が多少曇るのはまったくノーマルな現象です。
 ヒートリッドなしの機械でオイルなしでPCRをすれば、反応が終わるとチューブはほとんど空っぽになってます。キャップ付近に張り付いていたりするので軽くスピンすれば液量は戻るのですが、キャップの隙間から逃げていく液もあるみたいで、完全に元の液量には戻りませんでした。
 雰囲気的には、液のほぼ全量がキャップに移動する、といった感じでしたね。
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この回答へのお礼

ご回答ありがとうございます。
チューブが空っぽになることはありませんでしたし、曇るのがノーマルということで納得しました。
今度からはオイルなしでやろうと思います。

みなさん、ありがとうございました。

お礼日時:2008/03/09 13:04

No. 2です。



>ウチにあるのは古いものの可能性もあります。

チューブのふたに接する面に加熱用の金属板がついているリッドがついているものは、ヒートリッド式です。ヒートリッドでない、昔々の機種では、半透明のただのプラスチックのふたをかぶせるだけでした。

>蒸発を気にしていたのでチューブ壁面は確認していたのですが、多少曇っていました。

ヒートリッドはチューブのキャップ面に密着して加熱しますが、ブロックからはみ出すチューブ壁面上部は直接加熱されないので、その部分が多少曇るのはあります。

しかし多くの機種では、ヒートリッドでブロック上面を密閉した状態で加熱するように設計されていて、ブロックからはみ出した部分も高温で保れるので、そこで凝結することがないようになっています。
ただし、ABIの機種は、専用の枠にチューブをさした状態でセットする設計になっています。枠なしで使うとヒートリッドの下に隙間ができ外気によって冷えてしまい、チューブ上部の壁面に凝結が起こってしまうので注意です。
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> もっと昔はウォーターバスをあらかじめ設定温度にしておいて、チューブの方を移し替えるという機械があったそうです。

ま、温度上昇や下降の時間はほぼゼロにできるし(手動で移し替えだとダメダメですが)、間違いなく「ホットスタート」にはなるので、これはこれで合理的と言えば合理的かも・・・

これ、デモで使ったことあります。ウォーターバスだと90何度ではすぐに蒸発してしまうので、グリセリンか何かが入ってました。サンプルはガラスキャピラリに封入してセットするのですが、何せ粘度が高いのでキャピラリの表面にかなり液が付着して、言うほど温度変化が早くもないような感じでした。そのせいかどうか、増幅も今ひとつだったので購入には至りませんでした。
アイデア倒れの観がありますが、印象に残る機械だったのは確かですね。

本題に関しては、PCR 反応後の液量と蓋に付いた水滴の有無を見れば、蒸発が起きているかどうかは一目で分かりますよ。

この回答への補足

みなさん御回答いただきありがとうございます。
ウチにあるのは古いものの可能性もあります。
蒸発を気にしていたのでチューブ壁面は確認していたのですが、多少曇っていました。
蓋は確認していなかったので今度確認してみます。
液量はそんなに変化するものなのでしょうか??

補足日時:2008/03/09 02:27
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 オイルを入れる理由はNo.2さんの回答のとおりです。


 そもそも現在、オイルを入れなればならないサーマルサイクラーがまだ現役で動いているというのは奇跡に近いのでは。メーカーももう部品を作ってない機種も多いと思います。
 昔はオイルを入れなければならなかった理由を知らない人が多いのも無理はないです。

 私は、昔使っていた某社の機種がよく壊れて、ヒートリッドが壊れた修理に出した時の代替品まで同じ壊れ方をした時、やむを得ずオイルを入れてPCRを1ヶ月ほどしていたのが唯一の経験です。
 それ以来、某社の機械が嫌いになったので(試薬は好きでよく使いますが)、それ以降はABIを中心に導入しています。
 ABIの機械はちゃんとヒートリッドの温度もモニターされていて、103℃に達しないとPCR反応がスタートしないのですが、その某社のはモニターもしていなかったものですから、PCR反応が終わるまでヒートリッドが壊れたことに気づきませんでした。それだけに腹立ちもひとしおで・・・

 もっと昔はウォーターバスをあらかじめ設定温度にしておいて、チューブの方を移し替えるという機械があったそうです。ま、温度上昇や下降の時間はほぼゼロにできるし(手動で移し替えだとダメダメですが)、間違いなく「ホットスタート」にはなるので、これはこれで合理的と言えば合理的かも・・・
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今のサーマルサイクラーはヒートリッド(heat lid 天井側を100℃以上に熱する)タイプが普通ですよね。

それなら、反応液が蒸発して天井側に凝結するいうことがないのでオイルは必要ありません。
というか、いまだにヒートリッドタイプでなく、オイルを重層しなければならない方式というのが少なくとも15年遅れです。
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こんばんは。



私はPCRでオイル(?)を入れたコトが無いのですが、実験に支障はありませんでした。
チップの蓋をしっかり閉めることで揮発は防げると思うので、新しいラボでのやり方に従ってもイイんじゃないかな?と思いますよ。
もし、ご自身のスタンスを崩したくないならボスに相談されてみてはいかがでしょうか?
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★回答
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・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
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補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
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