ゲノムネット初心者です。
あるカビのプライマーをいつも使っているのですがある別のカビにも同じ配列があるようなのです。
本当にあるか知りたいのです。
BLAST?かと思うのですが、使い方も結果の見方もよくわかりません。
宜しくお願いします。

A 回答 (3件)

ここのホームページのHELPで使い方は分かると思います。


とりあえずやってみられては?
少しだけアドバイスですがプライマーですとそんなに長くはないですよね。かかりすぎると後が大変ですから生物種は搾った方が良いでしょう。
使ってみて分からないところを質問された方が皆さん答え易いと思います。
各サーチの違いについては
http://www.nig.ac.jp/labs/MolGen/fujita/inet/gen …
でお願いします。

基本的には上にきたもの程ホモロジーが高いです。(条件の設定で変ります。アルゴリズムの取り方なんかで変ります。)

おまけですが私はいつもNCBIのページでやってました。
最近は日本語ページもあったんですね。

参考URL:http://helix.genes.nig.ac.jp/homology/
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この回答へのお礼

ありがとうございます。
日々精進したいと存じます。

お礼日時:2001/02/09 16:23

ちょっと(?)勘違いでしたかね?


以下のサイトに「マニュアル」があるようですが・・・?

ご参考まで。

参考URL:http://blast.genome.ad.jp/dbget-bin/show_man?bla …
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直接的な回答ではなく的はずれかもしれませんが、以下の参考URLサイトは参考になりますでしょうか?



当然ご覧になっているでしょうが・・・?

ご参考まで。

参考URL:http://www.genome.ad.jp/Japanese/docs/Bit/bit990 … http://star.scl.genome.ad.jp/Japanese/service_J. …
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Q塩基配列のBLAST解析

シークエンス反応を通して塩基配列が決定されたものをBLAST解析して自分の精製した塩基配列がどのような遺伝子でどんな微生物に類似しているのかを同定したいのですが・・・

塩基配列をNCBIからNucleotide BLASTのトップページで入力したところ、赤いバーのようなものが多数出たページと、Max identが97%などと出てくるページと、QueryとSbjctといった特定の塩基が結合しているようなページが出ました。

これらのページのどこを見て、どのような微生物と類似しているのかを調べたらいいのかがイマイチわかりません。英語ばかりで英語苦手な自分としてはなんともわかりにくい状態です。

特にどこ見て考えたらいいのでしょうか?わかりにくい質問かもしれないですが、よろしくお願いします。

Aベストアンサー

 これはBLASTを使う上では本当に基礎的なことで、この質問は例えるなら「電卓の"2"と"+"と"3"と"="のキーを押してみたら"5"と表示されました。これはいったいどう見ればいいのでしょう」と質問するのと同じくらい、初歩的で聞くのが恥ずかしい質問です。

 いや、もちろん最初は誰だって知らないのですから質問者さんが知らないこと自体はちっとも恥ずかしいことではないのですが、それをこのような「オープンなサイトで聞く」ことが恥ずかしいことです。
 実験計画の立て方から始まって実験方法、データの解析方法、さらに考察までが「研究」です。それらのスキルはそのラボで養成しないとラボとして成立しないでしょう。即戦力だけを契約研究員でかき集めているようなラボならともかく。
 ま、ですから、そういうことは研究室の教官なり先輩にきちんと教育してもらうのが本来の姿ですし、彼らに聞くのが勉強というものです。
 こういうオープンな、回答が正しいのか間違っているのか判断しなければならないところで聞くのは、勉強の仕方としては決定的に間違っています。

 しっかり勉強して下さいね。知らないのは恥ではなく、知らないということを言えないのが恥ずかしいことです。

 ま、これだけではなんなので、簡単に説明を。オプションの設定等によって多少違うかもしれませんが。

 自分の得た配列を入力してサーチすると、まずリストが出てくるはずです。
 これはヒットした遺伝子が相同性が高い順に並んでいるリストです。
 それぞれ左端にリンクが張られているはずですが、このリンクをクリックすると、その遺伝子(報告)の全配列と文献などが出てきます。この画面はGENETYX等の遺伝子解析ソフトで直接読める形式になっています。

 で、次に赤いバーがたくさん並んだ画面になるはずです。
 これは入力した自分の遺伝子とヒットした遺伝子の位置関係を簡単に図示したものです。まあこれはあまり気にしなくて良いし、図を見れば何となく何を意味するかは判ると思うのですが・・・
 要するに、例えば自分が500bpの配列を入力して検索したとして、ヒットした配列が、その500bpを完全に含んでいるのか、途中からのデータなのか、といったことを図示しているだけです。
 その下のアライメントが詳細表示なので、別に気にする必要はありません。

 で、その下のQueryとSbjctの配列が棒で結ばれているような図ですが、Queryが入力した配列、Sbjctがヒットした配列です。その2つをアライメントを取って並べてくれたのがこの図です。
 ・・・アライメント、判ってますよね?
 棒で結ばれているのは、同じ塩基、という意味です。

 なお、BLASTでマルチプルアライメントもできるみたいなことは書いてあるのですが、オプションで見あたらないため私にはよく判りません。マルチプルアライメントはClustalWでやっているので気にしてないのもありますが。

 ちなみにDDBJのサイトから入ると、入力画面は日本語なのでまだ理解しやすいかもしれません。出力はやっぱり英語ですが。
 いろいろな検索のフロントエンドに入れるようなのですが、私はBLASTとClustalWくらいしか使わないので他はよく判りません。

 もしアライメントなどの用語が判らなければ、それこそ先輩や教官に聞いてみてください。
 聞けるのは最初の内だけです。研究室に後輩が入ってくるくらいの時期になると、それこそ今までまったく勉強せずにサボっていたのが暴露されてしまうので恥ずかしくて聞けなくなってしまいますよ。
 聞ける内に知らないことは全部聞いておくくらいの気持ちでいてください。

参考URL:http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html

 これはBLASTを使う上では本当に基礎的なことで、この質問は例えるなら「電卓の"2"と"+"と"3"と"="のキーを押してみたら"5"と表示されました。これはいったいどう見ればいいのでしょう」と質問するのと同じくらい、初歩的で聞くのが恥ずかしい質問です。

 いや、もちろん最初は誰だって知らないのですから質問者さんが知らないこと自体はちっとも恥ずかしいことではないのですが、それをこのような「オープンなサイトで聞く」ことが恥ずかしいことです。
 実験計画の立て方から始まって実験方法、データの...続きを読む

Qダイデオキシ法におけるプライマー配列について

ダイデオキシ法におけるプライマー配列の設計は、フォアードプライマーは、目的の配列の3'→5'の前方に結合するように、リバースは相補鎖の5'→3'の向きで結合するように設計しますが、疑問があります。

(1)ダイデオキシ法は、普通のPCR(設計したプライマーで、はさまれた間が増幅される)と異なり、元のDNA鎖に何度もプライマーが結合し、その後にddNTPが結合して順番に塩基が読めるものと理解していて、出来上がった遺伝子断片に再び、プライマーが結合することはなく、もとのDNA鎖のみに何度も結合していくのですよね?この理解は正しいのでしょうか?

(2)読めた配列のデーターに、プライマーの配列も読めるのでしょうか?
プライマー以降にddNTPが結合していくので、プライマー自体は配列が読めない気がします。しかし、出来上がったプライマー+目的の配列を持ったDNA鎖に相補的にまたddNTPが結合すると、プライマーを含めた目的の配列が読める気がします。プライマーがなくてもddNTPは相補的な配列をもったDNA鎖に結合することができるのでしょうか?プライマーが結合し、そこからポリメラーゼが来て、dNTPを使って伸長反応をするので、プライマーがなくてもddNTPが結合して配列が読めるというのは間違っていますよね?設計したフォアードの配列がシークエンス結果の配列にあってなぜ読めるのか不思議になりました。

(3)伸長反応は酵素にもよりますが、全長は伸びず途中までしか読めないことから、シークエンス解析では、フォワードとリバースをプライマーに用意しますが、疑問があります。リバースを用いて読めた配列を反転し、フォワードを用いて読めた配列と結合するのは、機械が自動的にしてくれるのでしょうか?

頭がこんがらがってしまい、困っています。どなたかよろしくお願いします。

ダイデオキシ法におけるプライマー配列の設計は、フォアードプライマーは、目的の配列の3'→5'の前方に結合するように、リバースは相補鎖の5'→3'の向きで結合するように設計しますが、疑問があります。

(1)ダイデオキシ法は、普通のPCR(設計したプライマーで、はさまれた間が増幅される)と異なり、元のDNA鎖に何度もプライマーが結合し、その後にddNTPが結合して順番に塩基が読めるものと理解していて、出来上がった遺伝子断片に再び、プライマーが結合することはなく、もとのDNA鎖のみに何度も結合していくの...続きを読む

Aベストアンサー

1;あっています。アニーリング(鋳型にプライマーがくっつく)>伸長>熱変性。を繰り返すだけです。増幅断片はその後の増幅されませんし、増幅に利用もされません。

2;読めません。相補鎖的な配列にくっつくためのプライマーを添加しないので、増幅しないためです。ですので、質問にありますが、プライマーがなくてはdNTPは結合しません。〈あとddNTPは終末端です。伸長するときに結合するのはdNTP)
設計したフォワードがはいってたというのはよくわかりませんね。クローニングとかしてませんよね? シーケンスに使ったプライマーが読めてるのはおかしいです。理論的にはありえません。プライマー配列のタンデムリピートとか、実験ミスとかを再確認してください。

3:これは機械によります。でも普通はしてくれません。自分でアライメントしてください。あと長塩基を解析できない理由は、全長は伸びず・・・というよりは100と101は区別できても10000と10001の区別は難しいから・・・という電気泳動的な問題です。

Qシークエンスでプライマー配列部分の塩基は決定可能?

PCR産物をダイレクトシークエンスする場合、塩基が決定できるのはプライマーで挟まれた部分の配列についてで、プライマーがアニールするはずの部分(プライマー配列に含まれる部分)の塩基は決定できないという認識でいるのですが、正しいでしょうか?
実は、最近読んだ国際誌(Molecular Ecology)の論文で、(そのPCRに利用したと明記されている)プライマーがアニールするはずの部分の塩基を決定し、そこにたくさんの多型(全多型の約20%)を検出しているのをみて不思議に思った次第です(GenBankにも同様の配列が登録されていました)。
プライマー配列部分にプライマーと異なる塩基があれば、その部分がヘテロのピークとして現れることがあるとは思うのですが、このようにして得られた塩基は信用していいのでしょうか?また、ヘテロが現れなったからといって、その部分の対象の配列がプライマーと同一としていいのでしょうか?
メジャーどころの国際誌に出ているのだから問題ないと思わないでもないのですが、配列のローデータにまであたらないと分からないわけですから、見落されていたということもありえると思うのです。
ご意見のほどお聞かせいただければ幸いです。
どうぞよろしくお願いします。

PCR産物をダイレクトシークエンスする場合、塩基が決定できるのはプライマーで挟まれた部分の配列についてで、プライマーがアニールするはずの部分(プライマー配列に含まれる部分)の塩基は決定できないという認識でいるのですが、正しいでしょうか?
実は、最近読んだ国際誌(Molecular Ecology)の論文で、(そのPCRに利用したと明記されている)プライマーがアニールするはずの部分の塩基を決定し、そこにたくさんの多型(全多型の約20%)を検出しているのをみて不思議に思った次第です(GenBankにも同様の配...続きを読む

Aベストアンサー

プライマーの結合部位の下流でなければ、
通常はダイターミネーター法とダイプライマー法ではプライマー上の塩基配列を決定することが出来ません。

もしかしたら、3'側の末端の塩基を変える事により読めなくなるかどうかで調べることが出来るかもしれません。

どの論文なのかはわかりませんが、
歩いていたりしていて、そこのSNPsの検出にはさらに外側のプライマーを使っていませんか?

Qヒトゲノムマップの見方 図をどのように理解するのか

 ヒトゲノムマップという図を見ましたら,染色体ごとに常染色体1~22と性染色体が添付の図のようになって解説してありました。さらに,真ん中の赤い部分がセントロメア 染まっている部分を染色体の縞模様Gバンドと呼ぶと解説してありました。
 そこで質問なのですが,この図は真ん中がくびれた「I」型になっています。染色体は「X」型だと思います。この両者をどのように関連付けてみたらよいのでしょうか。
 

Aベストアンサー

単に省略されているか、染色体の片側半分、染色分体が表示されているのかもしれません。あくまでも模式図、マンガです。

染色体凝縮によって染色体が形成されたときはDNAのコピーが出来上がったときで、今後、2つの娘細胞に分かれます。ほぼ完全なコピーなので、ヒトゲノムマップという観点からは2つ書いてもあまり意味がありません。

Q生物の計算問題です。 イネの全ゲノムを8億4000万塩基数としたとき、イネのゲノムDNAに対して12

生物の計算問題です。
イネの全ゲノムを8億4000万塩基数としたとき、イネのゲノムDNAに対して12塩基数のプライマーを反応させた場合、このプライマーはおよそ(1)箇所に結合する。また、このプライマーの塩基数が2個増えると結合箇所は(2)倍になる。
この⑴と⑵にはいる最も適切なものを選べという問題なんですが計算方法がわかりません。⑴の答えは50.
⑵の答えは1/16です。詳しくやり方も教えてくださると嬉しいです。お願いします

Aベストアンサー

12塩基が同じに並ぶ確率は(1/4)^12
8億4千万 x (1/4)^12 = 50
塩基数が2個増えると
(1/4)^14になるので(1/4)^(14-12)=1/16


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