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大前提として、Native PAGEにおけるタンパク質の移動度は分子量以外に電荷や形状に大きく左右されます。
つまり、移動度=分子量とは一概には言えないということを頭に入れておいてください。また、Native PAGEにも様々な実験系があります。おそらく用いているのはDavisの系(SDS-PAGEのSDS抜き)だと思いますが、場合によっては他の方法(Hedrick&Smith法など)を用いる必要もあるかと思います。Davisの系ですと、まず、GEヘルスケアでNative PAGE用のマーカーが売られていますが、目的とされるタンパク質のレンジにはマーカーがありません。調べてみたところ、Couch et al. (2004) J Bacteriol. 186 : 35-42. にchymotrypsinogen A (25 kDa)とalbumin (67 kDa)を使っていると記述されていますので、試してみてはいかがでしょうか?
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