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ある遺伝子のゲノムDNAの塩基配列を決定したいのですが、どこがイントロンでどこがエキソンかが分からない場合、イントロンとエキソンを明らかにするためにはどのような実験を行えばよいのでしょうか?

A 回答 (1件)

古典的には、ゲノム断片をプローブにしてNorthernをやってexonを含む領域の見当をつけてからS1 mapping、今日ではcDNAを取ってシークエンスをして、ゲノムシークエンスと比較するのが簡便で確実でしょう。

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Q遺伝子のエクソンの数とサイズを調べる方法について

趣味で生物学や遺伝学に興味を持っている者です。

 ある遺伝子の遺伝子全体の大きさ(塩基の数はどのくらいか)、その遺伝子に含まれるExonの数やそれぞれの大きさをネット上で調べるにはどうしたら良いでしょうか。
 どのサイトでどのように検索したら良いでしょうか。英語は大学教養部程度は理解できます。よりわかりやすいサイトを教えてください。

Aベストアンサー

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

左上のSearchプルダウンメニューからGeneを選び、for以下に遺伝子名を入れる
例えばCYP1A2と入れ Go

検索結果からCYP1A2 (Homo sapiens)のリンクをクリック

「Genomic regions, transcripts, and products」の「NC_000015.8」をクリック

プルダウンが出るので「GENBANK」を選択

真ん中辺にあるmRNA:join(1..55,888..1727,2347..2467,2923..3012,3282..3405,4342..4428,5949..7758)
これがエクソン

CDS:join(897..1727,2347..2467,2923..3012,3282..3405,4342..4428,5949..6246)
これがORFです


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