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ImageJを使って、骨格筋細胞面積の計測を考えています。骨格筋細胞の辺縁をImageJのThretholdでうまく認識できないため、画像をまずPhotoshopにて取り込み、細胞の辺縁をペンでなぞり、白黒の新たな画像を作り、それをImageJで解析しようとしました。まずProcess-Binary-Make Binaryを行い、その後Find edgesを行いました。そこまではうまく、辺縁を認識できているようでしたが、スケールを設定の上、Analyze particlesを行っても約200程度ある細胞の内の10程度しか認識してくれません。どうも線と線が接しているような場合は認識してくれないような、印象がありました。細胞同士接していることは多々ありますので、そのような場合にどうすれば、細胞として認識してくれるのか、わかる方いらっしゃいましたら、ぜひご教授いただきたく存じます。どうも文章ではうまくニュアンスが伝わらないのですが。

なお、Binary-Watershedも行いましたが、いらん所を分割してしまい、全く使えませんでした。先輩に聞いたところ、昔のversionではできた。などど言われました。ちなみに今使用しているバージョンは1.37です。1.40でも試しましたが、同じ結果でした。

よろしくお願いします。

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A 回答 (3件)

どうすればImageJで不明瞭な細胞の境界を識別させられるかはわからないので、境界線を手でなぞる場合について書いてみます。



Photoshopのペンツールで細胞の輪郭をなぞる時(ImageJのペンシルツールでも同じ事が出来ると思います)、線の太さが1ピクセルだとImageJで境界線として認識されません。必ず2ピクセル以上の太さが必要です。2ピクセル以上の太さの閉じた境界線を描いておけば、境界線の内側の面積を求めるのにMake BinaryやFind Edgesをする必要は全くありません。

面積を求めたい画像を開いた状態でImage/Adjust/Thresholdを呼び出して、境界線が黒く、面積を求めたい領域が赤くなるようにスライドバーを動かします。8bitの画像で境界線のグレーバリューが0なら、1-255が赤くなるように、境界線のグレーバリューが255なら、0-254が赤くなるようにしておくと確実です。
その後はThresholdのウィンドウはそのままにして、面積を求めたい画像のウィンドウをアクティブにし、Analyze Particlesを実行して下さい。Set Measurementsの設定がデフォルトのままなら、それぞれの領域の面積と、グレーバリューの平均値、最大値、最小値などが測定できるはずです。
Analyze Particlesのスケールの設定によっては境界線の外側全てが1つのParticleと認識されたり、面積の小さい細胞が測定されなかったりするので、スケールの値を適宜変更したり、Show NothingからShow Outlinesに変更してどこがParticleとして測定されたかを確認しておくと良いでしょう。

このやり方では、Image/Adjust/Thresholdをいじらないと境界線自体の面積を求めてしまうので、くっ付いた境界線は一つのParticleと認識されてしまいます。境界線がくっ付いている場合はParticleの数が少なくなるので気づきやすいですが、境界線が離れていると気づかない可能性もあります。Flood Fillツールで細胞外を境界線と同じ色で塗りつぶしてしまえば問題なさそうですが、うっかり間違えないようにくれぐれもご注意を。
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この回答へのお礼

このたびはご教授いただきありがとうございました。ImageJは正直先輩のマニュアルを意味もわからず使っていたところがあるので、少しづつ自分のものにしていきたいと思っています。

ところで、さっそくもともとの画像で行ってみました。ピクセル数の問題はありませんでした。Thresholdで境界が黒、他が赤となるようにし、Analyze Particlesを行いましたが、やはりうまく認識されませんでした。Thresholdをいじって、何回か計測しなおしましたが、1)そもそもparticleとして認識しない、2)もしくは一つの大きなparticleとして認識するのどちらかとなってしまいます。そこで、もともとの画像うがTIFFで保存していたものを、JPEGで保存しなおして測定したところ、うまくthresholdをいじると測定することができました。それもJPEGの圧縮度を上げるほど、うまくいくという、ちょっと時代に逆行するようなある意味面白い現象でした。

いろいろ条件を変えて、最適の条件を見つけたいと思います。ご回答ありがとうございました。今後もよろしくお願いいたします。

お礼日時:2008/10/18 18:10

ANo.1&2です。


実物を確認できないのでごく基本的なところから疑ってかかるような回答になってしまいますが、その点はご容赦ください。

>2ピクセル以上で画像を作っていました。

そうだとすると、今ある情報から思いつく原因は

・Photoshopで鉛筆ツールでなくブラシツールを使って線を描いた
・境界線が閉じていなかった

くらいです。
Thresholdをいじらないと境界にならないという事は、境界線のグレーバリューが一定でない、という事を意味しているのではないかと思います。ブラシツールで描いた場合は線の色に濃淡ができるので、Thresholdを1-255や0-254にした時には境界線になりません。画像を拡大して境界線を見た時に、黒一色になっているか確認してみてください。
線が閉じてない場合は、言わずもがな。線が黒一色なのにParticleにならないのなら、境界がきちんと閉じているか確認して下さい。

この回答への補足

何度もご回答いただきありがとうございます。

ご指摘いただいた件ですが、
画像を拡大して確認いたしましたが、境界線は閉じていました。また鉛筆ツールで線を描いていましたので、境界線のグレーバリューは0で背景の白が255となっていました。

この条件でAnalyze particlesを行った際に計測される約20の細胞と、計測されないほぼ180の細胞の違いが結局比べてみてもよくわからないのです。

しかし、今回のアドバイスでImageJに対する理解がだいぶ今までより深化しました。

アドバイスを参考にし、最終的に次の手順でかなり正確に測定できました。まず細胞写真を取り込んで8bitとした後に、ImageJのペンツールで細胞の間を白く書いていき、その後Binary Dataとすることで、ほぼ正確に細胞面積を測定することができました。

今回はご教授いただき大変ありがとうございました。またわからない点ありましたら、質問させてください。よろしくお願いします。

補足日時:2008/10/21 20:55
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ANo.1です。


誤解がありそうなので追加回答します。

>ピクセル数の問題はありませんでした。

これは「2ピクセル以上の太さで描いてあった」という意味でしょうか?
こちらでもPhotoshopを使って確かめましたので出来るはずだと思うのですが、出来ないのだとしたらちょっとどうすれば良いかわかりません。

しかし「1ピクセルで描いたけど、目に見えるから境界線になってるはずだ」という意味なら、それは間違いです。
グレーバリューが5の画像上にグレーバリューが0で太さが1ピクセルの線を斜めに引くと

5 5 5 5 5 5 0
5 5 5 5 5 0 5
5 5 5 5 0 5 5
5 5 5 0 5 5 5
5 5 0 5 5 5 5
5 0 5 5 5 5 5

という風になります。このグレーバリュー0の線は目には見えてもAnalyse Particleなどでは境界線として作用しない、と言っています。この時、0が黒で5が赤になるようThresholdを設定しても、グレーバリュー5のピクセル全てを1つのParticleと認識します。斜めに接しているピクセルは「繋がっている」と認識されるからでしょう。

2ピクセルで線を描けば

5 5 5 5 0 0
5 5 5 0 0 0
5 5 0 0 0 0
5 0 0 0 0 5
0 0 0 0 5 5
0 0 0 5 5 5

こうなって、境界線になります。上下にあるグレーバリュー5の塊は別のParticleになります。
手で描いた線に斜めの部分がない、なんて事はまずありませんから、1ピクセルの線で境界を描くのは無理です。ですから「2ピクセル以上の太さの線」が必要なんです。

JPEGで高圧縮にすれば境界として描いた線がボケて、元が細くても実質太くなったような状態になりますから(そのかわりグレーバリューも変化しますが)Thresholdをいじれば境界に出来なくもないのでしょう。
しかしそのやり方は意図しなかった部分まで境界線にしてしまう危険性がありますし、画像の持っている情報を捨てているわけですから、Particle内のグレーバリューを測る必要が出てきた場合などには応用できません。
止めた方が良いと思います。

線の太さの変え方がわからないという事なら、ImageJの場合ペンシルツールのボタンをダブルクリックすれば設定画面が出ます。Edit/Options/Line Widthからでも変更可能です。

この回答への補足

ご返答ありがとうございます。

2ピクセル以上で画像を作っていました。

なかなか、実物をみて、確認していただけないと、難しいかもしれません。
画像を添付してメールしたいところですが。

画像圧縮は確かに情報をdropしますので、デンシトメトリーの際にはTIFFでやっています。窮余の策でした。

補足日時:2008/10/18 22:39
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Aベストアンサー

色を分離しなくても Cell Counter プラグインを使えば数えられますが、手作業なので少し時間はかかりそうです。

imageJで細胞数等を数えるCell Counter|LifeScienceProject
http://life-science-project.com/1005/


染色されている部分と背景がくっきり分かれている画像であれば、もう少し楽なやり方ができます。
まずヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)を分離するために Colour Deconvolution プラグインを使います。

Colour Deconvolution
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html

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ImageJの日本語訳~Analyze~
http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/menus/analyze.html#AP

色を分離しなくても Cell Counter プラグインを使えば数えられますが、手作業なので少し時間はかかりそうです。

imageJで細胞数等を数えるCell Counter|LifeScienceProject
http://life-science-project.com/1005/


染色されている部分と背景がくっきり分かれている画像であれば、もう少し楽なやり方ができます。
まずヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)を分離するために Colour Deconvolution プラグインを使います。

Colour Deconvolution
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/cdeconv/cdecon...続きを読む

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pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
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Aベストアンサー

円運動の加速度a[m/s^2]は、中心方向に
a = rω^2 [m/s^2]
となります。遠心力f[N]は物体の質量をm[kg]として、
f = mrω^2 [N] ・・・(1)
となります。
ここでω[rad/s]は角速度で、1秒間に回転する角度[rad]、r[m]は回転半径です。

1分間では60ω[rad]回転しますので、この値を1周の2πで割った値が[rpm](1分間あたりの回転数)の値となります。
A[rpm] = 60ω/2π
これを式変形して、
ω[rad/s] = 2πA/60
となります。

これを(1)へ代入して遠心力は
f = mr(2πA/60)^2 [N]

となり、この力を質量で割った値が加速度aになるので
a = f/m 
  = r(2πA/60)^2 [m/s^2]
  = r(2πA)^2 / 360 [m/s^2]

となります。これが、重力加速度g(=9.8[m/s^2])の何倍にあたるかをあらわしたものがN[G]ですので、
N = a/g
  = r(2πA)^2 / 360g
  = r(2πA)^2 / 3528 [G]
となります。

以上の式からわかるように、[rpm]を[G]に変換するためには回転半径r[m]が必要になります。単位がメートルですので(センチ、ミリではありません)注意してくださいね。

【計算例】

r=10[cm]、A=100[rpm]で計算すると、
N ≒ 10[G]

r=10[cm]、A=10000[rpm]で計算すると、
N ≒ 10万[G]


となります。

円運動の加速度a[m/s^2]は、中心方向に
a = rω^2 [m/s^2]
となります。遠心力f[N]は物体の質量をm[kg]として、
f = mrω^2 [N] ・・・(1)
となります。
ここでω[rad/s]は角速度で、1秒間に回転する角度[rad]、r[m]は回転半径です。

1分間では60ω[rad]回転しますので、この値を1周の2πで割った値が[rpm](1分間あたりの回転数)の値となります。
A[rpm] = 60ω/2π
これを式変形して、
ω[rad/s] = 2πA/60
となります。

これを(1)へ代入して遠心力は
f ...続きを読む

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よろしくお願いします。
エクセルの回帰分析をすると有意水準で2.43E-19などと表示されますが
Eとは何でしょうか?

また、回帰分析の数字の意味が良く分からないのですが、
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回帰分析でR2(決定係数)しかみていないのですが
どうすれば回帰分析が分かるようになるのでしょうか?
本を読んだのですがいまいち難しくて分かりません。
教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
 2.43×1/(10の19乗)で、
 2.43×1/10000000000000000000となり、
 2.43×0.0000000000000000001だから、
 0.000000000000000000243という数値を意味します。

補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるた...続きを読む

Q統計学的に信頼できるサンプル数って?

統計の「と」の字も理解していない者ですが、
よく「統計学的に信頼できるサンプル数」っていいますよね。

あれって「この統計を調べたいときはこれぐらいのサンプル数があれば信頼できる」という決まりがあるものなのでしょうか?
また、その標本数はどのように算定され、どのような評価基準をもって客観的に信頼できると判断できるのでしょうか?
たとえば、99人の専門家が信頼できると言い、1人がまだこの数では信頼できないと言った場合は信頼できるサンプル数と言えるのでしょうか?

わかりやすく教えていただけると幸いです。

Aベストアンサー

> この統計を調べたいときはこれぐらいのサンプル数があれば信頼できる・・・
 調べたいどの集団でも、ある一定数以上なら信頼できるというような決まりはありません。
 何かサンプルを集め、それをなんかの傾向があるかどうかという仮説を検証するために統計学的検定を行って、仮設が否定されるかされないかを調べる中で、どの検定方法を使うかで、最低限必要なサンプル数というのはあります。また、集めたサンプルを何か基準とすべき別のサンプルと比べる検定して、基準のサンプルと統計上差を出すに必要なサンプル数は、比べる検定手法により計算できるものもあります。
 最低限必要なサンプル数ということでは、例えば、ある集団から、ある条件で抽出したサンプルと、条件付けをしないで抽出したサンプル(比べるための基準となるサンプル)を比較するときに、そのサンプルの分布が正規分布(正規分布解説:身長を5cmきざみでグループ分けし、低いグループから順に並べたときに、日本人男子の身長なら170cm前後のグループの人数が最も多く、それよりも高い人のグループと低い人のグループの人数は、170cmのグループから離れるほど人数が減ってくるような集団の分布様式)でない分布形態で、しかし分布の形は双方とも同じような場合「Wilcoxon符号順位検定」という検定手法で検定することができますが、この検定手法は、サンプルデータに同じ値を含まずに最低6つのサンプル数が必要になります。それ以下では、いくらデータに差があるように見えても検定で差を検出できません。
 また、統計上差を出すのに必要なサンプル数の例では、A国とB国のそれぞれの成人男子の身長サンプルがともに正規分布、または正規分布と仮定した場合に「t検定」という検定手法で検定することができますが、このときにはその分布を差がないのにあると間違える確率と、差があるのにないと間違える確率の許容値を自分で決めた上で、そのサンプルの分布の値のばらつき具合から、計算して求めることができます。ただし、その計算は、現実に集めたそれぞれのサンプル間で生じた平均値の差や分布のばらつき具合(分散値)、どのくらいの程度で判定を間違える可能性がどこまで許されるかなどの条件から、サンプル間で差があると認められるために必要なサンプル数ですから、まったく同じデータを集めた場合でない限り、計算上算出された(差を出すために)必要なサンプル数だけサンプルデータを集めれば、差があると判定されます(すなわち、サンプルを無制限に集めることができれば、だいたい差が出るという判定となる)。よって、集めるサンプルの種類により、計算上出された(差を出すために)必要なサンプル数が現実的に妥当なものか、そうでないのかを、最終的には人間が判断することになります。

 具体的に例示してみましょう。
 ある集団からランダムに集めたデータが15,12,18,12,22,13,21,12,17,15,19、もう一方のデータが22,21,25,24,24,18,18,26,21,27,25としましょう。一見すると後者のほうが値が大きく、前者と差があるように見えます。そこで、差を検定するために、t検定を行います。結果として計算上差があり、前者と後者は計算上差がないのにあると間違えて判断する可能性の許容値(有意確率)何%の確率で差があるといえます。常識的に考えても、これだけのサンプル数で差があると計算されたのだから、差があると判断しても差し支えないだろうと判断できます。
 ちなみにこの場合の差が出るための必要サンプル数は、有意確率5%、検出力0.8とした場合に5.7299、つまりそれぞれの集団で6つ以上サンプルを集めれば、差を出せるのです。一方、サンプルが、15,12,18,12,21,20,21,25,24,19の集団と、22,21125,24,24,15,12,18,12,22の集団ではどうでしょう。有意確率5%で差があるとはいえない結果になります。この場合に、このサンプルの分布様式で拾い出して差を出すために必要なサンプル数は551.33となり、552個もサンプルを抽出しないと差が出ないことになります。この計算上の必要サンプル数がこのくらい調査しないといけないものならば、必要サンプル数以上のサンプルを集めて調べなければなりませんし、これだけの数を集める必要がない、もしくは集めることが困難な場合は差があるとはいえないという判断をすることになるかと思います。

 一方、支持率調査や視聴率調査などの場合、比べるべき基準の対象がありません。その場合は、サンプル数が少ないレベルで予備調査を行い、さらにもう少しサンプル数を増やして予備調査を行いを何回か繰り返し、それぞれの調査でサンプルの分布形やその他検討するべき指数を計算し、これ以上集計をとってもデータのばらつきや変化が許容範囲(小数点何桁レベルの誤差)に納まるようなサンプル数を算出していると考えます。テレビ視聴率調査は関東では300件のサンプル数程度と聞いていますが、調査会社ではサンプルのとり方がなるべく関東在住の家庭構成と年齢層、性別などの割合が同じになるように、また、サンプルをとる地域の人口分布が同じ割合になるようにサンプル抽出条件を整えた上で、ランダムに抽出しているため、数千万人いる関東の本当の視聴率を割合反映して出しているそうです。これはすでに必要サンプル数の割り出し方がノウハウとして知られていますが、未知の調査項目では必要サンプル数を導き出すためには試行錯誤で適切と判断できる数をひたすら調査するしかないかと思います。

> どのような評価基準をもって客観的に信頼できると判断・・・
 例えば、工場で作られるネジの直径などは、まったくばらつきなくぴったり想定した直径のネジを作ることはきわめて困難です。多少の大きさのばらつきが生じてしまいます。1mm違っても規格外品となります。工場では企画外品をなるべく出さないように、統計を取って、ネジの直径のばらつき具合を調べ、製造工程をチェックして、不良品の出る確率を下げようとします。しかし、製品をすべて調べるわけにはいきません。そこで、調べるのに最低限必要なサンプル数を調査と計算を重ねてチェックしていきます。
 一方、農場で生産されたネギの直径は、1mmくらいの差ならほぼ同じロットとして扱われます。また、農産物は年や品種の違いにより生育に差が出やすく、そもそも規格はネジに比べて相当ばらつき具合の許容範囲が広くなっています。ネジに対してネギのような検査を行っていたのでは信頼性が損なわれます。
 そもそも、統計学的検定は客観的判断基準の一指針ではあっても絶対的な評価になりません。あくまでも最終的に判断するのは人間であって、それも、サンプルの質や検証する精度によって、必要サンプルは変わるのです。

 あと、お礼の欄にあった専門家:統計学者とありましたが、統計学者が指摘できるのはあくまでもそのサンプルに対して適切な検定を使って正しい計算を行ったかだけで、たとえ適切な検定手法で導き出された結果であっても、それが妥当か否か判断することは難しいと思います。そのサンプルが、何を示し、何を解き明かし、何に利用されるかで信頼度は変化するからです。
 ただ、経験則上指標的なものはあります。正規分布を示すサンプルなら、20~30のサンプル数があれば検定上差し支えない(それ以下でも問題ない場合もある)とか、正規分布でないサンプルは最低6~8のサンプル数が必要とか、厳密さを要求される調査であれば50くらいのサンプル数が必要であろうとかです。でも、あくまでも指標です。

> この統計を調べたいときはこれぐらいのサンプル数があれば信頼できる・・・
 調べたいどの集団でも、ある一定数以上なら信頼できるというような決まりはありません。
 何かサンプルを集め、それをなんかの傾向があるかどうかという仮説を検証するために統計学的検定を行って、仮設が否定されるかされないかを調べる中で、どの検定方法を使うかで、最低限必要なサンプル数というのはあります。また、集めたサンプルを何か基準とすべき別のサンプルと比べる検定して、基準のサンプルと統計上差を出すに必要な...続きを読む

Q脱イオン水、MilliQ、蒸留水 の違いを教えて下さい

こんにちは。お世話になります。

バイオ、生化学系の実験に従事しているものですが「水」について教えて下さい。

水道水、脱イオン水、MilliQ、蒸留水(二段蒸留水)、超純水の違いを教えて下さい。
お互いの関係などありましたら(○○を~すると△△になる等)教えていただけると
わかりやすいかもしれません。

また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

超純水は十数MΩ・cmの水のことです。MilliQはミリポア社の超純水装置を用いて作った水で比抵抗は15MΩ・cm以上と高純度の水です。MilliQに関してはイオン交換樹脂を通し、逆浸透法、限外濾過法を用いて精製しているようです。

>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は...続きを読む

Q抗体の免疫動物と交差性について

免疫染色を行うため抗体を選んでいます。
マウスの細胞を染色する予定です。

そこで
交差性とは何ですか?
そのほか、種由来と免疫動物は以下の考え方でよろしいでしょうか?

種由来について
染めたい物の細胞がマウスである場合はマウス

免疫動物について
抗体が作られた動物の種類

インターネットで調べてますが、いまいち分かりづらくて悩んでいます。
抗体にお詳しい方、ぜひ教えてください。
宜しくお願いいたします。

Aベストアンサー

まず、最初に
質問者様はまだ実験を始めたばかりの方とお見受けします。
まずは、身近な方(先生は先輩)に直接質問するようにしてください。
教授に聞くのが怖いとか、忙しそうとかあるかもしれませんが、
聞くことです。理解できていないまま実験していることがバレた方がよっぽど怒られます。

さて、本題ですが、まずは落ち着いて英語の意味を辞書で引いてみてください。

>ReactiveSpecies(種由来)はマウス

「Reactive」の意味は「反応する(形容詞)」とかではないでしょうか?
そうすると
ReactiveSpeciesとは「反応する種」となり、何が反応するのかと言えば
「抗体」であり、つまり、その抗体が反応する種となります。

ここから先は「抗体とは何ぞや」ということを勉強されることをお勧めします。簡単に言うと、

先の回答にも書きましたが、「抗体」は「抗原」を認識して結合します。
「抗体」の作製には「抗原」を動物の接種して「抗体」を作らせるのです。
この時、接種を受けた動物が「免疫動物」であり、「HostSpecies」です。

さて、抗体を作らせるときの「抗原」ですが、ある人が
「マウスの細胞に発現するタンパク質A」を抗原としたとします。
そして、そのマウスタンパク質Aをウサギに注射したとします。
その後、マウスタンパク質Aに対する抗体が出来たとします。
その抗体をチェックしてみると、きちんとマウスタンパク質Aに結合するようでした。

この時、ウサギで作ったマウスタンパク質Aに対する抗体を
日本語で「抗マウスタンパク質Aウサギ抗体」と言います。
英語では「anti-mouse proteinA rabbit antibody」とか言います。
「anti」って英語、調べてみてください。「抗~」とか「対~」とかあると思います。そして、「抗体」は「antibody」です。

さらに、このマウスタンパク質Aと構造が似たタンパク質Bがマウスには発現するとします。
そして、この「抗マウスタンパク質Aウサギ抗体」がタンパク質Bをも認識することがあり得ます。これを「交差」と言います。

さらに、マウスのタンパク質Aのヒト版といいますか、同じ遺伝子がヒトにもあるとします。そして「抗マウスタンパク質Aウサギ抗体」は
ヒトのタンパク質Aも認識することがあり得ます。これも「交差」です。

このタンパク質Aに対する抗体が売ってあるとして、情報を記すとしたら
以下のようになります。

1)HostSpecie ウサギ
2)ReactiveSpecies マウス ヒト
3)SearchTerms タンパク質A
4) applications ウエスタン 免疫染色など

HostSpecieの欄に複数の生物が書いてあったら、いろんな動物で抗体を作ったということです。

>「マウスの細胞を培養して抗体はチロシンハイドロキシラーゼを使う」

抗体と、その抗体が認識するタンパク質、それをごっちゃにした文章で気味が悪いです。そのことを理解してください。

>「マウスの細胞で発現しているチロシンハイドロキシラーゼを染色」
意味は同じですが、正確に言うと
「マウスの細胞に発現するチロシンハイドロキシラーゼを染めるために抗チロシンハイドロキシラーゼ抗体を使う」
です。

antiについてはいいでしょうか。
PubMedでの調べ方は、キーワードの選び方にそれぞれコツがありますので、それは身近な人に聞いてください。

抗体の選び方に付いては、最初からメーカーのカタログを調べると、
その抗体が使われている論文が記載してあるので、その抗体が本当に使えるかとかわかります。
ちなみにメーカーからという意味では下のようなサイトもあります。
http://www.biocompare.com/

まず、最初に
質問者様はまだ実験を始めたばかりの方とお見受けします。
まずは、身近な方(先生は先輩)に直接質問するようにしてください。
教授に聞くのが怖いとか、忙しそうとかあるかもしれませんが、
聞くことです。理解できていないまま実験していることがバレた方がよっぽど怒られます。

さて、本題ですが、まずは落ち着いて英語の意味を辞書で引いてみてください。

>ReactiveSpecies(種由来)はマウス

「Reactive」の意味は「反応する(形容詞)」とかではないでしょうか?
そうすると
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QDMEM培地について。

DMEM培地に含まれる

・グルコース
・L-グルタミン
・フェノールレッド
・HEPES

それぞれの効果というか意味を教えてください。

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

L-グルタミンについては、
http://www.summitpharma.co.jp/japanese/service/s_ATCC_faq_cell_biology.html#q8
「培地にL-glutaminの添加は必要ですか?どの程度のL-glutaminを添加したらよいですか?なぜ information sheetにL-glutaminの記載がないのですか?」
を見て頂けると良いと思います。
最終的にはどの培地にも添加されます。

参考URL:http://www.summitpharma.co.jp/japanese/service/s_ATCC_faq_cell_biology.html#q8


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