タンパク質の残基構造(residual structure)というのはタンパク質の二次構造と同義でしょうか?もし違うのならば、タンパク質の残基構造とは何でしょうか?

A 回答 (1件)

タンパクの文脈で「残基構造」といったらタンパク質を構成するアミノ酸残基の構造のことではないですか?文脈が変われば当然糖残基やヌクレオチド残基の構造を指すでしょう。



でももし「タンパク質の残基構造」と言われたら、とりあえず「何それ?」と思いますが、1次構造のことをそう言わなくもないかもしれません。ググったところ、そういう使用法もありました。使用頻度は非常に低いですが。
    • good
    • 0
この回答へのお礼

回答ありがとうございます。

なるほど、残基そのものの構造を指して言っているのですね。1次構造のことを指して「タンパク質の残基構造」ということもあるのですか。参考になりました。

お礼日時:2009/05/14 08:00

お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!

このQ&Aを見た人が検索しているワード

このQ&Aと関連する良く見られている質問

Qアミノ酸の「残基」という言葉について

一浪生(生物偏差値60~70、変動あり)です。

「分子量50000のたんぱく質を作り上げているアミノ酸(残基)1個の平均分子量を100とすれば、このたんぱく質1分子を生成するのに必要な情報を持つRNAの塩基数は1500となる。」

…ということですが、文中の「アミノ酸(残基)」というのは、ペプチド結合で脱水された後のCO-R-NHを表していて、HOOC-R-NH2ではない様に思われます。

「残基」という言葉は、このように理解してもいいのでしょうか? 
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

その通りです。

残基とは、ペプチド中の「個々の元のアミノ酸に対応する部分」です。残基の“分子量”(分子ではありませんが)は、元のアミノ酸から水(HとOHの分)を引いたものになります。

Qタンパク質は大きく分けて膜タンパク質と水溶性タンパク質がありますよね。

タンパク質は大きく分けて膜タンパク質と水溶性タンパク質がありますよね。

膜タンパク質の性質や特徴は図書館で調べたら出てきたんですが
可溶性タンパク質の方は調べても出てきませんでした。
なので、水溶性タンパク質の性質や特徴を教えて頂きたいです。

よろしくお願いします。

Aベストアンサー

>タンパク質は大きく分けて膜タンパク質と水溶性タンパク質がありますよね。

大きく分けてと言いますが、別にそういう分け方は一般的ではないと思います。

まず、「水溶性タンパク質」という言い方は、タンパク質の化学的性質に着目した分類で
「膜タンパク質」はタンパク質が存在するところに着目した分類で、
共通の側面から行なった分類の方法では無いということをきちんと理解するべきです。

ただ、細胞膜は「油」で出来ているので、そこに局在しているタンパク質は「水に溶けない」性質のものが
多くあるので、膜タンパク質と言えば、何となく脂溶性(水溶性でない)タンパク質かな?と
玄人は連想できますが。

で、「膜タンパク質」は、そのタンパク質が機能する場所である膜に存在するタンパク質の総称なので、
調べると「膜でどのような機能を持っているタンパク質たちである」と本に書いてあると思いますが、
一方の「水溶性タンパク質」は化学的な性質を言ったものたので、どのようなタンパク質がと言われても
「水に溶ける」くらいしか共通点は挙げれません。
(っていうか水溶性と言っている時点でそれはわかることなので、いちいち解説する必要ないでしょ?)

つまり、何が言いたいかというと、
そういう分類は一般的じゃなく、もし、「膜タンパク質と水溶性タンパク質」に分ける人がいるとして、
その「水溶性タンパク質」と言っている人が、ある程度何かを想定して言っているはずだということです。

なので、その人に「何のことを指しているのか?」って聞くしかわからないのと、あとは
No1様のおっしゃるように自分で決めて調べるしか無いと思います。

>タンパク質は大きく分けて膜タンパク質と水溶性タンパク質がありますよね。

大きく分けてと言いますが、別にそういう分け方は一般的ではないと思います。

まず、「水溶性タンパク質」という言い方は、タンパク質の化学的性質に着目した分類で
「膜タンパク質」はタンパク質が存在するところに着目した分類で、
共通の側面から行なった分類の方法では無いということをきちんと理解するべきです。

ただ、細胞膜は「油」で出来ているので、そこに局在しているタンパク質は「水に溶けない」性質のものが
多くある...続きを読む

Q残基について

残基について質問です。以下のような問題が
ある大学入試の問題集に載っていたのですが、
残基についてよくわからないことがありましたので質問いたしました。


「ある細菌のDNA分子量は2,6×10^9、1対のヌクレオチドの平均分子量は6,6×10^2
時のDNAのヌクレオチド数は何個か?」

という問題がありました。
私は「1対のヌクレオチドの平均分子量は6,6×10^2」とあって、「残基」とかかれていないので
-18をするのかと思い。2,6×10^9ー18÷6,6×10^2×2かとおもったら、
解答では2,6×10^9÷6,6×10^2×2と-18をしていませんでした。
これはなぜでしょう?

また、「たんぱく質の平均分子量は4,8×10^4たんぱく質を構成するアミノ酸の平均分子量は
138であるときのアミノ酸の数は何個か?」
という問題があったときも、アミノ酸の平均分子量に残基と書いていないので-18をして計算するのかとおもったらそのまま
4,8×10^4÷138としていました。
残基とかかれていなくても-18しなくてもいい理由を教えてください。

残基について質問です。以下のような問題が
ある大学入試の問題集に載っていたのですが、
残基についてよくわからないことがありましたので質問いたしました。


「ある細菌のDNA分子量は2,6×10^9、1対のヌクレオチドの平均分子量は6,6×10^2
時のDNAのヌクレオチド数は何個か?」

という問題がありました。
私は「1対のヌクレオチドの平均分子量は6,6×10^2」とあって、「残基」とかかれていないので
-18をするのかと思い。2,6×10^9ー18÷6,6×10^2×2かとおもったら...続きを読む

Aベストアンサー

受験生ではなく、趣味ですよね。

大学入試試験の過去問なのでしょうか。
その回答が実際の採点における正解ならば、入試問題としては?ですね。


タンパク質の分子量=

n×(「アミノ酸の平均分子量」)-18(n-1)= n×(「アミノ酸の平均分子量」-18)+ 18


の方程式でしょう。

タンパク質の分子量(48000)から、18を一つ引いて、…(1)
その残り(47982)を
120(=138-18)…(2)
で割って、
アミノ酸の数を求めるべき受験問題じゃないですかね。

(1)は有効数字に消される誤差ですから無視できますが、
(2)が138だったら答えがぜんぜん違うでしょう。


ちなみに計算ずくめの化学でこのレベルですから、生物学の計算なんて、解答の是非が、誰からも指摘されずに放置されてしまうのでしょうね。
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/6695742.html

Q遺伝子側とタンパク質側、双方からのタンパク質の構造決定について、抗原抗体反応を利用した分析方法について

テストで次の内容が出たのですが、答えられませんでした。気になって夜も眠れません。回答お願いします。

問)現在では、誰でもWeb上から各種データベースにアクセスしてタンパク質をコードする遺伝子の塩基配列を基にしたタンパク質の一次構造を比較的容易に推定できる。しかしながら、タンパク質そのものを生体から単離して構造決定することは非常に重要である。なぜ、遺伝子側だけでなく、タンパク質側からも構造決定する必要があるのか?理由を述べなさい。

問)抗原抗体反応を利用した様々な分析は、生命科学研究で欠くことができないほど重要である。抗体を利用した分析方法を挙げ、原理を簡単に説明しなさい。

Aベストアンサー

問1についてだけ(問2はNo.2の回答でOKです)。

1) 塩基配列情報では、ゲノムDNAならゲノムにそのような配列があること、あるいはcDNAならそういうRNAが細胞内にあることはわかりますが、それがほんとにタンパクに翻訳されているかどうかは実は不明です。配列の都合で偽遺伝子化している場合もありますし、mRNAは多くの細胞で発現しているが、それがペプチドにまで翻訳されるのは特定の細胞だけ、などという例もあります。塩基配列情報はあくまでも予測にすぎません。

2) ペプチドが翻訳されていたとしても、それがそのまま細胞内で機能しているとは限りません。いわゆるタンパクの翻訳後修飾を受けている可能性があります。たとえば、mRNAからペプチドがつくられた状態ではそれは前駆体ペプチドであり、その一部がちょん切れてはじめて生理的な活性のあるペプチドになる例、糖やそのほかの物質が結合してはじめて活性が出る場合もあります。こういった翻訳後の変化も塩基配列からある程度までは予測できますが、実際に調べないとはっきりしたことはいえません。No.1の回答のグレリン(ghrelin)の苦労話もこの典型的な例です。

問1についてだけ(問2はNo.2の回答でOKです)。

1) 塩基配列情報では、ゲノムDNAならゲノムにそのような配列があること、あるいはcDNAならそういうRNAが細胞内にあることはわかりますが、それがほんとにタンパクに翻訳されているかどうかは実は不明です。配列の都合で偽遺伝子化している場合もありますし、mRNAは多くの細胞で発現しているが、それがペプチドにまで翻訳されるのは特定の細胞だけ、などという例もあります。塩基配列情報はあくまでも予測にすぎません。

2) ペプチドが翻訳されていたとしても...続きを読む

Qアミノ酸残基のたんぱく質における存在箇所

今生化学を勉強しているのですが、アミノ酸残基の存在する場所が、なぜたんぱく質の内部や表面に分けられるのかが分かりません。極性のアミノ酸は表面、非極性のアミノ酸は内部というのは教科書で理解できたのですが、なぜそうなるかの理由が調べても良く分かりません。何か法則などがあるのでしょうか?

Aベストアンサー

タンパク質の外部は水系で、内部は疎水的(大体は)だから 極端に言えば、ミセルと同じです

ついでに言うと、タンパク質形成に関わる相互作用として疎水性相互作用があります

Qタンパク質の二次構造について。

またまたすいません。質問です。側鎖が小さくて非乖離性のアミノ酸を多く含む部分が二次構造をとりやすいらしいのですがなにか理由はあるのですか?あと、αらせんとβ構造の違いってなんですか?ただ形が違うだけで働きは一緒なのでしょうか?どなたかご教授お願いします。

Aベストアンサー

参考URLのProtein Structure and Functionの項を読んでみるとわかるかもしれません。

参考URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mcb.TOC&depth=10

Qたんぱく質中のアミノ酸残基について

ある問題で、「ヒストンのリジン残基のアセテル化は、ヒストンのDNAに対する親和性を高める…(1)」という文章が正しいか間違っているかという問題で(答え)は、
間違っているという結論で、
(誤りの箇所)高める
  →(正しく直すと)弱める  とあります。
そこで、質問をさせていただきたいと思います。
<質問1>アセテル化とはなんですか?(調べてもでてきません。)
<質問2>(1)の根拠を自分なりに考えたのでどこがおかしいのか教えてください。
(自分なりの考え)DNAは負電荷を帯びている。…(2)
        リジンは塩基性アミノ酸なので中性付近(pH=7付近)では、プラスの電荷を帯びている。…(3)
今回は、ヒストンのDNAに対する親和性を考えるので、この時が中性付近であることよりヒストン中に含まれるリジンが中性付近ではプラスの電荷を帯びてるので、DNA(負電荷を帯びてる)と結びついて、結果的に親和性は高まるのではないでしょうか?

Aベストアンサー

 生物系の教科書ではたまにアセチル化をアセテル化と記述しているものがありますね。anthraceneさんのかかれた通り酢酸アミドの形成を示しています。

 ヒストンはおもにDNAのバックボーンのリン酸を認識して結びついています。このとき大きな役割を果たすのがリシンで、このアミンが正電荷を帯びているため負電荷を帯びているDNAのリン酸バックボーンと静電的に強く結合します。それゆえヒストンで折り畳まれるとポリメラーゼなどのたんぱく質との相互作用が出来なくなります。しかしアミンがアセチル化すると電気的に中性になってしまうのでDNAと強く結びつくことが出来なくなってしまいます。

 したがってSkyworldmanさんの考えであっていますよ。

Qタンパク質の一次構造と高次構造の説明

タンパク質の一次構造はアミノ酸配列のことだと分かるのですが、高次構造が二~四次構造もあってうまくまとめることができません。
うまく一次構造と高次構造についてまとめたいのでアドバイスやいい資料がありましたら教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

簡単に

二次構造
隣接するアミノ酸の配列の結果生じるパーツ(αヘリックス、βシート等)
タンパクを分解しても構造は維持され得る。

三次構造
そのパーツ同士がくっついた結果生じるタンパク全体の構造
タンパクを分解したら、もちろん構造は維持できません。

四次構造
異なるタンパク同士がくっついた結果生じる複合タンパク構造

といった感じです。

Q酸性度指数Pkとリガンド結合との関係についてです。

生化学系の論文を読んでいて、分からないところがあるのでご教授願います。
添付画像ありです。

この実験ではタンパク質の6つのチロシン残基について添付画像のように解析しており、リガンドが結合している場合と、していない場合でPkの値を求めています。

6つのうち2つが、リガンドが結合している場合と、していない場合でPkの値を比べてPkに変化があった(リガンドありの方が値が増えた)ことにより、この2つの残基がリガンド結合に影響していることがわかった、とあるのですが、どうしてPkが変化するとリガンド結合に影響があるとわかるのでしょうか?
wiki等も参照しましたが、よくわかりませんでした。
お手数ですが、どなたか解説をお願いいたします。

Aベストアンサー

図が良く読めないのと、言葉の定義がはっきりしません。
普通、酸性度を問題にするのなら、pKaという表記をすると思います。
pKとだけ書かれているのなら、リガンドーホストの結合定数(あるいは他の何らかの平衡定数K)の対数、という意味に取るのが普通です。
質問者さんは、他人の研究のごく一部のデータを提示しただけで、一を見て十を知るといった回答を期待しているのかもしれませんが、こういう場での質問法としては良いやり方ではないと思います。
せめて、どういう実験を行っているのか、できれば文献そのものの情報を提示する、といったことをお願いします。
大学なり、何らかの研究機関に在籍されている方なら、該当の論文にアクセス可能かもしれません。あるいは、既に読んだ人もいるでしょう。
いちおう、想像で回答します。合っている保証は全く持てません。
チロシン残基にリガンドが結合した場合、タンパクの構造(ひいては電子状態)に影響が出るでしょう。
結果として、pK(上記のとおり、これがなんの平衡定数なのか不明だが)に当然影響があるでしょう。
こんなことだけなら、誰でもわかることですので、助けにならないでしょうが。

図が良く読めないのと、言葉の定義がはっきりしません。
普通、酸性度を問題にするのなら、pKaという表記をすると思います。
pKとだけ書かれているのなら、リガンドーホストの結合定数(あるいは他の何らかの平衡定数K)の対数、という意味に取るのが普通です。
質問者さんは、他人の研究のごく一部のデータを提示しただけで、一を見て十を知るといった回答を期待しているのかもしれませんが、こういう場での質問法としては良いやり方ではないと思います。
せめて、どういう実験を行っているのか、できれば文献そ...続きを読む

Qタンパク質の構造で、モチーフとモジュールはどのように違うのでしょうか?

タンパク質の構造で、モチーフとモジュールはどのように違うのでしょうか?そもそも定義はなんなのでしょうか?
誰かご存知の方、教えてください!!

Aベストアンサー

モチーフとは「いくつかの二次構造の集まり」
モジュールは「タンパク質の構成部分、一部」
ですかね.

モチーフは「超二次構造」と呼ばれることもありますが、タンパク質の三次構造から特徴的に見いだされる二次構造の集まりを指します.モチーフが共通している、ということは、高次構造において構造的な類似性が見られる、ということです.

モジュールという場合、もうすこし一般的に「タンパクの一部分」という意味で使われることが多いですね.タンパク質を、アミノ酸ではなくもう少し大きい構造単位(複数のアミノ酸の塊)をもとに解析する場合のその塊のことを指したりします.


人気Q&Aランキング

おすすめ情報