2つのタンパク質複合体の割り合いを明らかにしたいのですが、どのような方法が適しているのかわからなくて困っています。
状況は以下の通りです。

1、色々な種類の植物のAとB複合体の比を知りたいので、できれば簡便な方法が望ましいのです。
2、植物種がそれぞれ違うので形質転換は適していません。
3、それぞれの複合体を認識する抗体は手に入りそうです。
(抗体を用いて、2種の複合体比を明らかにする方法はあるのでしょうか?)
4、メッセンジャーの量ではなくてタンパク質量を知りたいです。

何かアドバイスいただけるとうれしいです。
よろしくお願いします。

A 回答 (2件)

>それぞれ抗体価が異なる抗体を用いて、2つのタンパク質の存在比を確認するのはどのような方法なのですか?


複合体を形成するそれぞれのタンパクを、抗原-抗体反応で定量する。その比を求める、というのが大学の生化学などの定期試験なら正解です。
 生成していない場合、いろいろな化合物があり、反応を妨害します。そこで、複合体のタンパク質だけを正確に測定する必要があります。そのタンパク質だけを測定するには、特異的な反応が大前提です。現在の科学では、特異的な反応として第一に挙げられるのが、抗原-抗体反応で、それを利用した測定法は、ちょっとした専門書には載っています。
 その他の特異的な反応としては、酵素反応が挙げられます。

 抗原-抗体反応の場合でも、妨害の反応(抗原の交叉反応)などには注意が必要です。この可能性を減らすために、普通は前処理(タンパクの場合は精製に相当する)をするのが一般的です。
 次に、抗原-抗体反応の検量線の横軸は、対数目盛りなので、誤差が大きそうです。

 私なら、精製してから求めますが。
 精製すれば、いくつかの方法ができそうです。例えば、SDS-PAGEだと、解離すると想うので、それぞれのバンドの濃さをデンシトメータで定量して、などは誰でも思いつきます。
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この回答へのお礼

回答ありがとうございます。

精製タンパク質量で検量線を引いて、細胞内のそれぞれのタンパク質量を測定するという方法ですね。
それぞれのタンパク質量を明らかにしなくても、2種のタンパク質量比がわかれば良かったのですが、(私も色々調べてみましたが)いい方法はなさそうですね。
現在50種の異なる植物が存在します。おそらく植物種によってタンパク質複合体の数が異なると思うので、それぞれの植物に対して検量線を引かなくてはいけません。
現実的ではなさそうです。

親切にお答えいただき有難うございました。感謝致します。

お礼日時:2009/06/01 16:14

指導者はいないのですか。



 というわけで、以下、独り言。
1) 測定は、濃度に左右されます。濃度は、どのオーダーですか。
2) たんぱくは精製後の状態ですか。
3) 解離させることは、できますか。
4) サブユニットは、ありますか。

>複合体を認識する抗体は手に入りそうです
抗体があるのなら、原理的には簡単。ただ、測定誤差は大きいのではないかと。

この回答への補足

回答ありがとうございます。

1)細胞内における存在量は高い方だと思います。SDS-PAGEのCBB染色で容易に観察できるレベルです。
2)特に精製は行わないつもりです。簡単に可溶性、不溶性程度には分離することは可能です。
3)どちらも膜タンパク質です。ネイティブで単離することは可能だと思いますが、植物個体ごとに、そのタンパク複合体比が知りたいので、できるだけサンプルのロスや時間のかからない方法が望ましいです。
4)結構大きめのコンプレックスです。

>抗体があるのなら、原理的には簡単。
それぞれ抗体価が異なる抗体を用いて、2つのタンパク質の存在比を確認するのはどのような方法なのですか?
是非、教えてください!
よろしくお願いします。

補足日時:2009/05/28 15:15
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>タンパク質は大きく分けて膜タンパク質と水溶性タンパク質がありますよね。

大きく分けてと言いますが、別にそういう分け方は一般的ではないと思います。

まず、「水溶性タンパク質」という言い方は、タンパク質の化学的性質に着目した分類で
「膜タンパク質」はタンパク質が存在するところに着目した分類で、
共通の側面から行なった分類の方法では無いということをきちんと理解するべきです。

ただ、細胞膜は「油」で出来ているので、そこに局在しているタンパク質は「水に溶けない」性質のものが
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玄人は連想できますが。

で、「膜タンパク質」は、そのタンパク質が機能する場所である膜に存在するタンパク質の総称なので、
調べると「膜でどのような機能を持っているタンパク質たちである」と本に書いてあると思いますが、
一方の「水溶性タンパク質」は化学的な性質を言ったものたので、どのようなタンパク質がと言われても
「水に溶ける」くらいしか共通点は挙げれません。
(っていうか水溶性と言っている時点でそれはわかることなので、いちいち解説する必要ないでしょ?)

つまり、何が言いたいかというと、
そういう分類は一般的じゃなく、もし、「膜タンパク質と水溶性タンパク質」に分ける人がいるとして、
その「水溶性タンパク質」と言っている人が、ある程度何かを想定して言っているはずだということです。

なので、その人に「何のことを指しているのか?」って聞くしかわからないのと、あとは
No1様のおっしゃるように自分で決めて調べるしか無いと思います。

>タンパク質は大きく分けて膜タンパク質と水溶性タンパク質がありますよね。

大きく分けてと言いますが、別にそういう分け方は一般的ではないと思います。

まず、「水溶性タンパク質」という言い方は、タンパク質の化学的性質に着目した分類で
「膜タンパク質」はタンパク質が存在するところに着目した分類で、
共通の側面から行なった分類の方法では無いということをきちんと理解するべきです。

ただ、細胞膜は「油」で出来ているので、そこに局在しているタンパク質は「水に溶けない」性質のものが
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Qデシベルについて2

 私は,一つの録音機器で,録音機器のレベル等の設定を同じにして,一つのマイクから2つの条件(exラッパと太鼓)で音を録音しようと思っています。
 ラッパの音を5回録音して,太鼓の音も同様に5回録音して,その録音した音をそれぞれ音声編集分析ソフトPraat(ver4.2.17)でデシベルを測定し,計10個のデシベルをだします。
 ラッパの音5回の平均デシベルと,太鼓の音5回の平均デシベルに差があるかt検定したいと思っています。
 ですが,デシベルは,対数なので,できないのか不安な状態です。音圧デシベルで,基準が同じであるならデシベルのまま比較できると聞いたのですが,私のしたいことはできるでしょうか。お願いします。

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>音圧デシベルで,基準が同じであるならデシベルのまま比較できると聞いたのですが,私のしたいことはできるでしょうか。お願いします。

デシベル上でその数値を用いて行う平均は基本的に物理的な意味がないと思います。

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Q遺伝子側とタンパク質側、双方からのタンパク質の構造決定について、抗原抗体反応を利用した分析方法について

テストで次の内容が出たのですが、答えられませんでした。気になって夜も眠れません。回答お願いします。

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問1についてだけ(問2はNo.2の回答でOKです)。

1) 塩基配列情報では、ゲノムDNAならゲノムにそのような配列があること、あるいはcDNAならそういうRNAが細胞内にあることはわかりますが、それがほんとにタンパクに翻訳されているかどうかは実は不明です。配列の都合で偽遺伝子化している場合もありますし、mRNAは多くの細胞で発現しているが、それがペプチドにまで翻訳されるのは特定の細胞だけ、などという例もあります。塩基配列情報はあくまでも予測にすぎません。

2) ペプチドが翻訳されていたとしても、それがそのまま細胞内で機能しているとは限りません。いわゆるタンパクの翻訳後修飾を受けている可能性があります。たとえば、mRNAからペプチドがつくられた状態ではそれは前駆体ペプチドであり、その一部がちょん切れてはじめて生理的な活性のあるペプチドになる例、糖やそのほかの物質が結合してはじめて活性が出る場合もあります。こういった翻訳後の変化も塩基配列からある程度までは予測できますが、実際に調べないとはっきりしたことはいえません。No.1の回答のグレリン(ghrelin)の苦労話もこの典型的な例です。

問1についてだけ(問2はNo.2の回答でOKです)。

1) 塩基配列情報では、ゲノムDNAならゲノムにそのような配列があること、あるいはcDNAならそういうRNAが細胞内にあることはわかりますが、それがほんとにタンパクに翻訳されているかどうかは実は不明です。配列の都合で偽遺伝子化している場合もありますし、mRNAは多くの細胞で発現しているが、それがペプチドにまで翻訳されるのは特定の細胞だけ、などという例もあります。塩基配列情報はあくまでも予測にすぎません。

2) ペプチドが翻訳されていたとしても...続きを読む

Qデシベルとパスカル

50デシベルの時と70デシベルの時のパスカルって何になるのでしょうか?
20デシベルの時と60デシベルの時と80デシベルの時は調べましたが、上記の時のデシベルは分かりませんでした。
どなたか教えて下さい。

Aベストアンサー

まず最初にお断りしておきますが
デシベルには2つの使い方があります。
1.相対的レベル・・出力/入力・・増幅率や減衰率
2.絶対レベル・・比較値/基準レベル

本来は1が正しいですが実用上2も良く使われます。
ただし基準が何かはっきりしないといけません。

ご質問はパスカルですから2のケースでしょう。
20マイクロパスカルを0dBとしているようです。↓

参考URL:http://www.onosokki.co.jp/HP-WK/nakaniwa/keisoku/pascal.htm

Qタンパク質複合体

タンパク質における複合体についての質問なのですが、「タンパク質の集合体」や「タンパク質ハイブリッド」というのは複合体と同じ意味で使われているのでしょうか。
「タンパク質の複合体」についての調べものをしようと図書館に行ったのですが、本の表題や索引に「タンパク質複合体」という言葉が見つからなかったもので。

またタンパク質の会合や複合体について説明されているサイトがあったら教えてください。

Aベストアンサー

蛋白質複合体とは複数の蛋白質が組み合わさって一連の酵素反応を触媒することを示します。
例えば下記URLのページにいくつも載っている各種複合体のように、
一連の処理を連続的に行うために複数の酵素が組み合わさって複合体を形成している事が多いです。

ハイブリッド蛋白質とは複数の蛋白質の配列が人為的に組み合わせられたものを指します。
キメラタンパクとも呼ばれ、蛋白質の機能解析などに使われます。

参考URL:http://hobab.fc2web.com/sub2-respiratory-chain.htm

Qデシベルの比較について

 私は,一つの録音機器で,録音機器のレベル等の設定を同じにして,一つのマイクから2つの条件(exラッパと太鼓)で音を録音しようと思っています。
 ラッパの音を5回録音して,太鼓の音も同様に5回録音して,その録音した音をそれぞれ音声編集分析ソフトPraat(ver4.2.17)でデシベルを測定し,計10個のデシベルをだします。
 ラッパの音5回の平均デシベルと,太鼓の音5回の平均デシベルに差があるかt検定したいと思っています。
 ですが,デシベルは,対数なので,できないのか不安な状態です。音圧デシベルで,基準が同じであるならデシベルのまま比較できると聞いたのですが,私のしたいことはできるでしょうか。私は,一つの録音機器で同じ設定だからできるのでしょうか。
 誰か回答をお願いします。

Aベストアンサー

余計なお世話かと思いましたが...

> 基準が同じであるならデシベルのまま比較できると聞いたのですが

を回答した者です。

やっとkaittiさんの「ご心配」の元が分かったような気がしますので、補足します。

実はまだ今回のご質問でも明確でない情報があります。それは、

  「検定の目的」

です。つまり、何の「バラツキ・差」を検定したいのか、です。具体的に言うと、

 (1)マイクなどの音響機器(つまり人間の感覚が介在しない世界)の音種の違いによる応答の差
 (2)「楽器の音」を「人間が演奏する」ことによる(特に異なる楽器で同じ大きさの音を出しているつもりの場合における)差

のどちらかということです。

(1)の目的なら、kaittiさんが「ご心配」されるように、音響機器の特性が「音圧」にリニアであれば、dBが「対数」であることは問題があります。

しかし、(2)の場合は状況が違ってくると思います。人間の感覚は下記URLにあるように実物理量の対数にリニアになることが知られています。「楽器でこれだけの大きさの音を出したい」と思って演奏する場合、リアルタイムの「耳→脳→手→耳→・・・」のフィードバックか過去の経験に基づくフィードバックかは別にして、どちらにせよ、「自分の耳で判断した音の大きさ」を元に楽器を操作するのだと思います(全く初めて触る楽器や全くの素人は別にして)が、いかがでしょう?

その場合、「発生する音のバラツキ・差」の主たる部分が「センサ系(耳→脳)」の部分にあれば、「検定」の単位系は「感覚系における音の大きさ」にリニアである「dB」が好適です。一方、主が「機構系(脳→手の系)」の部分にあれば対数を取らない、元の物理量にリニア単位系の方がいいかも知れません。

お勧めから言うと、「dB」と「リニア量」と両方で統計計算をやってみて、その違いを考察するとよろしいのではないでしょうか? 私の発想では、例えば、演奏者が耳栓をする/しない、でリアルタイム・フィードバックのON/OFFをして比較するとかすれば、大変面白い結果が得られるのではないかと思います。

参考URL:http://www.arch.kumamoto-u.ac.jp/yano_lab/labo/noise/onatu.html

余計なお世話かと思いましたが...

> 基準が同じであるならデシベルのまま比較できると聞いたのですが

を回答した者です。

やっとkaittiさんの「ご心配」の元が分かったような気がしますので、補足します。

実はまだ今回のご質問でも明確でない情報があります。それは、

  「検定の目的」

です。つまり、何の「バラツキ・差」を検定したいのか、です。具体的に言うと、

 (1)マイクなどの音響機器(つまり人間の感覚が介在しない世界)の音種の違いによる応答の差
 (2)「楽器の...続きを読む

Qタンパク質とリガンドの複合体形成、解離

大学の講義で次の内容の課題をだされましたが、全くわかりません。この問題を解くヒントや、考え方のどこが間違っているのかを教えていただけると助かります。

問題
タンパク質と32Pで放射標識したDNAとを10分間混合後、電気泳動し、タンパク質(E)、DNA(S)の解離定数Ksを求めた。
K1=10^7M^-1s^-1   Ks=1pM(k-1=10^-5s^-1)
=1nM(k-1=10^-2s^-1)
=1μM(k-1=10^1s^-1)
=1mM(k-1=10^4s^-1)
それぞれの場合、タンパク質の濃度1mM、リガンドとしてのDNAの濃度1mMで10分間混合後、電気泳動を1時間行ったときの、電気泳動したレーン方向のDNAおよびタンパク質の分布をグラフにせよ。

この問題で、私はKs=1pMのとき、Ks=[E][S]/[ES]を利用して[ES]=10^6Mとなってしまいました。このとき、[E],[S]は1mMを利用して計算してきました。これだと、[ES]がタンパク質とリガンドの濃度を超えてしまっていておかしいと思うのですが、どこを考え直せばいいのかわかりません。[ES]が適切な値がでれば、[ES]=[ES]0×exp(-k-1×t)から、電気泳動開始t秒後に複合体として残っている濃度が求めれそうなんですが。電気泳動開始t秒後に複合体として残っている濃度の求め方はヒントとして与えられていました。
また、この問題ではグラフを書くのですが、どのようなグラフをかけばいいのかがわかりません。
ご指摘お願いします。

大学の講義で次の内容の課題をだされましたが、全くわかりません。この問題を解くヒントや、考え方のどこが間違っているのかを教えていただけると助かります。

問題
タンパク質と32Pで放射標識したDNAとを10分間混合後、電気泳動し、タンパク質(E)、DNA(S)の解離定数Ksを求めた。
K1=10^7M^-1s^-1   Ks=1pM(k-1=10^-5s^-1)
=1nM(k-1=10^-2s^-1)
=1μM(k-1=10^1s^-1)
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Aベストアンサー

「私はKs=1pMのとき、Ks=[E][S]/[ES]を利用して[ES]=10^6Mとなってしまいました。」ここで[E][S]/[ES]がKsになっている時、[E]も[S]も1mMとして計算したようですが、[E]+[ES]が1mMと考えるべきではないですか。

Q決算報告書などの数値の誤差

女子大生です

決算報告書などの数値には誤差が必ずあると思いますが、
大体どの程度、誤差が出ますか?

決算などの値は数値の集合体なので、
計算ミスや入力忘れなど、実際の収支と誤差が出ると思います
100%入出金を管理できている会社はほぼゼロだと思います

意図的な改ざんを除いた、
計算ミス、入力ミスなどを入れれば、
どの程度誤差が出るものですか?

Aベストアンサー

質問者さまの質問の真意が測りかねます。

確かに帳簿と現物の商品やお金が不一致なことはあり得ます。
しかしそれは双方を比べれば確実に発見できる誤差であって、その誤差は決算報告において原因別に処理をされ、その結果は決算書に反映されます。
つまり決算書には発見できる誤差をすべて修正しているので、誤差はありません。

また発見できない誤差であれば、そもそも誤差として認識できないので、「どの程度」など分かるはずもありません。

物や権利の評価額についても、意図的なものを除けば見解の差なので、誤差ではありません。

計算ミスや入力ミスについても、数字を少し間違えただけなのか、桁一つ間違えたのかによって、答えは全く違うので「どの程度」か分かるはずがありません。

さらに会社ごとに違います。
大量のネジを扱う金物店と、少数の車しか扱わない車屋とは、商品の紛失や盗難のしやすさ、カウントのしやすさが違い、在庫の評価額の正確性は全く違いますよね。

この質問のカテゴリは「統計学」になっていますが、各社の決算書を用いた企業統計などは実体経済との誤差はありますが、各社の決算書自体に統計学でいう誤差はありません。
身体測定で起こり得る身長や体重の正確性は誤差ではなく機器の精度の問題であって、決算書も同様です。

ただし発見できない誤差が後ほど判明したり、自身の見解が間違っていたとして修正をすることはあり得ます。
でもこれも定期的、定額的ではないので、「どの程度」と言えるものではありません。

質問者さまの質問の真意が測りかねます。

確かに帳簿と現物の商品やお金が不一致なことはあり得ます。
しかしそれは双方を比べれば確実に発見できる誤差であって、その誤差は決算報告において原因別に処理をされ、その結果は決算書に反映されます。
つまり決算書には発見できる誤差をすべて修正しているので、誤差はありません。

また発見できない誤差であれば、そもそも誤差として認識できないので、「どの程度」など分かるはずもありません。

物や権利の評価額についても、意図的なものを除けば見解の差なの...続きを読む

Qあるタンパク質が結合する他のタンパク質の同定法

生物学をかじっている者です。分子生物学の実験で、あるタンパク質の機能を調べる際、それが他のどのタンパク質と結合するのかを調べる一般的なやり方が知りたいです。
私は、Far western blotting、免疫沈降、アフィニティークロマトグラフィーといった専門用語を単語としては知っている、個々の意味を調べれば理解出来る、というレベルなのですが、そういった手法を行う具体的な順番や、どういった手法がメジャーなのかがよくわかりません。大雑把でいいので教えて頂けないでしょうか?

Aベストアンサー

順番は場合によって異なると思います。
最初に、酵母Two-hybridで相互作用する因子をスクリーニングし、次に、プルダウンアッセイで相互作用を検討するといった感じで行うことが多いと思います。
また、目的タンパク質が組換えタンパク質、もしくはタグ融合組換えタンパク質として得られており、nativeで認識できる抗体があるのなら、免疫共沈殿もしくは免疫アフィニティクロマトグラフィで候補因子を精製し、SDS-PAGE後、目的バンドを切り出して、LC-MS/MS等の質量分析に供するという方法もあります。
BIACOREを使う方法もありますが、機械がないとできないので一般的ではありません。


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