グッドデザイン賞を受賞したウォーターサーバー >>

分子の立体構造を(例えばシクロヘキサン等)を
破線-楔形表記法で示したいのですが、
炭素の数が多くなると書き表し方が分かりません。

構造式を書くとそれを破線-楔形表記法に直してくれるフリーソフトか、
破線-楔形表記法で様々な分子を示したサイト等がありましたら教えてください。

A 回答 (2件)

>構造式を書くとそれを破線-楔形表記法に直してくれるフリーソフトか、


そういうものはないでしょう。そもそも、分子の三次元的な構造を考えながら、図を書く人が設定すべきものであって、ソフトで判断できるような事項ではありません。たとえば、同じ方向に結合を書いたとして、それを楔で書くべきか、破線で書くべきかは三次元的な構造を考えることなしに判断できませんから、ソフトでは無理だと思いますよ。

>破線-楔形表記法で様々な分子を示したサイト等がありましたら教えてください。
これはあるかもしれませんが、要するに楔形や破線を多く使った構造式が見たいと言うことですよね?だったら、有機化学などの教科書や、天然物の構造式集などの本をみれば書いてあると思いますよ。
でも、そんなのを何十個もみても仕方がないように思います。
それよりも、分子の三次元的な構造を思い浮かべる訓練をして、それをどう表記するかということを学んだ方がよいと思いますよ。それほど難しことじゃありません。要するに遠近法のごときものですから。
    • good
    • 0

isis(アイシス、MDL社)がある程度まで無料のソフトを提供していますが、複雑な構造に利用するのは無理です。


http://szksrv.isc.chubu.ac.jp/isisdraw/
かなり高価ですが定番のChem Draw (ケンブリッジソフト)をお使い頂くか、isisの有料版を使うしかないでしょう。
Chem Drawにはアカデミック版があり、サイトライセンスもあるので大人数ならそれをお薦めします。Chem Officeという形でネットでの検索もやってくれますが、こちらは年会費が必要です。
    • good
    • 0

お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!

このQ&Aを見た人はこんなQ&Aも見ています

このQ&Aを見た人が検索しているワード

このQ&Aと関連する良く見られている質問

Q構造式の書き方

物質の構造式の書き方について質問させてください。
たとえばヘロイン(ジアセチルモルヒネ)の構造式http://www.d7.dion.ne.jp/~y_takeo/biobook/biob051.htm
と塩酸コカインの構造式http://www.gotecom.co.jp/yak/news/kozo/cocaine.htm
の二つの構造式は、塩酸コカインはN-H間の線は普通の傍線ではなくて、黒く太い線になっていますよね??
どういうときに、普通の細い線でどういう時に太い腺にしなければならないのかが分かりません。ヘロインの構造も塩酸コカインのように太くなる線があったりするのでしょうか??

Aベストアンサー

太い線は、よく見ると、片側が太く、反対側が細くなっていますよね?

これは、その結合の方向が、紙面(画面)の奥の方向になっているか、手前の方向になっているかを表しています。
このような書き方が必要になるのは、光学異性体が存在する「キラル」な化合物の場合です。
「キラル」な化合物の表し方でも、太い線を使わない、別の表現方法もあります。(フィッシャー投影法)

参考URL:http://www.geocities.jp/junk2515/chem2/chem2_09.htm

QL体とD体

糖はD体、アミノ酸はL体の異性体で構成されますが、異性体のD体とL体の見分け方を教えてください。

Aベストアンサー

 構造式を見てDとLを見分ける方法についての質問と解釈して解答します。
 D、L表示法は糖やアミノ酸の絶対配置が求められる以前からある表記法です。(+)-グリセルアルデヒドにD、(-)-グリセルアルデヒドにLを接頭 辞としてつけます。DかLか見分けたい化合物(糖やアミノ酸)に含まれる不斉炭素のうち、IUPACルールにおいて最も番号の大きい不斉炭素の絶対配置がD-(+)-グリセルアルデヒドと等しい場合にD体とし、L-(-)-グリセルアルデヒドと等しい場合をL体とします。因みにD-(+)-グリセルアルデヒドはFischer投影式において、上がCHO、右がOH、左がH、下がCH2OHとなる構造です。
 もうひとつ言っておくと、L体の糖やD体のアミノ酸もちゃんと存在します。血液型を決める多糖の構成成分にはL-フコースがあり、哺乳動物の脳にはD-セリンとD-アスパラギン酸が存在し、脳の高次機能に関係しているのではないかと考えられています。

Q二量体ってなんですか?

二量体について教えてください。

Aベストアンサー

 二量体は分子が2つ結合したものを言います。結合は共有結合の場合もありますし,水素結合などによる会合の場合もあります。また,分子は同じ分子の場合も類似の別分子である場合もあります。

 つまり簡単に言うと,アミノ酸,核酸,・・・の様に,同じグループにまとめられる分子2つからなるものは全て二量体です。

 お書きの酢酸の場合は,酢酸分子2つを A, B とすると,分子 A の OH と分子 B の CO が水素結合し,分子 A の CO と分子 B の OH が水素結合した状態で存在します。つまり,2分子が水素結合で結合していますから,二量体と言うわけです。なお,これは酢酸に限らず,カルボン酸一般に言えることです。
 

Qα水素について

カルボニル基の隣の炭素に結合している水素はα水素と呼ばれ酸性を帯びますが、それはなぜですか?その理由を簡単でいいので知りたいです。

Aベストアンサー

 kumanoyu さんがお書きの様に「有機化学」の教科書には必ず載っています。カルボニル基の化学が出てくる最初の辺りをご覧になってみて下さい。

 一般に,酸性の程度を考える場合には,2つの事を考えます。1つは,問題にしているHが+性を帯びているかどうか。+性を帯びていれば,当然,H+になりやすいですね。これには,X-H結合の電子がX側に引き寄せられているかどうかを考えます。

 2つ目は,Hが離れてできるアニオンが安定かどうかです。当然,安定なアニオンができる程H+が離れやすく,酸性度は高くなります。

 今の場合,カルボニルの電子吸引性によってC-H結合の電子が引っ張られ,Hは+性を帯びて離れやすくなっています。また,できるアニオンはカルボニルとの共鳴によって安定化されます。

 これが,カルボニルのα水素が酸性を帯びる理由です。下のペ-ジの「教養有機化学 4. ケト-エノ-ル互変異性」とその先にある「α水素の酸性度とエノラ-とアニオン」をご覧下さい。

参考URL:http://www.geocities.com/yoshihitoshigihara/ch_univ.htm

 kumanoyu さんがお書きの様に「有機化学」の教科書には必ず載っています。カルボニル基の化学が出てくる最初の辺りをご覧になってみて下さい。

 一般に,酸性の程度を考える場合には,2つの事を考えます。1つは,問題にしているHが+性を帯びているかどうか。+性を帯びていれば,当然,H+になりやすいですね。これには,X-H結合の電子がX側に引き寄せられているかどうかを考えます。

 2つ目は,Hが離れてできるアニオンが安定かどうかです。当然,安定なアニオンができる程H+が離れやすく...続きを読む

QR、S表示についてお願いします。

大学で有機化学の試験があるのですが・・。
立体化学のR体S体の区別の仕方がいまいち納得できません。優先順位が低いものを遠くにして見て(大抵水素ですよね?)、優先順位が高い順に見ていき右回りか左まわりか・・でいいのですよね??で考えるとどうして(+)-グリセルアルデヒドがRで(-)ーグリセルアルデヒドがSになるんですか??FISCHER投影式で書くと(+)の方は不斉炭素の上がアルデヒド基、右がヒドロキシル基・・・なので左回りではないのですか??ついでにDL配置とRSの違いってなんなのでしょうか??わからないことだらけの上に乱雑な文章で申し訳ありません。ぜひご回答お願いします。

Aベストアンサー

whiteningさんはおそらくFISCHER投影式を理解できていないのだと思います。
     CHO
    |
  H- C-OH  ←
     |
     CH3OH
が(+)-グリセルアルデヒドだったと思います。
FISCHER投影式では平面に書かれていますが、左右のHとOHが手前、上下のCHOとCH3OHが奥の立体構造を表します。HとOHが浮き上がっている感じですかね。その配置で、←の方向から見ると(水素を奥側にする)回る順番はOH・CHO・CH3OHの順になりませんか?(CHOは2つの共有結合でOが結合しておりOが2つあるとみなすのでCH3OHより優先)そうするとこれは右回りですのでR配置となります。
 DLはグリセルアルデヒドを基本として、OHが右にくるものをフランス語の右dextroからD、左にくるものをLaevoのLとします。

QRS配置の簡単な見分け方

立体構造からR,Sを簡単に見分ける方法を教えて下さい。

また、簡単にfisher投影式に直す方法があればそれも教えて頂けると嬉しいです。

Aベストアンサー

あっ、やってもた~
確かにそれはメントンです。下の炭素の配置はSです。
つまり、優先順位の2と3が逆です。イソプロピル基の優先順位は2番ですね。
じっくり考えてみて下さい。

Qフィッシャー投影式について

2つの不斉炭素を持つフィッシャー投影法についてです。
参考書では、4つの透視式についてフィッシャー投影式が、
添付データのようになっていました。(手書きで見にくくて申し訳ないです)

「横線は紙面手前に突き出ている結合を表し、縦線は紙面後方に伸びている結合を表す」がフィッシャー投影式の書き方ですが、

図の一番左側では、Clは破線の楔形で紙面後方に延びている筈なのに、横線につながれでClが描かれていますし、その他の結合も透視式の楔形、破線の楔型とフィッシャー投影式が全く一致していないように思えてしまい、
透視式からフィッシャー投影式を書くことができません。

何故一致していないのかや、フィッシャー投影式を理解する鍵やコツなどがありましたらお手数ですが教えて頂けましたら幸いです。

Aベストアンサー

#2です。
#3のお答えは回転が逆です。フィッシャー投影図では炭素鎖が常に奥側に来るようにするので、#3のお答えの図は立体配座が逆になりその結果、
>参考書にのっていた画像(質問時の画像)ですと、フィッシャー投影式のOHとH、ClとHが左右逆になっているのですが
という事になります。
#3の方は誤解しておられるようです。


人気Q&Aランキング