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gaussianの計算について。
白金錯体の構造最適化をgaussian03Wで行っています。
bp86/genを使用して白金以外を6-31+g(d),白金をlanl2tz(f)として計算をサブミットしても
次のようなエラーで計算がすぐにとまってしまいます。

QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
lanl2tz(f)
'
Last state="Top"
TCursr= 746 LCursr= 0
Error reading general basis specification.

lanl2tz(f)は使用できないということでしょうか。
ご存知の方はお力添えいただけると助かります。宜しくお願いします。

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au 4G」に関するQ&A: au 3Gを4Gに変えたい。

A 回答 (2件)

> lanl2tz(f)というキーワードをインプットファイルに記すことなく


> 計算が行われているのは、「Au o」から続く数字をインプットファイルに示すことで
> lanl2tz(f)というキーワードの代わりとなっているということでしょうか。。。

はい。おおまかには、そんな感じです。

詳しく言うと、むしろ話は逆で、lanl2tz(f)という名前の基底関数がもしGaussianの中に入っていたならば、「lanl2tz(f)というキーワードをインプットファイルに示すことで、『Au 0』から続く数字の代わりになる」ということです。

「Au 0」から続く数字は、計算に使われるAuの基底関数そのものと考えてください。基底関数の開発者がこの基底関数につけた名前が、lanl2tz(f)になります。lanl2tz(f)が発表されたのはGaussian03のリリース後なので、インプットファイルにlanl2tz(f)と書いても、gaussian03はそれが基底関数の名前ということを知りませんから、エラーになります。ですので、基底関数の名前でなく、基底関数そのものをインプットファイルに示す必要があります。

あと、いま気づいたのですけど、テスト計算はAuでなくてPtにしておけばよかったですね。白金錯体を金錯体と勘違いしてました。すみません。でも#1のテスト計算がうまく走ったのなら、あとはPtの基底関数を入手するだけで白金錯体の計算ができると思います。
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この回答へのお礼

ご回答ありがとうございます。とても的確に教えて下さるのでとても理解しやすいです。
テスト計算のことはどうぞお気になさらずに。見比べながらやっていると良い練習になります☆
無事に白金錯体のインプットファイルも作成でき、サブミット時にはじかれることもなく順調に計算が開始されました。
あとは収束してくれることを祈ります。
色々と教えて下さって本当にありがとうございました!

お礼日時:2010/10/17 17:39

> lanl2tz(f)は使用できないということでしょうか。



いいえ。使用できます。注意点が二つあります。

(1) lanl2tz(f)はgaussian03に入っていません。まず EMSL Basis Set Exchange などから基底関数を入手する必要があります。
https://bse.pnl.gov/bse/portal
フォーマットはGaussian94でいいです。

(2) lanl2tz(f)などの有効内殻ポテンシャル(ECP, 擬ポテンシャル)を使う基底関数をgenで指定したときには、キーワード pseudo=read が必要です。

テスト計算用の入力ファイル
-----ここから-----
# bp86/gen pseudo=read opt
(空行)
AuH
(空行)
0 1
Au
H 1 1.524
(空行)
H 0
6-31+g(d)
****
Au 0
S 1 1.00
2.8090000 1.0000000
(24行省略)
F 1 1.00
1.0500000 1.0000000
****
(空行;ここの空行が2行あるとうまくいかない)
AU 0
AU-ECP 4 60
g potential
5
1 622.6287956 -60.0000000
(31行省略)
2 2.8965118 15.3424188
(空行)
(空行)
-----ここまで-----
計算して結合距離が1.5456オングストロームになれば大丈夫だと思います。

この回答への補足

とても丁寧に解説してくださって本当にありがとうございます。
早速AuHのテスト計算を行ってみました。無事に結合距離1.5456?の構造を得ることができました!
計算初心者でもトライ出来るように回答してくださってとても感謝しています。ありがとうございます☆
一つ、お伺いしたいのですが、、、lanl2tz(f)というキーワードをインプットファイルに記すことなく
計算が行われているのは、「Au o」から続く数字をインプットファイルに示すことで
lanl2tz(f)というキーワードの代わりとなっているということでしょうか。。。

補足日時:2010/10/17 13:55
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こんにちは。私立大学4年生です。

gaussianで蛍光波長の求め方が知りたいです。
蛍光波長を求めるインプットファイルを教えて下さい。

下記インプットファイルでやっても、すぐエラーとなって終わります。
分子はナフタレンなどの簡単なものです。

# opt td(Nstates=5,direct) B3LYP/6-31G


よろしくお願いします。

Aベストアンサー

(1)蛍光の遷移モーメントの向きについて
> 下記が遷移モーメントの向きを表していると思うのですが、英語を直訳すると、
> 「基底状態→励起状態の遷移モーメント」となり、吸収ではないかと思ったのですが、
> この場合は蛍光の遷移モーメントということでよろしいでしょうか?

はい。いいです。

基底状態の波動関数をΨg, 励起状態の波動関数をΨe, 遷移双極子モーメント演算子をμとすると、基底状態→励起状態の遷移モーメントは

 μ(e←g)=∫Ψe*μΨg dτ

で与えられます(Ψe*はΨeの複素共役)。同様に励起状態→基底状態の遷移モーメントは

 μ(g←e)=∫Ψg*μΨe dτ

で与えられますから

 μ(g←e)=∫Ψg*μΨe dτ
     =(∫Ψe*μΨg dτ)*
     =μ(e←g)*

より、遷移モーメントが実数であれば

 μ(g←e)=μ(e←g)

になります。


(2)Z-matrix表示のやり方について

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例えば、Winmostar http://winmostar.com/ では、分子の初期構造をGUIで作ったあと、保存する時にGaussian形式(*.gjf,*.com) で保存すれば、Z-matrixが書き出されます。他の分子モデリングソフトでもGaussian用のZ-matrixが書き出せるソフトは多いと思いますので、手になじんだソフトがあれば出力できるファイルの種類を調べてみて下さい。

あと、Gaussianと一緒にインストールされるユーティリティの一つに、newzmatというファイルコンバータがあります。
http://www.hpc.co.jp/gaussian_help/u_newzmat.htm
これを使ってもZ-matrix表示ができるようです。私自身は試したことがないのですけど、興味があれば、マニュアルを参考に色々試してみて下さい。

(1)蛍光の遷移モーメントの向きについて
> 下記が遷移モーメントの向きを表していると思うのですが、英語を直訳すると、
> 「基底状態→励起状態の遷移モーメント」となり、吸収ではないかと思ったのですが、
> この場合は蛍光の遷移モーメントということでよろしいでしょうか?

はい。いいです。

基底状態の波動関数をΨg, 励起状態の波動関数をΨe, 遷移双極子モーメント演算子をμとすると、基底状態→励起状態の遷移モーメントは

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キーワード pop=full を指定して、出力ファイルの
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参考URL:http://www.hpc.co.jp/hit/solution/gaussian_help/k_population.htm

> ある分子軌道にどの原子軌道がどれだけ含まれているか
キーワード pop=full を指定して、出力ファイルの
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のところを見ます。

> 分子中の結合次数
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Occupancyは結合次数そのものではなくて、NBO(自然結合軌道)を占めている電子数です。

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高分子の構造解析は専門外ですが、通常の無機結晶のX線回折を使っている者です。
小角も広角も原理は同じです。有名なブラッグの関係式
2d・sinθ = n・λ
で解釈出来ます。ここで、dは調べようとする試料の結晶の面間隔、λは測定に使うX線の波長、θはX線回折測定結果で得られるピークの位置です。nは回折の次数ですが、とりあえずn=1の場合を考えましょう。
ただし、通常の粉末用装置では、横軸に回折角度としてデティクターのスキャン角度である2θを、縦軸に測定されたX線強度で測定結果を図示します。θではなくて、2θになっていることに注意してください。
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高分子の構造解析は専門外ですが、通常の無機結晶のX線回折を使っている者です。
小角も広角も原理は同じです。有名なブラッグの関係式
2d・sinθ = n・λ
で解釈出来ます。ここで、dは調べようとする試料の結晶の面間隔、λは測定に使うX線の波長、θはX線回折測定結果で得られるピークの位置です。nは回折の次数ですが、とりあえずn=1の場合を考えましょう。
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これによって、染色体上で特定のDNA配列を検出したり、組織標本上で特定のRNAを発現する細胞を検出したりできます。生体内の局在を保った状態でターゲットを検出するということです。

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「その場所で」というラテン語です(斜体で書くのが一般的です)。

in vitroとかin vivoと同じように、日本語のなかでも訳さないでそのまま「イン シチュ」あるいは「イン サイチュ」というのが普通でそのほうがとおりがいいです。うまい訳語がないですし。

生物学では、in situ hybridizationでおなじみです。この意味は、染色体DNAやRNAを抽出、精製したものを試験管内、あるいはメンブレンにブロットしたものに対してプローブをhybridizationさせるのに対比して、組織切片や組織のwhole mount標本に対...続きを読む


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