遺伝子の相同性検索ですが、コード領域はDDBJなどでホモロジーサーチをかければよいのですが、ORFより上流の領域(プロモータ配列)などはどこかにデータベースがあるのでしょうか。
ある遺伝子の上流を単離したのですが、どういうモチーフがあるかなどを知りたいのです。(どこにTATAboxがある可能性があるか、などの情報が欲しいのです)
ご存じの方おりましたら、よろしくお願いします。

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A 回答 (2件)

 sabakanさんこんにちは。



 急ぎのようですね。

 プロモーター関連はあまり詳しくないのですが、
TFSERCH: Transcriptional Factor Search
TFBIND: Transcription Factor BINDing sites
を使用してみてはいかがでしょうか?

「分子生物学研究用ツール集」からいけますよ。

 なにか疑問点がありましたら、補足欄に書き込んでください。(ただ、プロモーターについてのことは不慣れなので回答できないかもしれません。)
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この回答へのお礼

ありがとうございます。
とても役立ちました。
(TFSERACHはその配列部分が転写因子を生成する部位の検索に、TFBINDはその配列部分を転写因子が認識して結合する部分の検索に用いることができる、と考えてよろしいのでしょうか?また、早速使ってみましたが、TATAボックスなどの候補になる配列はやはり自分の目で見てみるしかないのでしょうか?お手数ですが、もしご存じでしたらお教えください。)

お礼日時:2003/10/22 08:11

 sabakanさん



 TFBINDならTATA boxなどの位置は把握できると思うのですが。
>TFBIND : Software for searching transcription factor binding sites (including TATA boxes, GC boxes, CCAAT boxes, transcription start sites (TSS)).

 あと、自分でモチーフを探したい場合は「YEBIS」が使えるのではないかと思います。ただ、こちらのほうは登録が必要で私も使用したことがありません。

 TFSEARCH、TFBINDも研究室で自分のグループに割り振られた学部生、M1相手の教育用に言及した位で研究用には使用していないです。探せば、もっと良いデータベースがあるのかも知れません。sabakanさんが急ぎのようなのでレスを付けてみた次第です。
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この回答へのお礼

たびたびご丁寧な返信、ありがとうございました。
TATA配列なども見いだせました。
(うっかり見落としてしまっていました。m(_ _)m )
重ね重ね御礼申し上げます。

お礼日時:2003/10/22 14:45

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Qプロモーター領域

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Aベストアンサー

実験的に同定するのは結構手間です。
まず、転写開始点を正確に決めておく必要があります。
簡便には、5' RACEの産物の端がどこにきてるかで見てもいいと思いますが、完全に伸びきっていない逆転写産物もPCRで増やしてしまうので、多少のあいまいさがでてきます。
正確に決めるには昔ながらのprimer extensionやS1 mappingが必要でしょう。
で、プロモーターは(発現をmodulateするエンハンサーは話が別です)、典型的には転写開始点の-50 bp以内にあります。たとえば、真核生物では、-20 bp 前後にTATA boxまたはGC box、さらに-15 bp くらい上流に-CAATboxとか。そういう典型的な配列があれば、8割がたそこがプロモーターだという蓋然性を言うことができます(かならずしも典型的なプロモーターばかりではありませんが)。
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Qpoly-Aとは

poly-Aとはなんでしょうか?
あとpoly-A付加シグナルについても教えてください。

Aベストアンサー

プロセッシングが完了し完成したmRNAの3'末端には、50~200塩基ほどのアデニン(A)ヌクレオチドが付加されています。これがpoly-A tailです。poly-A tailはmRNAに安定性をあたえ、翻訳を促進する働きがあると考えられています。

mRNAは、まず遺伝子のプロモーターからエクソン、イントロンを含め連続的に転写され、転写の終結部は最後のエクソンよりかなり下流に及びます(真核生物では転写終了位置を示すシグナル配列のようなものは見つかっていません)。
この一時転写産物はイントロンを削除しエクソンを連結するスプライシング、5'末端に一個の7-メチルグアノシン(7-m G)を付加(cap構造といいます)するcapping、3'末端にpoly-A tailを付加するpolyadenylationを経て成熟mRNAになります。

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参考URL:http://opbs.okstate.edu/~melcher/MG/MGW2/MG234.html

プロセッシングが完了し完成したmRNAの3'末端には、50~200塩基ほどのアデニン(A)ヌクレオチドが付加されています。これがpoly-A tailです。poly-A tailはmRNAに安定性をあたえ、翻訳を促進する働きがあると考えられています。

mRNAは、まず遺伝子のプロモーターからエクソン、イントロンを含め連続的に転写され、転写の終結部は最後のエクソンよりかなり下流に及びます(真核生物では転写終了位置を示すシグナル配列のようなものは見つかっていません)。
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こんにちは。No.1で回答した者です。

余計な情報でかえって混乱させてしまったことをお詫びします。

「プロモーター領域を逆向きに付け替える」ということについて、実験例で説明します。
プロモーター領域の配列が仮にAATTGGCCだとします。
この配列を含む領域が下のようにあったとします。
5' AGCTAATTGGCCCTAG 3'
3' TCGATTAACCGGGATC 5'
この領域を適当な制限酵素で切り取ります。(以下、アンダーバー_はスペースだと思って無視してください)
5' AG_______CTAG 3'
3' TCGA_______TC 5'
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誤りがありましたらご指摘ください。

こんにちは。No.1で回答した者です。

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Q蛋白の分子量(kDa)を調べる方法

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遺伝子名とタンパク質名の記載方法について教えて下さい。
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このルールは本当に正しいのでしょうか?
少し調べてみたら、真核生物でも哺乳類の遺伝子や酵母の遺伝子だと、全て大文字の斜体で表記しているものもありました。
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真核生物といっても、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、線虫、シロイヌナズナ、酵母、アカパンカビ、みな違いますし、原核生物でも、細菌は一応同じルールに従うことになっていますが、粘菌は違っていたりします。

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QGFPを使ったプロモータ活性測定

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蛍光でリニアーな定量性、ひろいダイナミックレンジを実現するのには制限があります。励起光をあてる必要があるので、ゲルやメンブレンのように薄ければよいですが、溶液のように高さというか厚みがあるものでは、表層と深部では励起光の強度が変わってしまいます。特に蛍光物質の量が多くなっていくと、表層の分子に吸収されつくして、深部の蛍光物質の励起効率が下がり、蛍光物質の量と総蛍光量が比例しなくなります。

もうひとつ、測定の原理上に重要な違いがあります。
蛍光は原理的にはCCDで撮像して、光の強度を画像上の輝点数として測定します。これはデンシドメーターでオートラジオグラムの黒化度を測るようなものです。CCDの感度やダイナミクスにより定量性に限界があります。
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蛍光でリニアーな定量性、ひろいダイナミックレンジを実現するのには制限があります。励起光をあてる必要があるので、ゲルやメンブレンのように薄ければよいですが、溶液のように高さというか厚みがあるものでは、表層と深部では励起光の強度が変わってしまいます。特に蛍光物質の量が多くなっていくと、表層の分子に吸収されつくして、深部の蛍光物質の励起効率が下がり、蛍光物質の量と総蛍光量が比例しなくなります。

もうひとつ、測定の原理上に重要な違いがあります。
蛍光は原理的にはCCDで撮像して、光...続きを読む

Q遺伝子の塩基配列の調べ方

ヒトのALDH2遺伝子の全塩基配列(エクソン部及びイントロン部の配置)を調べたいのですが、どうやって調べていいのかがわかりません。
検索サイトで検索かけてみたりしたのですが見つかりません。(ネット上にデータベースがあるというのを聞いたことがあります。)
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Aベストアンサー

NCBIの場合
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

ALDH2がテキストに含まれるデーターのリストが得られると思いますので、適切な物を選択してください
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=217
ここから、Related Sequencesのgenomicを見つけてそのシーケンスを見てもいいのですが非常に長いテキストで、目的のもの以外の配列も入っていることもかなりありますので、右のlinksから、Map viewerに飛びます。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=9606&chr=12&query=uid(14218883)&QSTR=217%5Bgene%5Fid%5D&maps=gene_set&cmd=focus

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ほかのデーターベースだと
http://www.ensembl.org/index.html
のhuman
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html
の右上からALDH2検索
詳細は省略します。ひつようであればおっしゃってください。

NCBIの場合
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

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Q遺伝子のエクソンの数とサイズを調べる方法について

趣味で生物学や遺伝学に興味を持っている者です。

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 どのサイトでどのように検索したら良いでしょうか。英語は大学教養部程度は理解できます。よりわかりやすいサイトを教えてください。

Aベストアンサー

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

左上のSearchプルダウンメニューからGeneを選び、for以下に遺伝子名を入れる
例えばCYP1A2と入れ Go

検索結果からCYP1A2 (Homo sapiens)のリンクをクリック

「Genomic regions, transcripts, and products」の「NC_000015.8」をクリック

プルダウンが出るので「GENBANK」を選択

真ん中辺にあるmRNA:join(1..55,888..1727,2347..2467,2923..3012,3282..3405,4342..4428,5949..7758)
これがエクソン

CDS:join(897..1727,2347..2467,2923..3012,3282..3405,4342..4428,5949..6246)
これがORFです


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