遺伝子研究でベクターがよく使われていますが、どんな場合にどのベクターを用いるのかという選択の基準はどのようになっているのでしょうか?
 具体的には
 1クローニングベクターと発現ベクターはベクターの何が違うのですか?
 2プラスミドベクターやファージベクターをどう使い分けるのですか?
 3同じプラスミドベクターでもpucやpblueやPBRだどがありますがどう使い分け  ているのでしょうか?

詳しい方教えてください  

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A 回答 (2件)

1について


基本的に同じで、発現ベクターをクローニングに使うこともできますが、クローニングベクターとは一般的にカラーセレクションなどをできるものをいいます。
2について
通常のたんぱく質にはプラスミドで十分です。
大きなフラグメントの場合、テンプレート(cDNAなど)が少ない場合、高いタイターを得たい場合などファージを使います。
3について
発現ベクターについては、fusion protein作成用のtagやあるたんぱく質がはじめから含まれているようなものや、いろいろなプロモーターを持つものがあります。
あとからどのように精製したいか、(抗体を使いたいとか、GSTで精製したいとか、キレートカラムを使いたいとか)また、どの生物で発現させたいか(bacteriaならlac promotorとか、mammalならcytomegallovirusとか)によって、説明書をよく見て選択してください。
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この回答へのお礼

お礼が大変遅れました。まもなくベクターを使うことになります。がんばります。

お礼日時:2001/06/14 01:06

1,2については



Recombinant DNA second edition ワトソン・組換えDNAの分子生物学
などの参考書を読まれた方がよくわかると思います。
ベクターを構成するそれぞれの部分、つまりoriやプロモーターなどをそれぞれ勉強していただければわかると思います。
例えばブルースクリプト(TA vector)に遺伝子組み込んでも正しく発現しませんよね。何でかな?これを発現用のpGEXに入れればちゃんとできる。目的にあわせて構造が違うのです。

3については上の二つがわからないと難しいでしょう。ホスト株の事や、コピー数、誘導条件などで選択します。それ以外にもいろいろありますけど。
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Q窓の杜やベクターのフリーソフト提供している人達

窓の杜やベクターなどでよくフリーソフトを提供していますが、フリーソフトを作っている人はどういう目的でしているのでしょうか?
 フリーソフトのどこかに収入源があるのでしょうか?それともたんなる趣味なのでしょうか?
 教えてください。

Aベストアンサー

 こんにちは。某フリーソフト作者です。
 一言で言えば「趣味」ですね。

 収入源なんてものはないに等しいと思って頂いて結構です。強いて言えばウェブサイトを作ったときの広告収入や雑誌掲載の謝礼として送られてくる掲載誌ぐらいでしょうか。
 私は広告をペタペタ貼るだけムダと思っていて、アマゾンの広告くらいしか貼っておらず、収入0円です。雑誌も今年に入ってからはほとんど掲載されていません。載っても載らなくてもどうでも良い、と思うようになってきましたが…。

 著名ソフトだったら商品化、記事や書籍の執筆etc...して収入を得る方がいらっしゃいますが、ほんの一握りもいないでしょうね。

 むしろ、(1)開発言語の購入やバージョンアップ費用、(2)書籍代、(3)レンタルサーバー代、(4)ウィルスソフトの更新料など出て行くほうが多いです。ちなみに私は無料の言語を使っておりますので、(3)(4)だけですが年間1万数千円の出費になります。

 それでも公開を続けるのは、普段からいろんなフリーソフトにお世話になっているので、自分のソフトも「どこかで役立てればいいな」というボランティア精神からです。
 あとは「おいしくできたから食べてみてね」というようなおすそわけ的な精神もあるでしょうね。(実はこっちのほうが大きいかもしれません…)

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Q巨大プラスミドのクローニング

目的遺伝子の含まれるDNAが巨大プラスミドなどの大きなDNAである場合に目的断片がクローニングされる確率が低くなるのはどうしてですか。また、そのような場合に目的断片がベクターに組み込まれる確率を上げるためにはどのような工夫をすればいいのですか。

Aベストアンサー

ligationで新規にコンストラクトを作る場合ももちろんですが、intactのプラスミドであっても、サイズが大きくなるなるほど大腸菌に入りにくくなります。おおよそ10 kbを超える物はそれ以下のサイズのものより1~2オーダーは下がりますし、20~30 kbを超えるくらいになるとケミカルコンピーテントセルで形質転換体をえるのは非常に困難になります。

1. ケミカル法ではなくエレクトロポーレーション法(電気穿孔法)を使う。これが一番の解決方法でしょう。
2. ケミカル法でやるなら、性能の良いコンピーテントセルを使う(。大きなプラスミドが入りやすい系統(DH5など)を使う。

ligation反応の段階でも、インサートとベクターのサイズの兼ね合いで、適当な環状産物のできやすさが違うでしょうが、ここはあまり問題ではないと思います。サイズが小さい場合でも、目的の環状産物はそれほど大量にできているわけではなく、反応系全体から見るとごく微量です。それでもたくさん生えてくるのは、大腸菌に入りやすいからです。

ただし、DNA断片の調製にゲルからの切り出しをしている場合、UV照射が形質転換効率を下げます(チミン二量体ができて複製がブロックされるため)。長いDNAほど、鎖のどこかにチミン二量体がが生じる確率は高くなるのでより影響が大きいようです。切り出すバンドにUVを当てないように工夫しましょう。

ligationで新規にコンストラクトを作る場合ももちろんですが、intactのプラスミドであっても、サイズが大きくなるなるほど大腸菌に入りにくくなります。おおよそ10 kbを超える物はそれ以下のサイズのものより1~2オーダーは下がりますし、20~30 kbを超えるくらいになるとケミカルコンピーテントセルで形質転換体をえるのは非常に困難になります。

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Qベクターゲームズでおすすめのフリーソフト

ベクターゲームズでフリーソフトをダウンロードしてプレイするのにハマってます(乙女ゲーですがww)皆さんに質問ですが、ベクターでおススメのフリーソフトありますか?ジャンルは何でも構いません。教えて下さい(>_<)

Aベストアンサー

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セラフィックブルー
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シルフェイド見聞録
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レミュオール錬金術師(シミュレーション・携帯アプリ化もしている)
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QpUCベクターについて

製品のサイトを見てもよく分からなかったので詳しい方いましたら
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ちなみに青白判定は行いません。

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ANo.1の回答には一部間違いがありますので勝手に補足させてもらいます。
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まず、pUCタイプベクターなど、α-complementationによる青白選択を行うためのベクターには、lacプロモーター(lacP)、lacオペレーター(lacO)、そしてlacZ遺伝子のα-flagment部分が乗っています。
http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0329

また、青白判定を行う際にホスト株から野生型lacZが発現しては困るので、このような目的に使うホスト株(DH5α、JM109など)は通常ラクトースオペロンを欠失させています。この遺伝子型は出典によって異なりますがおおよそΔ(lac-proAB)やΔ(lacZYA-argF)U169などと表現されます。
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さらに、JM109などは、未誘導時のベクター上lacプロモーターからの発現を強力に抑制するよう、F'因子上に恒常発現変異型lacIを配置してあります(lacIq)。

IPTGによる強制発現誘導は、ゲノム上由来、ベクター上由来を問わずlacIqという遺伝子型を持つ大腸菌で特に有効です。というかlacIqによるlacプロモーターの発現抑制を解除するために使用します。JM109などのlacIqを持つホスト株にpUC18を形質転換し、IPTGを含む培地中で培養すると、ベクター上のlacプロモーターからの発現が起こり、培地中にX-galが存在すれば青くなります。逆にlacIq遺伝子型を持たないDH5αでは、pUC18を形質転換しX-galのみを含む培地上に播種するだけでコロニーは青くなります。

以上を踏まえ、質問者さんに対する直接の回答としては
「lacO領域を持っているのでIPTGによって発現誘導はかかる。ただし、lacIq遺伝子型が無い場合はIPTG無しでもそれなりに発現する」
となります。

ANo.1の回答には一部間違いがありますので勝手に補足させてもらいます。
そもそも、pUCタイプベクターは青白選択を行うために開発されたベクターですので、まずはその原理を理解されるのがよろしいかと。

まず、pUCタイプベクターなど、α-complementationによる青白選択を行うためのベクターには、lacプロモーター(lacP)、lacオペレーター(lacO)、そしてlacZ遺伝子のα-flagment部分が乗っています。
http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0329

また、青白判定を行う際にホスト株から...続きを読む

Qベクター画像を作成できるフリーソフト

お世話になります。
フリーソフトでイラストレーター並に高機能なソフトを探しています。主にベクター画像の作成を補助する高機能なフリーソフトをご存知ありませんか?

教えてください。
お願いします。

Aベストアンサー

ラスターグラフィック系なら#1の回答のように数多ありますが、ベクターグラフィックアプリケーションで、フリーソフト・Illustratorなみの機能のものは無いと思います。
またどのような用途にお使いか知りませんが、もし商業印刷に出すデータを作るならIllustrator形式のデータでないと受け付けてもらえないことがありますよ。最低限CMYKカラースペースに対応したものでないと。RGBカラーで作ると、印刷屋でCMYKに変換する時に色が転ぶ可能性があります。

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商業印刷用のCMYK対応で有償ならIllustratorの他にCanvas、FreeHAND、CorelDRAW GraphicSuite X3があります。

Q発現用大腸菌を使ったプラスミド抽出について

BL21(DE3)株を使ったプラスミド抽出は可能でしょうか?
プラスミド抽出には、日本ジェネティクス社のFastGene Plasmid Mini Kitを使用します。

よろしくお願いします。

Aベストアンサー

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Qベクターのフリーソフトがうまくダウンロードできない

ベクターのフリーソフトを手順どうりダウンロードして 解凍ソフトを重ねて
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なぜでしょうか?教えてください

Aベストアンサー

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QTAクローニング用ベクター

TAクローニング用ベクターって自分で作ることはできないんでしょうか?回答よろしくお願いします。

Aベストアンサー

できます。

割と有名な論文です。PubMedで全文読めます。

Nucleic Acids Res. 1991 Mar 11;19(5):1154.
Construction of T-vectors, a rapid and general system for direct cloning of unmodified PCR products.
Marchuk D, Drumm M, Saulino A, Collins FS.

Qベクターのあるフリーソフトのダウンロード法

訳があって デザインした文字をTシャツに昇華プリント加工する必要に迫られ しかも「立体文字」を
デザインする必要に迫られ ウェブサイトをさまよってると ベクターのフリーソフト「もこもこ」なるサイトに出会いました。
http://www.vector.co.jp/vpack/browse/pickup/pw5/pw005196.html
フリーソフトと分かって 喜びいさんでダウンロード
しようとして うまくダウンロード出来ません。
ウェブ上の「ダウンロード」の項をクリックしても
うまくダウンロード出来ません。
実は ベクターのフリーソフトをダウンロードした
経験ゼロです。ひょっとして 事前の会員登録制?
なのでしょうか。
どなたか 御教示 お待ちしています。
PS。「ラーサプラス」なる解凍ソフトは
   インストール済みです。

Aベストアンサー

最近「Vアップ通知」なるサービスが開始され、ダウンロードを開始する前に、そのサービスの案内ページが挿入されるようになりました。
このページで「登録するとバージョンアップの連絡…」などの文面があるのでそれで迷われたのでしょうか?
案内ページの下にある「いまは登録しない」ボタンを押すととりあえずダウンロードが開始されますよ。

自分も変更直後に「登録が必要になったのか?」と勘違いし少しハマりました(^^;

Q遺伝子発現?

遺伝子の発現とは簡単に言うとどういうことなのでしょうか?

教科書等にも載っているのですがイマイチよくわかりません。
教えて下さい!

Aベストアンサー

生物は細胞から成り立っています。
細胞には、DNAが入ってます。
DNAは、生物が生きていくために必要な、全ての情報が含まれています。
(性別、目の色、神経、手足、・・・等々)
この、性別を決定する情報や、手を構成する情報、1つ1つの情報を、「遺伝子」と呼びます。

辞書を見たことはありますよね。
辞書一つには、「あ」から「ん」までのたくさんの情報が記されています。
でも、開くページによって、記載されている情報は異なります。

遺伝子もそうです。
DNAという辞書を持ち、遺伝子というページを開く。

目では、例えば「水晶体」というページ(遺伝子)を開くから水晶体が形成される。
手では、例えば「爪」というページを開くから爪が形成される。

このことを、「遺伝子が発現する」といいます。


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