DNAシークエンスの失敗

最近DNAシークエンスを行っていると、毎回ほぼすべての検体において同じような結果がでて失敗しています。
本来一つだけ出るべきピークが、二つ一塩基分ずれて並んででていて、それがすべての塩基で起こっているのでそれぞれ隣のピークが重なって、結果がNとなっていしまいます。
（たとえば「G・A・T」とある場合「G・GとAが重なったもの・AとTが重なったもの・T」のようにでます）
それぞれのピークが一つにまとまれば本来出るべき塩基配列と一致するので、なにかはっきりとした原因があるような気はするのですが思いつきません。
シークエンス初心者なもので勉強不足で申し訳ないのですが教えていただけませんか？

No.1 回答者： guragura77 回答日時： 2011/09/19 16:08

その異常が機械のせいなのか、試薬のせいなのか、検体のせいなのか、手技のせいなのかをはっきりさせる必要があります。

異常が起こっているのはあなた一人ですか、それとも同じ機械と試薬を使っている全員ですか。

あなた一人にだけ起こっているなら検体か手技の問題である可能性が高くなります。
空のプラスミドをユニバーサルなプライマーで読めるか試してみては？
どんな検体とプライマーを使っているのか知りませんけど、プライマーが分解されていてうまく読めないことは時々あります。

全員に起こるなら機械と試薬が疑わしくなります。
まずは試薬を新しくしてみて、それでも改善しないなら機械の調整を行なうことになります。
キャピラリシーケンサーなら検出窓が汚れているとか、ポリマーが古かったり漏れていたりというのも原因になるかもしれません。

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
同じ機械、試薬を使用している他の人は正常にできているようなので手技、プライマーを疑ってみます。

お礼日時：2011/09/20 15:41