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プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

「塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツ」の質問画像

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A 回答 (2件)

回答がないので、しゃしゃり出てきました。


多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end
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    • 0
この回答へのお礼

ありがとうございます。

bioruby
br_biofetch.rb
br_bioflat.rb
br_biogetseq.rb
br_pmfetch.rb
はインストールできたのですが、
素人過ぎてそこから先に進めませんでした。

いい機会ですので、
Rubyを少し勉強して
上記のソースコード(?)を実行してみたいと思います。

お礼日時:2011/12/10 09:15

ANo.1のお礼について



どこかでインストール時にエラーが出ているのでしょうか?

私の環境は、rubyは1.8.7です。(Mac OSX 10.6.8, 10.7.2)
ruby -v
で確認できます。

biorubyのdocumentに
REQUIREMENTS
Ruby 1.8.6 or later (except Ruby 1.9.0) – www.ruby-lang.org/
Ruby 1.8.7-p352 or later is recommended.
Not yet fully ready with Ruby 1.9, although many components can now work in Ruby 1.9.1 and Ruby 1.9.2.

とありますので、rubyが古いようでしたら、新しくrubyをインストールされることをお勧めします。

bio-rubyのインストールでエラーが出ているのでしたら
sudo gem install bio
でもだめでしょうか?
(Windowsの場合はsudoが要らないかも)
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この回答へのお礼

古いバージョンではありますが、
環境はki073さんと同じだと思うので
使用には問題はないはずです > ruby 1.8.7 (P249) (Mac OSX 10.7.2)
ruby -vで確認できました。

お恥ずかしい話、
これまでbioinformaticsと呼べるものはmegaなどguiしか使っておらず、
cuiはrの参考書を読んで少しだけいじっただけで、
インストールから先の操作を全く知らないのです。

下記のようなweb siteでもbiorubyが勉強できそうなので、
少しずつですが解読して使ってみようと思います。

BioRuby http://bioruby.open-bio.org/
BioRuby Wiki(日本語) http://dev.bioruby.org/ja/
BioRubyの使い方 http://kanehisa.hgc.jp/~k/lecture/20040824JST/bi …

お礼日時:2011/12/10 15:07

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アミノ酸配列データがあるなら、計算してくれるソフトウェアがあります。市販の遺伝子解析ソフトウェアには必ずついている機能ですが、ウェブ上でできるサイトもあります。たとえば

http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html

実験的に調べるなら、SDS-PAGE、ゲルカラムクロマトグラフィ、TOF-MASSなど、材料や精度に応じていろいろ方法があります。


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