apacheで特定のサイトだけ不安定です。

ドメインを２個と、いくつかのサブドメインをヴァーチャルホストを使ってapahe2で運用しています。
最近気づいたのですが、一つのみ不安定になってしまって、接続（表示）できない時や、異様に読み込みに時間がかかる時が多発して困っています。

ドメイン２個は、
aaa.net
bbb.com

サブドメインは
xxx.aaa.net
yyy.aaa.net
zzz.bbb.com
・・・などです。

で、問題のサイトは、「aaa.net」で、MySQLを使ったサイトで、wordpressを使用しています。

サーバー自体を再起動しても直る時と直らない時があり、直っても30分～１時間以内には、また発生します。また、表示できなくなっても再起動無しでも数分（５分位）すると復活します・・・そして、不思議な事に「aaa.net」が表示できない時も、その他すべてのアドレスは問題なく表示できます。（「xxx.aaa.net」などの「aaa.net」のサブドメインも表示できます）

問題を解決しようと調べてやった事は下記になります。
MySQLの不要・無駄なDBやTABLEの削除
MySQLの不要masterlog?を削除
MySQLの最適化　mysqlcheck
MySQLのLOG確認
apacheのアクセスログやエラーログもみましたが、あったのは「request failed: error reading the headers」が少しあったので、調べてMaxClientsの数値を増やしました・・・この件には無関係だと思いますが・・・それ以外にそれらしいものは見つけられませんでした。
cronの１日に数回実行押されるものをすべて停止にしてみた。
cronのLOG確認
表示できなくなった時にCPUの負荷も見てみましたが・・・別に忙しくなさそうでした・・・
・・・などでしょうか

上記のすべては解決に至りませんでした。
LOGについてですが、素人の為見逃しているものがあるかも知れません。上記のような場合、どんな表示があったら問題でしょうか？errorだけは探してみたのですが。
また、apacheとMySQLとcronのLOG以外にどこら辺のログを見ると良いのでしょうか？

このような状況の場合、どういった原因が考えられますでしょうか？どれが原因かさっぱりわからず原因を特定できません・・・wordpressが原因だったら、apacheのエラーログに残りますよね？MySQLが原因の場合も同じ？だとすると、apacheの設定が原因？しかし、今までは問題なく表示できたいたのですが・・・いつからこうなってしまったのかわからないのですが・・・何か、「aaa.net」だけ攻撃をくらっているのでしょうか？しかし、それらしいアクセスログもありませんし・・・そもそも、ログの見方も怪しいのですが・・・

以上、よろしくお願いします。

No.2 回答者： rairai39 回答日時： 2011/11/30 17:46

いろいろ原因は考えられますね。

サーバやネットワークのログ、コンフィグ設定など見ないと分かりませんが、まずは、下記の内容をやってみるのも良いかもです。
1.バーチャルドメインを組んでいるようなので、それぞれのルートディレクトリに、単純なindexhoge.htmlを作ってアクセスしてみる。
※できればSQLを止めると良いかもしれませんが、この状態で遅いとなるとSQLが原因になっている可能性は低いですね。逆に改善されればSQLが問題なのかもしれません。
2.サーバのレスポンスやネットワークのレスポンスを調べてみる。SNMPで調査するのが良いかもしれません。
3.ブラウザーーーーApacheのパケットキャプチャを調べる。
※例えば、DNSの返事が返ってきてないなど分かれば、原因はDNSとか分かります。
0.全体設計設定の見直し。※あたりまですが。。。。
まずは、一つずつ切り分けしたのが良いかもしれません。
※自己責任でお願いします。

この回答への補足

回答ありがとうございます。
ご指摘のパケットキャプチャを試しましたが、全く反応なしでした・・・原因はサーバーではないのかもしれません・・・？
nslookup を実行すると、表示できない時の「Address:」の部分が違いました。前回使っていたIPだったような気がするのですが、IPが変わったのはもう一カ月近く前だと思います。DDNSの設定も正しく設定されています。この現象がかなり頻繁に起きます。（1つのアドレスのみで）
それともう一点気になったのが、nslookupで逆引きすると、私のドメイン名ではなく、プロバイダの詳細？のようなものが表示されます。（2ヶ月くらい前にプロバイダ変えました）

IPが変わったばかりだったリ、DDNSの設定が変更されたばかりだったリしたらわかるのですがどちらもかなり前に訂正済みです・・・何故このような現象が起きるのでしょうか？

補足日時：2011/12/07 14:36

No.1 回答者： utun01 回答日時： 2011/11/30 14:21

DNSが競合しているとそういうことが起こったりしますね。

DNSラウンドロビンにしててそのうち一つが無効なIPになっていたりとかはないでしょうか？

この回答への補足

回答ありがとうございます。
＞DNSラウンドロビンにしてて・・・
判らなかったので調べたのですが「一つのドメイン名に複数のIPアドレスを・・・」のような複雑そうな事はしていないのですが、今日やっとおかしな点に気付きました。
nslookup を実行すると、表示できない時の「Address:」の部分が違いました。前回使っていたIPだったような気がするのですが、IPが変わったのはもう一カ月近く前だと思います。DDNSの設定も正しく設定されています。この現象がかなり頻繁に起きます。（1つのアドレスのみで）
それともう一点気になったのが、nslookupで逆引きすると、私のドメイン名ではなく、プロバイダの詳細？のようなものが表示されます。（2ヶ月くらい前にプロバイダ変えました）

IPが変わったばかりだったリ、DDNSの設定が変更されたばかりだったリしたらわかるのですがどちらもかなり前に訂正済みです・・・何故このような現象が起きるのでしょうか？

補足日時：2011/12/07 14:31